Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 25/10/2010 12:37

A partire dalle sequenze di emoglobina alfa e beta umane:

>gi|4504347|ref|NP_000549.1| hemoglobin subunit alpha [Homo sapiens]
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNA
VAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
YR
>gi|4504349|ref|NP_000509.1| hemoglobin subunit beta [Homo sapiens]
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAN
ALAHKYH


Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe 
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti 
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo:
beta umana - beta cavallo:
alfa topo - beta topo:
alfa uomo - beta cavallo:

Tipologia: Intervento
Autore: MARTINA SPERINDE' - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:33

alfa umana - alfa topo: 86%
beta umana - beta cavallo: 83%
alfa topo - beta topo: 42%
alfa uomo - beta cavallo: 42%

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA MARELLI - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:35

-alpha umana-alpha topo: 86%

-beta umana-beta cavallo: 83%

-alpha topo-beta topo: 40%

-alpha uomo-beta cavallo: 42%

Federica Ruffo ed Elisa Marelli

Tipologia: Intervento
Autore: BEATRICE FERMI - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:38

A partire dalle sequenze di emoglobina alfa e beta umane:

>gi|4504347|ref|NP_000549.1| hemoglobin subunit alpha [Homo sapiens]
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNA
VAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
YR
>gi|4504349|ref|NP_000509.1| hemoglobin subunit beta [Homo sapiens]
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAN
ALAHKYH


Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe 
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti 
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo:86%
beta umana - beta cavallo:83%        
alfa topo - beta topo:41%
alfa uomo - beta cavallo:42%

Tipologia: Intervento
Autore: ALETHEIA BLASI - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:39

A partire dalle sequenze di emoglobina alfa e beta umane:

>gi|4504347|ref|NP_000549.1| hemoglobin subunit alpha [Homo sapiens]
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNA
VAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
YR
>gi|4504349|ref|NP_000509.1| hemoglobin subunit beta [Homo sapiens]
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG
AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVAN
ALAHKYH


Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe 
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti 
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo: 86%
beta umana - beta cavallo: 77%
alfa topo - beta topo: 42%
alfa uomo - beta cavallo: 40%

Tipologia: Intervento
Autore: IMMACOLATA GIORDANO - studente
Replay #2
Data: 25/10/2010 18:40

alfa umana - alfa topo: 49%
beta umana - beta cavallo: 83%
alfa topo - beta topo: 27%
alfa uomo - beta cavallo: 42%

michela remistani, immacolata giordano

Tipologia: Intervento
Autore: ERICA FIORINI - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:40

alfa umana - alfa topo: 86%
beta umana - beta cavallo: 77%
alfa topo - beta topo: 40%
alfa uomo - beta cavallo: 40%

L. Marchi & E. Fiorini

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA LA TORRE - studente
Replay #1
Data: 25/10/2010 18:42

Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe 
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti 
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo:86%
beta umana - beta cavallo:77%
alfa topo - beta topo:42%
alfa uomo - beta cavallo:40%

Tipologia: Intervento
Autore: ROBERTA BONAFEDE - studente
Replay #2
Data: 25/10/2010 18:43

Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe 
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti 
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo: 86%
beta umana - beta cavallo: 77%
alfa topo - beta topo: 42%
alfa uomo - beta cavallo: 40%
Giulia Fadani e ROberta Bonafede

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA SAVI - studente
Replay #4
Data: 25/10/2010 20:35

Individuate con ricerca di omologia in RefSeq le sequenze ortologhe
in topo e cavallo. NB: basarsi sul valore di E e percentuale di identità.

