Tipologia: Intervento
Autore: ARIANNA BROLLI - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 13:02

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

>gi|4507379|ref|NP_003185.1| TATA-box-binding protein isoform 1 [Homo sapiens]
MDQNNSLPPYAQGLASPQGAMTPGIPIFSPMMPYGTGLTPQPIQNTNSLSILEEQQRQQQQQQQQQQQQQ
QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQAVAAAAVQQSTSQQATQGTSGQAPQLFHSQTLTTAPLPGTTPLYP
SPMTPMTPITPATPASESSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTT
ALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQF
SSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

id%= 77.3%

somiglianza=87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

id%=45.9%

somiglianza=54.1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

allineamento locale punteggio:767

allineamento glogale 762.5

La somiglianza è locale.

Arianna Brolli

Cristina Attrotto

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 02/11/2010 13:06

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

Tipologia: Intervento
Autore: GIANLUCA SPAGNOLI - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 14:01

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

globale identita 44  somiglianza 51 punteggio  739

locale identita 64  somiglianza 76  punteggio 753

la somiglianza e locale

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA PAGANINI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:08

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

identità locale 66.4 %

somiglianza locale 76.2%

punteggio locale 753.5

identità globale 44.3%

somiglianza globale 51.0%

punteggio globale 739.0

la somiglianza è locale

marika tonarelli, ilaria paganini

Tipologia: Intervento
Autore: MELANIA MISSERI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:09

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

(water)

id=44.3%

s=51.0%

g=34.0%

score=739.0    

(needle)

id=66.4%

s=76.2%

g=6.0%

score=753.5

la somiglianza è locale

Tipologia: Intervento
Autore: GIORGIA SALSI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:10

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

identità 66.4% somiglianza 76.2%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

 Identity:     159/359 (44.3%)
 Similarity:   183/359 (51.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

globale:739.0

locale:753.5

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

la somiglianza è globale.

francesca tenca giorgia salsi

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA LEVATI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:10

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

LOCALE

Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)

GLOBALE

# Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)

score locale:753,5
score globale:739,o

La somiglianza è LOCALE

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO MAGRI' - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:11

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

%id: 66.4%

%som: 76.2%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

%id: 44.3%

%som: 51%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

water: 753.5

needle: 739

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

Locale

Tipologia: Intervento
Autore: FILIPPO MARCHINI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:12

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia global

e o locale?  locale

Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)
 
globale  44%   51%  



lo0cale 753  glob  749   

somi locale

Tipologia: Intervento
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:14

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

1) Identity:     156/235 (66.4%)
   Similarity:   179/235 (76.2%)
   Gaps:          14/235 ( 6.0%)
score: 753

2)identity: 44.3%
  similarity: 51%
  gaps: 34% 
score: 739

la somiglianza è locale

Tipologia: Intervento
Autore: MARCO TAGLIETTI - studente
Replay #3
Data: 02/11/2010 14:14

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

 Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)
 

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? score allineamento locale: 753.5    globale 739

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale

la somiglianza è locale     

Marco Taglietti., Silvia Tommasi.

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Teresa Frontera - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 14:17

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

percentuali allineamento locale

Id=20,7%

Som=34,9%

Score=46,5

percentuali allineamento globale

id=7,8%

Som=12,9%

Score=37,5

La somiglianza è locale.

Mosca Giulia frontera maria teresa

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA MARELLI - studente
Replay #1
Data: 08/11/2010 18:31

alpha:  1*10-3 sostituzioni*sito/mln anni= 0,1 PAM

beta: 1,7*10-3 sostituzioni*sito/mln anni= 0,17 pam

divergenza alpha: 78,5

divergenza beta: 80,88

Tipologia: Intervento
Autore: ERICA FIORINI - studente
Replay #1
Data: 08/11/2010 18:33

- Il rate di sostituzione tra le emoblobine alfa e tra le emoglobine beta, espresso in sostituzioni/sito*My e in PAM/My:

