Tipologia: Intervento
Autore: LUCA FIERAMOSCA - studente
Replay #19
Data: 01/03/2010 13:23

YP_291337

Tipologia: Intervento
Autore: ANDREA LONGO - studente
Replay #21
Data: 15/03/2010 15:37

ZP_02919437

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIO PEROTTI - studente
Replay #23
Data: 14/04/2010 15:01

NP_268434

Tipologia: Intervento
Autore: VINCENZA SPECIALE - studente
Replay #4
Data: 25/05/2010 17:42

- A quale tipo di proteina corrisponde questa proteina?

    si tratta di un precursore dell'insulina.

- Si trovano somiglianze significative nel cane?

    sì,ci sono somiglianze significative nel cane. e= 1e-07

- Riportate le sequenze complete in uomo e topo

Homo sapiens

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Mus musculus

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: Luca Da Rin Fioretto - studente
Replay #24
Data: 27/07/2010 11:21

XM_470807

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 18/10/2010 16:20

Analisi bioinformatica della sequenza nucleotidica a funzione ignota NM_014254.

Collegarsi alla banca dati dell’NCBI (National Center for Biotechnology Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Cercare l’accession number NM_014254.  Osservare il risultato e seguire il link alla banca dati delle sequenze di acidi nucleici (“Nucleotide”).

Record Genbank. Leggere l’informazione del record (entry) Genbank. L’accession number si riferisce ad una sequenza di mRNA di 1451 nucleotidi (campo “LOCUS”), proveniente da Homo sapiens (campo “ORGANISM”).  Osservare l’informazione bibliografica associata al record (campo “REFERENCE”). La sequenza è riportata (1) in uno studio epidemiologico sulla successo di cessazione dal fumo di sigaretta e (2) in un articolo riportante l’individuazione di proteine trans membrana di tipo II (vedere la classificazione delle proteine trans membrana in wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Transmembrane_protein).

Sequenza codificante. Osservare ora la Tabella delle caratteristiche (“FEATURE TABLE”). Alla sequenza è associato un gene definito TMEM5 ("transmembrane protein 5"). La sequenza codificante (CDS, CoDing Sequence) del gene è compresa tra i nucelotidi 105..1436.  L’intervallo è continuo perché nei record ad mRNA non sono riportati gli introni. Alla fine della feature table, in corrispondenza del campo ORIGIN, si legge la sequenza nucleotidica(5’->3’). Trasformare la sequenza in formato FASTA. Recuperare la CDS e trasformarla in formato FASTA. Notare la lunghezza della sequenza codificante (1332 bp, compreso il codone di stop). A quanti amino acidi corrisponde questa CDS?   Nb: usare un editor di testo come notepad++ per manipolare le sequenze.

Proteina. Nel campo CDS  seguire il  link “protein_id”, per ottenere la sequenza proteica (443 aa). Salvare la sequenza proteica in formato FASTA. Seguire il link Blink (Blast Link) per osservare proteine simili in altri organismi.

Come sono annotate le proteine simili in banca dati?

In quali organismi sono presenti? 

Per ottenere una lista più chiara selezionate solo le sequenze “refseq” da “Choose Display Option. Quanti geni sono presenti nei vari organismi?.

Caratteristiche chimico-fisiche. Esaminare le caratteristiche chimico-fisiche della proteina attraverso il programma Protparam .( http://www.expasy.ch/tools/protparam.html). Notare il peso molecolare (massa molecolare c.a. 51 KDa), il punto isoelettrico (8.57) corrispondente ad una proteina leggermente basica, la prevalenza di leucina (11.3 %) tra gli amino acidi, e il coefficiente di estinzione di 102830. 

Record Gene.  Osservare la localizzazione del gene nel genoma umano (Chr 12q14, from base 64173637 to 64202887)  Dedurre la struttura introni esoni record gene. Notare che la definizione di esone non coincide con la definizione di sequenza codificante. Dal record genomico si ricavano i seguenti confini per gli esoni:

mRNA            join(1..273,1163..1318,5114..5216,22235..22549,

                     25378..25548,28819..29251).