Fare un allineamento multiplo delle 6 sequenze e riportare le seguenti
percentuali di identità:

alfa umana - alfa topo: 86%
beta umana - beta cavallo: 77%
alfa topo - beta topo: 42%
alfa uomo - beta cavallo: 40%

Alessia Savi

Tipologia: Intervento
Autore: MATTHIAS BOZZA - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:48

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1) Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) 309 AA 927 nucleotidi

4) 307-309 SKL

Matthias Bozza

Alex bersellini Farinotti

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELO ANTONIO DE FABRIZIO - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 12:54

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1) Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3)Sequence length309 AA. & 927 + 3 (930)

4) Il segnale di targeting è nella sequenza 307-309 (SKL)

Tipologia: Intervento
Autore: ARIANNA BROLLI - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 12:54

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

General annotation (Comments)

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

 309per3 nt

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

307-309

MAQEADGIRL DQRHGKARVR VGRVWRHAHD GSHHFVEWNV SISLLSHCLS SYRLDDNSDI 

        70         80         90        100        110        120 
VATDTIKNTV YVKAKECGDR LSVEEFAILI GKHFCSFYPQ VFTAIVNIIE KPWERVSIDG 

       130        140        150        160        170        180 
KPHLHGFKLG SENHTTEARV EKSGALNLTS GIGGLALLKT TQSGFERFVR DKYTILPETR 

       190        200        210        220        230        240 
ERMLATEVNA SWRYSYESVA SIPTKGLYFS EKFMDVKKVL MDTFFGPPET GVYSPSVQRT 

       250        260        270        280        290        300 
LYLMGSAVLK RFADVSSIHL KMPNIHFLPV NLSTKENPSM VKFKDDVYLP TDEPHGSIEA 

       310 
TLSRITSKL 


chiara bocconi e arianna brolli

Tipologia: Intervento
Autore: LORENZO BERTOLONE - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 12:54

1) Riportare la descrizione della proteina
Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.



2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)
Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)




3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante
309 AA.
927 (+3) NT


4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi
posizione 307-309
sequenza AA: SKL

Piscitelli Valerio Francesco

Tipologia: Intervento
Autore: CATERINA BASILE - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:54

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1- uricasi,catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2- Arabidopsis thaliana, Mouse-ear cress

3- 309 AA, 930 nucleotidi

4- 307-309, SKL

Basile Caterina, Alessandra Formai

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA MARIA GRECO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:55

	Esercizio banchedati	Rispondi
	26/10/2010 09:58	Invia email

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

Recommended name:
Uricase
EC=1.7.3.3

Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) [Complete proteome]

309AA x3

307-309 SKL

Tipologia: Intervento
Autore: ISADORA BORELLI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:56

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1. la proteina una uricasi, catalizza l-ossidazione dell-acido urico 5/idrossiurato

2. Arabidopsis thaliana arabetta comune

3. 309 AA 927 +3

4. 307 -309  SKL

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA BOTRUGNO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:57

trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1 la proteina è un'uricasi che catalizza l'ossidazione dell'acido urico a 5-idrossiurato.

2 Arabidopsis thaliana  (arabetta comune)

3 309 AA

   309 x 3= 927 + 3= 930 sequenza nucleotidica più codoni di stop

4 307-309. la sequenza è SKL

ilaria botrugno

enrica citignola

roberta brigido

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA UGHINI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 12:57

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1)Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2)Arabidopsis thaliana ( mouse-ear cress)

3)309 AA;927 nucleotidi

4) Posizione: 307-309

Sequenza in aa: SKL

Ughini Elisa e Giovenali Greta

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA CATTINI - studente
Replay #3
Data: 26/10/2010 12:58

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina
Uricase.Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)
Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante
309 AA, 927 nucleotidi

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi
307-309 SKL

Federica Cattini e Chiara Griffoni

Tipologia: Intervento
Autore: CHIARA CASTELLINI - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 12:59

1) La proteina è costituita da 309 aa e catalizza l'ossidazione dell'acido urico

2) Nome scientifico: Arabidopsis Thaliana (topo)

3)è costituito da 309 aa e 930 nucleotidi

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CARMELA GROIA - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 12:59

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1) Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) 309 AA.

