1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 0.1x10=1 per sito, 1x100=100 pam
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e maiale? 0.1x2=0.2 per sito 0.2x100=20 pam
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? la sequenza hba gorgo è una sequenza paraloga in quanto risulta essere molto lontana rispetto alle altre sequenze;mentre le altre sequenze sono tutte ortologhe
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? hba gorgo
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e maiale?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1)100 PAM 2)20 PAM 3)Le sequenza HBA_GORGO e HBB_HUMAN sono paraloghe perchè la distanza con le altre è notevole. Le sequenze HBB sono invece ortologhe perchè molto vicine tra loro. 4) La sequenza outgroup è l'HBA_GORGO perchè la distanza dalle altre sequenze è notevole.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) DNAligasi1: salda nick nel DNa a doppio filamento durante la replicazione del DNA, la ricombinazione e la riparazione.
2) peso molecolare: 101736.1
coefficiente di estinzione: 65945
pI: 5.49 quindi è da considerarsi acida
3) 2 pattern:
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
1) Qual'è la funzione della proteina?
This protein is DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA replication, DNA recombination and DNA repair.
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
Molecular weight: 101736.1 Ext. coefficient 65945 La proteina è acida ( p.to isolettrico 5.49)
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1.DNA ligase I Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 1
2.Peso molecolare 101736 Dalton
Coefficente di estinzione: 65945
Punto isoelettrico: 5.49 quindi la proteina è acida
3. due possibili pattern:
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
La proteina è la DNA ligasi 1. Ha la funzione di catalizzare la chiusura di nick presenti nel DNA durante la replicazione, ricombinazione e riparazione.
peso molecolare 101736.1
coefficiente di estinzione 65945
dato che il punto isoelettrico è a 5,49 la proteina è acida
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
La proteina è una DNA ligasi che interviene nella replicazione del DNA
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
Peso molecolare: 101736.1 Da o 10.2 KDa
coefficiente di estinzione: 65945 La proteina è acida perchè il punto isoelettrico è 5.49
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1)E' una DNA ligasi.
2) P.M.= 101736.1 Da;
Ext. coefficient 65945; p.I= 5.49 la proteina è acida
3) DNA ligasi A1 566-574 EYKYDGQRA DNA ligasi A2 720-746 EGLMVKtldvdat.YEiakrs.Hnwl..KLK
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) ls proteina è una Dna ligasi e agisce nella replicazione.
2) peso molecolare 101736 coefficiente d'estinzione 65945 la proteina è acida.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1)DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA replication, DNA recombination and DNA repair.
2)peso molecolare:101736.1 coefficiente d'estinzione:65945 la proteina è:acida. 3)I 2 pattern sono: DNA_LIGASE_A1 DNA_LIGASE_A2 Filomena Nicolanna-Simone Landi
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) La proteina è una DNA ligasi agisce durante la replicazione del DNA
2) peso molecolare 101736 dalton o 10,2 kDa
coefficiente d'estinzione 65945
la proteina è acida perchè il punto isolelettrico è 5.
3) la proteina contiene 2 patterns: DNA ligasi A1 e DNA ligasi A2
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) La proteina è una DNA ligasi
2) La proteina pesa 101736.1 Da, Il suo coefficiente di estinzione è 65945.
Il punto isoelettrico è di 5.49, proteina acida
3) Pattern: [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1)La DNA ligasi si attacca alla forca replicativa permettendo l'apertura dei due filamenti e conseguentemente la ricombinazione e la riparazione.
2)Peso molecolare di 102 KDa
PI di 5.49
Coefficiente di estinzione di 65945
La proteina è acida.
3)E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) DNA ligasi che agisce durante la replicazione,ricombinazione e riparazione DNA
2)peso molecolare= 101736.1 dalton
coefficiente di estinzione= 65945
Theoretical pI: 5.49 ,quindi la proteina è acida.
3)pattern contenuti= 2 pattern, DNA ligasi A1 e DNA ligasi A2
DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA replication, DNA recombination and DNA repair. The mitochondrial form is required for mitochondrial DNA maintenance but is non-essential while the nuclear form is essential for cell viability.
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
Molecular weight: 84828.2
Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.
Ext. coefficient 51770 Abs 0.1% (=1 g/l) 0.610, assuming all pairs of Cys residues form cystines
Ext. coefficient 50770 Abs 0.1% (=1 g/l) 0.599, assuming all Cys residues are reduced
La proteina risulta basica
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
2, PS00697 DNA_LIGASE_A1 ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site : 417 - 425: EYKYDGERA
DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA replication, DNA recombination and DNA repair. The mitochondrial form is required for mitochondrial DNA maintenance but is non-essential while the nuclear form is essential for cell viability.
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
Molecular weight: 84828.2
Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.
Ext. coefficient 51770 Abs 0.1% (=1 g/l) 0.610, assuming all pairs of Cys residues form cystines
Ext. coefficient 50770 Abs 0.1% (=1 g/l) 0.599, assuming all Cys residues are reduced
La proteina risulta basica
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
2, PS00697 DNA_LIGASE_A1 ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site : 417 - 425: EYKYDGERA
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
é una dna ligasi che chiude il doppio filamento di dna, durante la replicazione del dna, la ricombinazione e la riparazione
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
P.M. 84828,2 é BASICA (P.I. 7,4) , coeff. estinzione 51770
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Dna ligasi A1 : [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
Dna ligasi a2: E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
1) Qual'è la funzione della proteina? DNA ligasi che interviene durante replicazione, riparazione e ricombinazione del DNA
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra. PM 84828,2 (85kD), pI=7.44 perciò la proteina è neutra. coeff. di estinzione=51770
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
DNA ligasi 1, interviene nella replicazione, nella ricombinazione e nella riparazione del DNA.