CDS             join(105..273,1163..1318,5114..5216,22235..22549,

                     25378..25548,28819..29236)

Sono quindi presenti 6 esoni e 5 introni. Dai confini della CDS si ha che la 5’-UTR comprende le posizioni 1..104. La 3’-UTR comprende le posizione da  29237.. 29251.

Analisi Blast. Utilizzare la sequenza proteica in FASTA per una ricerca di omologia usando blastp (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Quante sono le hit ottenute? Quante sono le hit con somiglianza significativa (E<10^-5)?. In quali organismi?

Ripetere la ricerca selezionando la banca dati “REFSEQ”. Quante sono le hit ottenute? In quali organismi?. NB. Selezionare il campo taxonomy dei risultati per una classificazione dei risultati nei diversi organismi.

Selezione delle sequenze. Notare che alcune sequenze hanno lunghezze diverse rispetto a quella tipica per queste proteine (c.a. 440 aa). Questo può avere un significato biologico o derivare da errori nella predizione dei confini del gene. Selezionare sequenze rappresentative per un allineamento multiplo. Selezionare le sequenze dei seguenti organismi:

transmembrane protein 5 [Homo sapiens] - mammifero

transmembrane protein 5 [Mus musculus] - mammifero

similar to type II membrane protein [Gallus gallus] - uccello

transmembrane protein 5 [Xenopus laevis] - anfibio

transmembrane protein 5 [Danio rerio] - pesce

hypothetical protein BRAFLDRAFT_66489 [Branchiostoma floridae] - cefalocordato

conserved hypothetical protein [Ixodes scapularis] - artropode

hypothetical protein [Monosiga brevicollis MX1] – choanoflagellato (non metazoo).

Salvare le sequenze in formato FASTA. Modificare i nomi delle sequenze in modo da rendere riconoscibile l’organismo di provenienza.

Allineamento multiplo.  Usare il programma clustalX per l’allineamento multiplo. Caricare le sequenze e allinearle con il comando “do complete alignment”. Il file con le sequenze allineate (“.aln”) può venire visualizzato con il programma “GeneDoc”.

Analisi dell’allineamento multiplo. Usare file->new, file->import per importare le sequenze in GeneDoc. Notare l’ombreggiatura (“shading”) in nero e in grigio delle colonne delle sequenze. Sono presenti blocchi conservati nell’allineamento? In che porzione delle proteine? Impostare la visualizzazione per proprietà aminoacidiche (tasto “P”), selezionando il livello 1 (idrofobici/polari). Notare la regione idrofobica N terminale.

Osservare la matrice delle somiglianze. Osservare l’identità percentuale (report->statistics) della sequenza umana rispetto alle sequenze degli altri organismi (es: uomo-topo 83%, uomo-zebrafish 53%).  Queste relazioni sono compatibili con una relazione di ortologia?

Distanze genetiche e albero evolutivo. In clustalx selezionare dal menu “Trees” la correzione delle distanze e l’esclusione delle posizioni con gap.  Nelle opzioni di output inserire la “Phylip distance matrix”. Lanciare l’analisi filogenetica (Trees->draw N-J tree). Esaminare il file con le distanze genetiche (“.dst”). Osservare la distanza della sequenza umana rispetto alle altre sequenze (espressa in mutazioni / sito). Notare che le sequenze con minore identità rispetto all’uomo risultano in proporzione molto più distanti (es: uomo-topo 0.144, uomo-zebrafish 0.537). Calcolare il rate evolutivo per

uomo-topo (separazione c.a. 80 My) = 0.144 / (2*80)= 9 x 10^-4 mutazioni / (sito * My) [9 x 10^-2 PAM/ My]

uomo-zebrafish (separazione c.a. 400 My) = 0.537/(2*400) = 7 x 10^-4 mutazioni / (sito * My) [7 x 10^-2 PAM/ My]