4) 930

307 - 309

SKL 

groia mariacarmela

 sonia figuccia

Tipologia: Intervento
Autore: AGATA FAROLDI - studente
Replay #3
Data: 26/10/2010 13:01

2.Arabidopsis thaliana(Mouse-ear cress)

1.Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin

3.309 AA

927 (+3) nucleotidi

4.sequenza segnale: 307-309 

307-309  SKL

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA REVERBERI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 13:01

Bottoli Laura

Reverberi Silvia

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

L'urato ossidasi è un enzima, appartenente alla classe delle ossidoreduttasi, che è presente nei perossisomi di molti organismi (ma non dell'uomo) ed è attivo nel catabolismo delle purine.Catalizza l'ossidazione dell'acido urico a 5-idrossiurato.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

La lunghezza in aa è 309.

La lunghezza in nucleotidi è 927.

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

La posizione è 307-309 e la sequenza in aa è SKL

Tipologia: Intervento
Autore: Elena Paini - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 13:02

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

uricasi:catalizza l'ossidazione dell'acido urico

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

309 aa 

927/930 nucleotidi

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

307-309 SKL

Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCA TENCA - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:09

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Mus musculus. Topo

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

lunghezza aminoacidi: 303

lunghezza nucleotidi: 909

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

301 - 303

SRL 
Tenca Francesca e Salsi Giorgia

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA PAGANINI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:12

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1)Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2)Mus musculus (Mouse)

3)303 aminoacidi e (303*3)+3 (codone di stop)=912 nucleotidi

4)si trova in posizione 301-303 e la sequenza è SRL

Fregnan Giulia, Tonarelli Marika, Paganini Ilaria

Tipologia: Intervento
Autore: GIUSEPPE MARCOSANO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:12

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

Catalizza l'ossidazione di acido urico a 5-hydroxyisourate, che si decompone per formare allantoina.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Mus Musculus (topo)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

AA 303

Nt 912

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

301-303 SRL

Marcosano-Magrì

Tipologia: Intervento
Autore: ELIA NODARI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:13

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

(2)   Mus musculus (topo)

(1) Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

(3)Length 303 aminoacids 912 nucleotidi

(4) srl 301-303

Tipologia: Intervento
Autore: CLAUDIO LO CASCIO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:14

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1_Catalizza l'ossidazione dell'acido urico ad acido 5 idrossiurato, che spontaneamente si decompone nella forma di allantoina

2_Mus musculus (Mouse)

3- 303 AA  909 nucleotidi

4- 301 – 303 

Tipologia: Intervento
Autore: MATILDE MONTI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:15

Prof. Riccardo Percudani
riccardo.percudani@unipr.it 0521-905140 Homepage

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

Urato ossidasi, catallizza l'ossidazione dell'acido urico a 5-idrossiisurato.

Si trova nei perossisomi.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

Mus Musculus, Topo

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

303 AA e 912 nucleotidi

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

301-303 SRL

Matilde Monti

Alice Masserdotti

Tipologia: Intervento
Autore: BRUNO MAURO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:16

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin., which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

 Mus musculus (Mouse)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

303 AA.

909 Nucleotidi

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

SRL 301-303

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Teresa Frontera - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 14:17

	Esercizio banche dati	Rispondi
	26/10/2010 13:02	Invia email

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1)Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2)Mus musculus,  topo

3) 303 aa 909 nucleotide

4) 303  301 SRL

Tipologia: Intervento
Autore: CONCETTA MASDEA - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:18

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)Mus musculus (Mouse)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante 303 AA e 909 bp.