CONSIDERIAMO 80My

MEDIA HBA (0,148 + 0,139 + 0,183) / 3 = 0,157

MEDIA HBB (0,328 + 0,229 + 0,267) / 3 = 0,275

R(hba) = 0,157 / 2*80 = 9,81*10^-4 sostituzioni/sito*My = 9,81*10^-2 PAM/My

R(hbb) = 0,275 / 2*80 = 1,72*10^-3 sostituzioni/sito*My = 1,72*10^-1 PAM/My

- Il tempo di divergenza tra alfa e beta assumendo l'orologio molecolare:

media dei due rate = 1,35*10^-3

media delle mutazioni = 0,957

T = 0,957/2*1,35*10^-3 = 354,32My

Erica Fiorini, Aletheia Blasi, Laura Marchi

Tipologia: Intervento
Autore: ANASTASIA CONTI - studente
Replay #1
Data: 08/11/2010 18:35

Dalle sequenze allineate di emoglobina alpha e beta in uomo, topo e cavallo (vedi esercizio precedente), calcolare:

Il rate di sostituzione tra le emoblobine alfa e tra le emoglobine beta, espresso in sostituzioni/sito*My e in PAM/My.

rate Hba = 9.8 *10-4  sostituzioni / (sito*My)

rate Hbb = 1.72*10-3 sostituzioni / (sito *My)

rate Hba e Hbb = 5,98* 10-3 sostituzioni/ ( sito * My)

rate Hba = 9.8 *10-2 PAM/ My

rate Hbb = 1.72*10-1 PAM/My

rate Hba e Hbb = 5,98* 10-1 PAM/My

Il tempo di divergenza tra alfa e beta assumendo l'orologio molecolare.

0,957/ 2* 5,98 * 10-3 = 79,75 My

Valentina Franzoso e Anastasia Conti

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA SAVI - studente
Replay #2
Data: 08/11/2010 18:36

HBA_HOMO     0.000  0.148  0.139  0.899  0.989  1.013
HBA_MUS      0.148  0.000  0.183  0.921  0.989  1.013
HBA_CAVALLO  0.139  0.183  0.000  0.921  0.899  0.966
HBB_HOMO     0.899  0.921  0.921  0.000  0.229  0.267
HBB_MUS      0.989  0.989  0.899  0.229  0.000  0.328
HBB_CAVALLO  1.013  1.013  0.966  0.267  0.328  0.000


Media HBa: 0,157
Rate: 0,157/160=9,8*10-4 Mutazioni/sito*My = 0,098 PAM/My

Media HBb: 0,275
Rate: 0,275/160=1,71*10-4 Mutazioni/sito*My = 0,0171 PAM/My

Media HBa-HBb: 0,957
Rate: 0,957/160=5,98*10-3 Mutazioni/sito*My = 0,598 PAM/My

Tempo: 0,957/(2*5,98*10-3)=0,957/0,012=80,42 My

Alessia Savi

Tipologia: Intervento
Autore: ADELE BUSICO - studente
Replay #1
Data: 08/11/2010 18:39

Dalle sequenze allineate di emoglobina alpha e beta in uomo, topo e cavallo (vedi esercizio precedente), calcolare:

Il rate di sostituzione tra le emoblobine alfa e tra le emoglobine beta, espresso in sostituzioni/sito*My e in PAM/My.

9.8*10-4 sostituzioni/sito*My (alfa) = 9,8 *10-2 PAM/My

1.7*10-3 sostituzioni/sito*My (beta) = 0.17 PAM/My

Il tempo di divergenza tra alfa e beta assumendo l'orologio molecolare.

0.957/2* 1,3*10-3= 368 milioni di anni (risultato media tra i due rate)

Tipologia: Intervento
Autore: VALERIA LA ROSA - studente
Replay #2
Data: 08/11/2010 18:41

rate di sostituzione tra le emoblobine alfa e tra le emoglobine beta, espresso in sostituzioni/sito*My e in PAM/My.

Emoglobine alfa

(0,148+0.139+0.183)/3=0.157

0.157/160 My=9.8*10-4=10-3

Emoglobine beta

Media

(0.229+0.267+0.328)/3=0.275

0.275/160 My=1.7*10-3

Rate tra Hba e Hbb=10-3

Il tempo di divergenza tra alfa e beta assumendo l'orologio molecolare.