Nell’ipotesi che il gene si comporti approssimativamente come orologio molecolare, calcolare il tempo di separazione di:

uomo-Xenopus (anfibi)

uomo-Anfiosso (cefalocordati)

Analisi dell’albero filogenetico. L’analisi precedente con clustalx, oltre ad un file di distanze (“.dst”), ha prodotto un albero filogenetico (“.ph) che mette in relazione le sequenze in base alle distanze genetiche, secondo il metodo di Neighbour-joining. L’albero può essere visualizzato con il programma Treeview  o il programma FigTree. La visualizzazione dell’albero può essere polarizzata o radiale. La visualizzazione radiale è adatta nel caso non si conosca la radice dell’albero. Visualizzare l’albero in forma radiale e osservare l’ordine di diramazione dei vari geni.

L’ordine di diramazione è in accordo con la filogenesi degli organismi?

Dalla barra di scala (che indica mutazioni/sito), è possibile mettere in relazione la distanza dei segmenti sull’albero con la distanza filogenetica.
Qual è la distanza sull’albero tra le sequenze umane e di pesce? 

Estensione della ricerca di omologia di sequenza con PSI-Blast. Nessuna delle sequenze omologhe a TMEM5 risulta caratterizzata funzionalmente. In questo caso una ricerca di omologia con PSI-Blast potrebbe estendere la possibilità di individuare sequenze omologhe e quindi di avere suggerimenti sulla funzione. PSI-Blast (Position Specific Iterated Blast) usa le sequenze della prima iterazione per costruire una matrice specifica per la famiglia della proteina di interesse e utilizzare questa matrice al posto della Blosum62 per le successive ricerche. Il procedimento può essere ripetuto (iterato) includendo le nuove sequenze trovate per costruire nuove matrici e effettuare nuove ricerche. Procedimento:

·         Fare una prima ricerca di omologia con un limite di “target sequenze” di 5000.

·         Formattare per PSI-Blast con una soglia di inclusione (E) di 10^-5

·         Lanciare una seconda iterazione con la nuova matrice.

o   Quante sono le sequenze nuove trovate?
Come sono definite?

·         Lanciare una terza iterazione con la nuova matrice.

o   Quante sono le sequenze nuove trovate?
Come sono definite?

·         Ripetere il procedimento fino all’esaurimento dello spazio di ricerca

La ricerca (RID=EN1BWGJS014) trova 4 sequenze “Refseq” paraloghe a TMEM5 in Homo sapiens (“Exostosine”: NP_000118, NP_000392, NP_004446, NP_001431). La regione di omologia tra la sequenza TMEM4 e le Exostosine riguarda una porzione tra circa 100 e 200 aa.

Il record della sequenza per EXT1 riporta la presenza di due domini:

     Region          110..396

                     /region_name="Exostosin"

     Region          480..729

                     /region_name="Glyco_transf_64"

Allineo Le sequenze di exosotsine e isolo con GenDoc il solo dominio Exostosinico (110-396). Allineo le sequenze TMEM5 con questo dominio usando CLUSTAL. L’allineamento multiplo presenta alcuni blocchi conservati.

Analisi dei domini conservati.  Dal momento che il dominio Exostosin è presente nella banca dati di domini (http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF03016.8), è atteso che una ricerca con la proteina fornisca uno score significativo con questo dominio. Una ricerca con TMEM5 nella banca dati pFAM riporta una somiglianza significativa (E=10^-5) con le exostosine. Non sono riportati altri domini con somiglianza significativa.

Analisi dell’espressione del gene. Il record “Unigene” di TMEM5, consente di vedere il Profilo di espressione del gene dedotto dalle EST (EST Profile). Si osserva una espressione del gene in particolare in: bone (55 TPM) e cervix (62 TPM) e, tra i tessuti patologici nel condrosarcoma (72 TPM).