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi 301-303 srl

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA MILIZIANO - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:19

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

RISPOSTE

1)Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin

2) Mus musculus (mouse)

3) lunghezza amminoacidi: 303;

    lunghezza nucleotidi :909

4) 301-303 SRL

ALESSIA MILIZIANO E LUCIA MAURELLA

Tipologia: Intervento
Autore: DEBORA POMARELLI - studente
Replay #2
Data: 26/10/2010 14:19

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

1)Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2)Mus musculus (Mouse)

3) lunghezza in aa:303 lunghezza in nucleotidii:909 bp

 4 301- 303 srl

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA LEVATI - studente
Replay #1
Data: 26/10/2010 14:24

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_MOUSE

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

Tipologia: Intervento
Autore: RITA FIORI - studente
Replay #3
Data: 26/10/2010 18:04

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_ARATH

1) Riportare la descrizione della proteina

2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)

3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante

4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

Risposte:

1) Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate, which spontaneously decomposes to form allantoin.

2) Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)

3) 309 aminoacidi, 927 nucleotidi

4) 307-309, sequenza SKL

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 02/11/2010 10:54

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Tipologia: Intervento
Autore: MATTHIAS BOZZA - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:56

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)? id%=77.3   som%=87.1%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)? id%=45.9%   som%=54.1%
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? Score (globale)=762.5 Score (locale) = 767

Risulta dai calcoli una somiglianza maggiore con l'allineamento locale.

Matthias Bozza

Alex Bersellini Farinotti

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELO ANTONIO DE FABRIZIO - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:57

Angelo Antonio De Fabrizio

Andrea Dinoi

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Locale

# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Globale

# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Score Globale

Score: 762.5

Score Locale

Score: 767.0

NB. sono più locali

Tipologia: Intervento
Autore: VALERIO FRANCESCO PISCITELLI - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:58

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

# Score: 762.5 (globale)
# Score: 767.0 (locale)

Lorenzo Bertolone
Piscitelli Valerio Francesco

Tipologia: Intervento
Autore: ROSSELLA BONAFEDE - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:59

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Globali:

 Identity:     158/344 (45.9%)
 Similarity:   186/344 (54.1%)
 

Locali:
Identity:     150/194 (77.3%) 
 Similarity:   169/194 (87.1%)
 

Punteggi:
globale: 762.5
locale:767.0

la somiglianza tra le due proteine è locale

ROSSELLA BONAFEDE 
FIGUCCIA SONIA

Tipologia: Intervento
Autore: ENRICA CITIGNOLA - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:59

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

1 Allineamento locale: id%=77%; som%=87%

2 Allineamento globale: id%=46%; som%54&

3 score allineamento locale 767; score allineamento globale 762

la somiglianza delle due sequenze è di tipo locale

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA CAPETTA - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 12:59

Identity:     150/194 (77.3%)
Similarity:   169/194 (87.1%)

Identity:     158/344 (45.9%)
Similarity:   186/344 (54.1%)

Score (local) 767
Score (global) 762.5

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA GILARDONI - studente
Replay #2
Data: 02/11/2010 12:59

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

1. id%61, som%61

2. id% 44.0, som% 44.0

3. score 1  2343   score 2    2341

Angela Gilardoni, Castellini Chiara

Tipologia: Intervento
Autore: MARIANNA BLENGINO - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 13:00

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

identità 77,3%

 somiglianza 87.1%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

identità

45.9%
somiglianza 
54,1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? globale: 762,5. Locale:767

la somiglianza è locale

chiara bocconi e blengino marianna

Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA SILVANO - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 13:00

	Esercizio allineamento	Rispondi
	02/11/2010 10:54	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

water:

id%=77%

som%=87%

needle:

id%=46%

som%=54%

punteggio locale= 767

punteggio globale=762

Valentina Silvano

Giulia Maria Greco

Tipologia: Intervento
Autore: RITA FIORI - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 13:00

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity:77%
Similarity:87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity:46%
Similarity:54%

Score: 762.5

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Score: 767.0 (locale)
Score: 762.5 (globale)

Giovenali Greta
Fiori Rita

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA UGHINI - studente
Replay #1
Data: 02/11/2010 13:01

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

 TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

globale:762,5
locale:767

La somiglianza è locale.

Ughini Elisa   e   Jessica Rosselli