Emoglobine alfa: 0,86/2*10-3=430 My

Emoglobine beta:0,86/2*1,7*10-3=253 My

Valeria La Rosa e Giannatempo Ludovica

Tipologia: Intervento
Autore: LAURA GAVARINI - studente
Replay #3
Data: 08/11/2010 18:44

HBA  0,157

HBB = 0,275

R(hba) = 0,157 / 2*80 = 9,81*10^-4 sostituzioni/sito*My = 9,81*10^-2 PAM/My

R(hbb) = 0,275 / 2*80 = 1,72*10^-3 sostituzioni/sito*My = 1,72*10^-1 PAM/My

media due rate = 1,35*10^-3

media mutazioni = 0,957

T = 0,957/2*1,35*10^-3 = 354,32My

Tipologia: Intervento
Autore: Barbara Montali - studente
Replay #2
Data: 08/11/2010 18:47

rate tra emoglobine alfa: 1*10-3 (PAM: 0,1)

rate tra emoglobine beta: 2*10-3 (PAM: 0,2)

tempo di divergenza tra alfa e beta: 319 my

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 09/11/2010 12:49

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

Tipologia: Intervento
Autore: VALERIO FRANCESCO PISCITELLI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 12:56

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

236

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
 Identità = (82%), Somiglianza =  (92%)


3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

sì (ad esempio ZP_05969572.1)

Lorenzo Bertolone
Piscitelli Valerio Francesco

Tipologia: Intervento
Autore: TOMMASO LIUZZI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 12:57

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362). 1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

1)236(E<10-5)

2)92%(POSITIVITà)-82%(IDENTITA')

3)SI(|EFC55014.1|

TOMMASO LIUZZI-NUNZIO LAPOLLA-VALENTINA GASPARINI

Tipologia: Intervento
Autore: SARA DALLA GHIRARDA - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:02

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?  236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? id=82%, som=92%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì (ad es. enterobacter cancerogenus)

Sara Dalla Ghirarda Agnese Fratta

Tipologia: Intervento
Autore: GAIA BERANTI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:02

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 82% identità, 92% somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? Sì per es.

YP_003126375.1

Tipologia: Intervento
Autore: CHIARA CASTELLINI - studente
Replay #2
Data: 09/11/2010 13:02

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 236 (E<10-5)
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? id=82% som=92%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì. ES ( Chitinophaga pinensis)

Castellini Chiara

Cavallari Sofia

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA MARIA GRECO - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:03

Intervento

Prof. Riccardo Percudani Prof. Riccardo Percudani riccardo.percudani@unipr.it 0521-905140 Homepage docente

Esercizio ricerca di omologia Rispondi 09/11/2010 12:49 Invia email Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362). 1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 289 2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 97% 3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? Sì (es 003126375.1)   Giulia Maria Greco Valentina Silvano

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA UGHINI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:03

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

236

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

identità=82% somiglianza;92%

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

si

Tipologia: Intervento
Autore: ANDREA BERTINELLI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:03

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 254
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 82% 3e-66
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? Sì (es.Chitinophaga pinensis DSM 2588)

Bertinelli Andrea, Ferrari Emanuele

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA GIANNINI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:04

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

1)236

2)id%=82%

sim%= 92%

3)Sì (es:Chitinophaga pinensis DSM 2588)

Giannini Giulia e Luperto Martina

Tipologia: Intervento
Autore: ARIANNA BROLLI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:04

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?240
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?97%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì ad esempio: chitinophaga pinensis

 la torre veronica

arianna brolli

marianna blengino

Tipologia: Intervento
Autore: ROBERTA BRIGIDO - studente
Replay #3
Data: 09/11/2010 13:04

1. 236

2. id= 82%   som= 92%

3. Sì per es. Chitinophaga pinensis E= 6e-13

Roberta Brigido

Enrica Citignola

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA GILARDONI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:05