Analisi della struttura trans membrana. La proteina TMEM5 è definita trans membrane protein. Per verificare la struttura transmebrana di una proteina si possono utilizzare diversi predittori. TOPpred predice due possibili eliche trans membrana:     1     8 - 28   (Certain) e  140 - 160   (Putative). TMPred predice 2 modelli alternativi, uno con una singola elica e uno con 2 eliche. Topcons una sola elica di membrana con topologia N-in C-out.

 Analisi della localizzazione cellulare. La localizzazione cellulare può essere prevista in base alla presenza di segnali che determinano l’indirizzamento della proteina ai diversi compartimenti cellulari. Un discriminante iniziale delle vie di localizzazione cellulare è la presenza di un peptide segnale (signal peptide) o ancora segnale (signal anchor) in grado di indirizzare la proteina verso la via secretoria. Utilizziamo SignalP per  individuare la presenza di segnali della via secretoria.

La distinzione di un peptide segnale da un ancora segnale può essere complicata dal punto di vista informatico. Esaminare il record PubMed per esaminare le evidenze della localizzazione trans membrana della proteina.

Ricerca con modelli markoviani (HMM-HMM). Il programma HHpred consente di identificare omologie distanti tra famiglie di proteine. Le proteine omologhe alla proteina in input sono utilizzate per la creazione di un modello markoviano che viene poi allineato rispetto ad una libreria di modelli markoviani di altre famiglie. La ricerca in Pfam individua con una significatività elevata somiglianza con le exostosine (E=10^-17) e con una minore significatività somiglianza con altre glicosil-transferasi.

 Riconoscimento del fold. Utilizzo Phyre (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre) per individuare ripiegamenti compatibili con la sequenza TMEM5. Il risultato mostra che TMME5 può essere assumere la struttura tipica di diverse glicosil-transferasi (09d7f92152c17fdb).

 Predizione della struttura secondaria. Utilizzare Jpred ( http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ ) per una predizione della struttura secondaria basata sulle reti neurali

Allineamento strutturale. Utilizzare l'allineamento ottenuto con HHPred per allineare con il sistema dei profili la proteina a struttura nota 2NZW. Utilizzare Espript per un allineamento decorato con le strutture secondarie.

Tipologia: Intervento
Autore: ANITA MANFREDI - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:20

Quali sono gli estremi del gene? 1-1393

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante? 32-1366

Quale è il punto isoelettrico della proteina? 8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? leucina (10.4%)

Quale è il coefficente di estinzione? 105350

SPERINDè MARTINA E MANFREDI ANITA

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA RUFFO - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:21

Quali sono gli estremi del gene? 1-1393

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante? 1-1366

Quale è il punto isoelettrico della proteina? 8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu

Quale è il coefficente di estinzione? 105 350

Tipologia: Intervento
Autore: ANASTASIA CONTI - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:23

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene? 1...1393

In quale cromosoma si trova? cromosoma 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?32...1366

Quale è il punto isoelettrico della proteina? pI =8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu (10.4%)

Quale è il coefficente di estinzione?105350

Tipologia: Intervento
Autore: MARTINA BONACINI - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:23

estremi del gene = 1-1393

cromosoma = 10

estremi CDS = 32-1366

PI = 8.89

aa più abbondante = leu

Coefficiente estinzione (Cys ridotte) = 104850

Bonacini Martina, Marchetti Marialaura

Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA FRANZOSO - studente
Replay #3
Data: 18/10/2010 18:26

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene? 1...1393

In quale cromosoma si trova? cromosoma 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?32...1366

Quale è il punto isoelettrico della proteina? pI =8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu (10.4%)

Quale è il coefficente di estinzione?105350

Tipologia: Intervento
Autore: SERENA CORBINO - studente
Replay #3
Data: 18/10/2010 18:26

Quali sono gli estremi del gene? 1...1393

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante? 105...1436

Quale è il punto isoelettrico della proteina? 8.57

Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu(11.3%)

Quale è il coefficente di estinzione? 102830

Tipologia: Intervento
Autore: LUDOVICA GIANNATEMPO - studente
Replay #3
Data: 18/10/2010 18:28

Quali sono gli estremi del gene?1....1393

In quale cromosoma si trova?10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?105...1436

Quale è il punto isoelettrico della proteina?8.57

Quale è l'ammino acido più abbondante?Leu(11,3%)

Quale è il coefficente di estinzione?102830

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO LOMI - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:29

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene? 1 - 1393

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?

Quale è il punto isoelettrico della proteina?   8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante?   Leu (L) 46 10.4%

Quale è il coefficente di estinzione?  2.050

Tipologia: Intervento
Autore: MAURIZIO GERACE - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:30

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene? 121518316..121534158

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?

join(32..203,1009..1164,2411..2513,6329..6643,8054..8224,
                     15414..15831

Quale è il punto isoelettrico della proteina?

8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? LEU

Quale è il coefficente di estinzione?

104850

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA LA TORRE - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:30

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene?

121518316...121534158

In quale cromosoma si trova?

10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?

 join(32..203,1009..1164,2411..2513,6329..6643,8054..8224,15414..15831)

Quale è il punto isoelettrico della proteina?

pI= 8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante?

L'amminoacido più abbondante è la leucina

Quale è il coefficente di estinzione?

 Il coefficiente di estinzione è 105350

Tipologia: Intervento
Autore: IMMACOLATA GIORDANO - studente
Replay #1
Data: 18/10/2010 18:33

Prof. Riccardo Percudani
riccardo.percudani@unipr.it 0521-905140 Homepage

	Test valutazione 1	Rispondi
	18/10/2010 16:27	Invia email

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene?

121518316.... 121534158

In quale cromosoma si trova?

Nel 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?

Quale è il punto isoelettrico della proteina?

8,89

Quale è l'ammino acido più abbondante?

leu

Quale è il coefficente di estinzione?

105350

gaia viola, michela remistani, immacolata giordano

Tipologia: Intervento
Autore: VOLMIR CHIARELLO - studente
Replay #4
Data: 18/10/2010 18:35

Effettuare le analisi "Gene" e "Protparam" sul gene omologo di Mus musculus.

Quali sono gli estremi del gene?  

1..15843

In quale cromosoma si trova?

chromosome="10"

Quali sono gli estremi della sequenza codificante?

join(32..203,1009..1164,2411..2513,6329..6643,8054..8224,
                     15414..15831)

Quale è il punto isoelettrico della proteina? pI= 4,5

Quale è l'ammino acido più abbondante? AA più abbondante= T

Quale è il coefficente di estinzione? 10,5350

Tipologia: Intervento
Autore: LUDOVICA GIANNATEMPO - studente
Replay #2
Data: 18/10/2010 21:58

Quali sono gli estremi del gene? 1.....1393

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante? 105....1436

Qual'è il punto isoelettrico della proteina? 8.89

Qual'è l'ammino acido più abbondante? Leu(10,4%)

Qual'è il coefficiente di estinzione? 105350

Tipologia: Forum
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 19/10/2010 10:39

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 19/10/2010 10:41

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :
Homo - Macropus :
Macropus - Gorilla:

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Tipologia: Intervento
Autore: ALEKSANDRA BONINI - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 12:56

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus : 74%
Macropus - Gorilla: 36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Sono geni paraloghi perchè non hanno seguito il processo di speciazione!

Bonini Aleksandra & Iacono Calogeraelisa

Tipologia: Intervento
Autore: CRISTINA ATTROTTO - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 12:58

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Sono paraloghi perchè Uomo e Gorilla sono vicini evolutivamente ma non dal punto di vista delle sequenze (scarsa somiglianza genica).

Tipologia: Intervento
Autore: ROBERTA BRIGIDO - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 12:59

	Esercizio evoluzione	Rispondi
	19/10/2010 10:41	Invia email

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla: 36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

PARALOGHI, perchè c'è troppa somiglianza tra canguro e uomo, i quali non sono vicini nella storia evolutiva.

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA CAPETTA - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:00

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?le sequenze sono paraloghe perchè non seguono la filogenesi degli organismi.