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

1. 237

2. 81%  identity positives 92%

3. sí Chitinophaga pinensis DSM 2588

ANgela Gilardoni

Tipologia: Intervento
Autore: CATERINA BASILE - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:05

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 82% identità, 92% somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì

  caterina basile, alessandra formai

Tipologia: Intervento
Autore: ROSSELLA BONAFEDE - studente
Replay #2
Data: 09/11/2010 13:05

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? somiglianza 92% identita 82%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? si enterobacter cancerogenus ATCC 35316

Rossella Bonafede

Sonia Figuccia

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA BOTRUGNO - studente
Replay #2
Data: 09/11/2010 13:06

	Esercizio ricerca di omologia	Rispondi
	09/11/2010 12:49	Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 82% identità 92% somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?sì, es ZP_05969572.1

Ilaria Botrugno, Italiano Rossana

Tipologia: Intervento
Autore: ZULENA STELLA VILLA - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 13:07

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<=10-5)? 254
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? identità 81% somiglianza 92%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? si' es enterobacter cancerogenus

Aleksandra bonini e Zulena stella villa

Tipologia: Intervento
Autore: GIANLUCA SPAGNOLI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:19

fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)

 1) 198 

2) 86%  92%

3) si

Tipologia: Intervento
Autore: BARBARA RAPONI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:22

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 48
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane? 86% Identità, 92% di somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? Sì

Barbara Raponi e Bruno Mauro

Tipologia: Intervento
Autore: MATILDE MONTI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:24

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

Nessuna
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%),
Positives = 135/147 (92%), 

3) sono presenti sequenze omologhe nei funghi (fungi)? Sì 

Matilde Monti

Alice Masserdotti

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA PAGANINI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:25

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1) 28

2)86% identità 92% somiglianza

3)4 (E<10-5)

ilaria paganini, marika tonarelli, fregnan giulia

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA MINATO - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:25

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 198
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? sì, 1 con E<10-6

Tipologia: Intervento
Autore: PIETRO SQUERI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:28

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1)198

2)Identità= 125/147 (86%) Somiglianza=135/147 (92%)

3)Sì

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA PERINI - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:30

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1) 198.

2) Identità: 86%; somiglianza: 92%.

3) Sì, sono presenti 4 sequenze omologhe con E<10-5.

Silvia Perini e Lucia Mangeri.

Tipologia: Intervento
Autore: MATILDE MONTI - studente
Replay #3
Data: 09/11/2010 14:32

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 236 con    E=9e-06
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%),
Positives = 135/147 (92%), 

3) sono presenti sequenze omologhe nei funghi (fungi)? Sì 

Matilde Monti

Alice Masserdotti

Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCA ZICCA - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:33

		Rispondi
		Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

  1) 236

2)Identities = 125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%)   
3)si, identies = 41/127 (33%) positivies = 57/127 (45 %)
Francesca Zicca e Michele Pastorelli

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Teresa Frontera - studente
Replay #2
Data: 09/11/2010 14:35

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

198 E<10-6
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identity=(86%), Positives = 141/147 (96%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

sì

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA MILIZIANO - studente
Replay #1
Data: 09/11/2010 14:41

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

risposte

1) 198

2) 86 %

ALESSIA MILIZIANO- LUCIA MAURELLA

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA PIACENTI - studente
Replay #8
Data: 09/11/2010 17:25

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam"sul gene omologo Mus Musculus

• Gli estremi del gene sono 121518316...121534158;
• Si trova nel cromosoma 10;
• Gli estremi della sequenza codificante sono: CDS join (32...203, 1009...1164, 2411...2513, 6329...6643, 8054...8224, 15414...15831);
• Il pI è 8,89;
• L'aa più abbondante è Leucina 10,4%;
• Il coefficiente di estinzione è 105350

Tipologia: Intervento
Autore: ANDREA LORI - studente
Replay #6
Data: 12/11/2010 22:56

Individuare con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità. Fare un allineamento multiplo delle sei sequenze e riportare le seguenti percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo: 86%

beta umana -beta cavallo: 77%

alfa topo - beta topo: 42%

alfa umana - beta cavallo: 40%