Tipologia: Intervento
Autore: MATTHIAS BOZZA - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:00

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus : 74%
Macropus - Gorilla: 36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo? Sono paraloghi perchè non seguono la filogenesi che ci aspetteremmo pensando al fatto che il gorilla è un placentato mentre il canguro è un marsupiale. Questo è in accordo col fatto che del gorilla è presa in considerazione la catena alfa dell'emoglobina rispetto alla beta degli altri due.

Biasini Beatrice

Bersellini Farinotti Alex

Tipologia: Intervento
Autore: Antonio Candela - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 13:01

74% homo sapiens / macru

41% homo sapiens / gorgo

sono paraloghi poichè i dati non sono in accordo con la filogenesi evolutiva

Tipologia: Intervento
Autore: PAOLO ABONDIO - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:01

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus : 74%
Macropus - Gorilla: 36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo? Deduciamo che i geni possano essere paraloghi perché osserviamo che non vi è una corrispondenza tra l'evoluzione del gene considerato e l'evoluzione delle specie.

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA GHISONI - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:02

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

I geni  del gorilla e uomo sono paraloghi perchè sono geni derivanti da duplicazione genica, mentre i geni del canguro con gorilla sono ortologhi in quanto rispecchiano la storia evolutiva.

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA BOTRUGNO - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:02

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?i geni sono paraloghi perchè notiamo che la percentuale di identità tra Homo e Gorilla è più bassa rispetto a quella tra Homo e Macropus.

Tipologia: Intervento
Autore: ROBERTA DE GIOIA - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:03

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?sono paraloghi perchè non rispettano la storia evolutiva degli organismi

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA BOTRUGNO - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:03

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?i geni sono paraloghi perchè notiamo che la percentuale di identità tra Homo e Gorilla è più bassa rispetto a quella tra Homo e Macropus.

Rossana Italiano

Ilaria Botrugno

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA RITA PUCE - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 13:26

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Macropus :74%
Macropus - Gorilla:36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo? sono paraloghi perchè l'uomo e il gorilla sono vicini evolutivmente.                                                        alessia rita puce & elena iervasi

Tipologia: Intervento
Autore: MARINA VANGELI - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 13:57

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :
Homo - Balenottera:
Balenottera - Gorilla:

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Tipologia: Intervento
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Replay #1
Data: 19/10/2010 14:03

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :  41%
Homo - Balenottera: 89%
Balenottera - Gorilla: 38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA PEDRAZZI - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:05

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Balenottera: 89%
Balenottera - Gorilla: 38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

paraloghi a causa dell elevata differenza percentuale che mi indica una differente  via evolutiva.

Tipologia: Intervento
Autore: ALICE MASSERDOTTI - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 14:05

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

i geni sono parologhi perchè le percentuali d'identità calcolate mostrano che l' homo ha più affinità con la balenottera che con il gorilla, ma dal punto di vista evolutivo l'homo è più vicino al gorilla rispetto che alla balenottera.

Tipologia: Intervento
Autore: GIADA PRATICO' - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 14:06

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? sono paraloghi. Per quale motivo? Sono geni paraloghi perchè i dati ricavati non sono in accordo con la storia evolutiva.

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA MOSCA - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:06

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?sono paraloghi perchè il rapporto tra uomo gorilla è il più basso.

Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCA ZICCA - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 14:07

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :
Homo - Balenottera:
Balenottera - Gorilla:

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

1)Tra uomo e gorilla è 41%

tra uomo e balenottera è 89%

tra balenottera e gorilla è 38%.

2) Sono parologhi perchè l'identità è minore della somiglianza.

Francesca Zicca e Michele Pastorelli.

Tipologia: Intervento
Autore: GIORGIA SALSI - studente
Replay #1
Data: 19/10/2010 14:08

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Balenottera: 89%
Balenottera - Gorilla: 38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

essendo la sequenza ortologa una espressione di geni in sintonia con la storia evolutiva, questi dovrebbero essere geni paraloghi.

questo perchè se fossero ortologhi la percentuale maggiore di identità sarebbe tra uomo e gorilla essendo questi più vicini dal punto di vista evolutivo.

Tipologia: Intervento
Autore: SIMONE PANARESE - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:08

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
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>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

paraloghi, a causa dell elevata differenza percentuale che mi indica una differente via evolutiva.

Tipologia: Intervento
Autore: ENRICO TAGLIAFERRI - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:09

Le sequenze amminoacidiche tra balena e uomo sono molto simili (89%), si tratta quindi di ortologia dato che si tratta di sequenze di beta-emoglobina.

Invece le sequenze amminoacidiche tra gorilla e uomo sono piuttosto differenti (41%), in questo caso sono sequenze paraloghe, infatti è il confronto tra una alfa-emoglobina e una beta-emoglobina.

Per lo stesso motivo sono differenti le sequenze tra balena e gorilla (38%), geni quindi paraloghi.

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA MARIA NOCCHI - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:12

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?l-uomo e il gorilla sono paraloghi  in quanto dal gene A avviene una duplicazione, possono avere funzioni simili. Mentre con la balena sono ortologhi in quanto i geni derivano da speciazione ossia separazione della specie.

Tipologia: Intervento
Autore: NICOLA MARI - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:13

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:49%
Balenottera - Gorilla:21%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

tutti paraloghi

Tipologia: Intervento
Autore: MARTINA SAVI - studente
Replay #2
Data: 19/10/2010 14:15

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

sono paraloghi perchè la storia evolutiva evidenzia maggiore somiglianza nel pool genico ma in realtà dai dati emerge il contrario, ossia l'uomo si avvicina maggiormente alla balena per quanto riguarda l'identità .

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA MILIZIANO - studente
Replay #3
Data: 19/10/2010 14:17

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_BALAC Hemoglobin beta chain - Balaenoptera acutorostrata
HLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKV
KAHGKKVLASFSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGK
EFTPELQAAYQKVVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla :41%
Homo - Balenottera:89%
Balenottera - Gorilla:38%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA COMASTRI - studente
Replay #4
Data: 19/10/2010 15:50

Quali sono gli estremi del gene? estremi del gene sul cromosoma 121518316..121534158

In quale cromosoma si trova? 10

Quali sono gli estremi della sequenza codificante? CDS join(32..203,1009..1164,2411..2513,6329..6643,8054..8224,
                     15414..15831)

Quale è il punto isoelettrico della proteina? 8.89

Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu(10.4%)

Quale è il coefficente di estinzione?105350(cistine) ; 104850(cys ridotte)

Tipologia: Intervento
Autore: ELISABETTA BERTINO - studente
Replay #4
Data: 19/10/2010 21:54

Considerate le sequenze:

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

1) Allineare le sequenze e indicare le % di identità.
Homo - Gorilla : 41%
Homo - Macropus : 74%
Macropus - Gorilla: 36%

2) pensate che i geni siano ortologhi o paraloghi? Per quale motivo?

I geni dell'uomo e del gorilla sono paraloghi perchè, nonostante appartengano a due specie vicine dal punto di vista evolutivo, non presentano molte omologie e svolgono funzioni diverse. I geni dell'uomo e del canguro sono ortologhi perchè presentano forti omologie e svolgono la stessa funzione.

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA ANTONIETTA PRINCIPALLI - studente
Replay #7
Data: 25/10/2010 00:43

_ Quali sono gli estremi del gene?  121518316..121534158

_ In quale cromosoma si trova? 10

_ Quali sono gli estremi della sequenza codificante? join(32..203,1009..1164,2411..2513,6329..6643,8054..8224,15414..15831)

_ Quale è il punto isoelettrico della proteina?  8.89

_ Quale è l'ammino acido più abbondante? Leu

_ Quale è il coefficente di estinzione? 105350 (Cys ossidate)  104850 (Cys ridotte)

Maria Antonietta Principalli