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
84828, 51770
la proteina è neutra (pI=7,44)
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
la sequenza corrispondente alla DNA ligasi 1 è EYKYDGERA (pattern[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]), quella corrispondente alla DNA ligasi 2 è EGLMVKmlegpeshYEpskrs.Rnwl..KLK.(pattern E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K)
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) è una dna ligasi che interveniene nella replicazione, nella ricombinazione e nella riparazione del DNA.
2)
PM= 84828.2
La proteina è neutra
il coefficente di estinzione è = 51770
3) 2 pattern
DNA_LIGASE_A1ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
DNA_LIGASE_A2ATP-dependent DNA ligase signature 2
:
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1. DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA
replication, DNA recombination and DNA repair. The mitochondrial form
is required for mitochondrial DNA maintenance but is non-essential
while the nuclear form is essential for cell viability.
2.peso molecolare:84,8kD coeff.di estinzione:51770.LA PROTEINA è NEUTRA.
3.I PATTERN SONO:
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
La proteina è una DNA ligasi che interviene durante la replicazione, la ricombinazione o la riparazione del DNA
DNA ligase that seals nicks in double-stranded DNA during DNA
replication, DNA recombination and DNA repair. The mitochondrial form
is required for mitochondrial DNA maintenance but is non-essential
while the nuclear form is essential for cell viability.
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
Peso molecolare 84.8 K Da
coefficiente di estinzione 51770
la proteina è neutra, tendente al basico P.I. 7.44
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) la proteina è una DNA ligasi 1
2) peso molecolare: 84828.2 coefficente di estinzione 51770 Coefficente di estinzione 50770 (assumendo che tutte le cisteine siano ridotte)
pattern:
E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K
1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) E una proteina DNA LIGASI
2) IL peso molecolare 84,8 K DA, il coefficiente di estinzione è 51770,la proteina è neutra,il punto isoeletrico è 7.44
3)
[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_YEAST 1) Qual'è la funzione della proteina?
2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra.
3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.
1) è una DNAligasi I, sigilla i nick nel DNA a doppia elica del DNA durante la
replicazione, la ricombinazione del DNA e di riparazione del DNA.
2) peso molecolare 85 KDalton
coefficiente di estinzione 51770
La proteina è neutra
3) [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
che nella proteina si trova come :
EYKYDGERA nella DNA ligasi A1 e come EGLMVKmlegpeshYEpskrs.Rnwl..KLK nella DNA ligasi A2
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
regucalcin, PM 33,109 Può avere un ruolo dell'attività enzimatica nel fegato. allineamento globale: somiglianza 52%, score 439 allineamneto locale: somiglianza 54,6&, score 454.
le proteine che contengono il dominio sono 1478. Sì,il dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
luciferin-regenerating enzyme(enzima per la rigenerazione della luciferina), luciola cruciata, 309aa , 930(con il codone di stop).
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
23
identità 37% somiglianza 55%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcin, 33109, May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver (agisce nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato)
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
globale: somiglianza 52% score 439
locale: somiglianza 54.6% score 454
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
Tipologia: Intervento
Autore: OLGA CHIESA - studente Replay #1
Data: 19/01/2010 13:01
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Descrizione: Luciola cruciata G-LRE mRNA for luciferin-regenerating enzyme
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Numero Hit: 23
Percentuale identità: 107/289 (37%)
Percentuale somiglianza: 159/289 (55%)
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Nome: Regucalcin
Peso Molecolare: 33,109
Funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged live
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Locale:
Similarity: 166/304 (54.6%) Score: 454.0
Globale:
Similarity: 173/333 (52.0%) Score: 439.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
Il dominio ha stuttura nota poichè abbiamo un'immagine e dei identificativi PDB; le proteine che contengono questo dominio sono 1478
1)Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
2)Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
3)Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
4)Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
5)Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
2)il numero di “hit” con
E<10-1 è 23 % identità =37 %somiglianza= 55
3)proteina: RECUCALCINA P.M.= 33109 Da o 33KDa funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
3. Nome proteina: Regulacina; Peso molecolare= 33,109Da; Funzione:Può giocare un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. Diminuzione del RGN conduce alla disregolazione di calcio segnalazione nel fegato.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1- la proteina è un enzima rigenerante la luciferina. Organismo di provenienza: Luciola cruciata. Lunghezza sequenza nucleotidica: 930 bp, 309 aa
2- hit: 23 I%= 37 S%= 55
3- nome proteina: Regucalcina, MM= 33109 D. May play a role in the regulation of enzimatic activity in the liver.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
DEFINITION Luciola cruciata G-LRE mRNA for luciferin-regenerating enzyme
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
HIT: 23
Identities = 107/289 (37%)
Positives = 159/289 (55%)
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcin
PM: 33,109
May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1)Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
2)Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
risposta:il numero di “hit” con
E<10-1 è 23
La percentuale di identità con il coniglio = 107/289 (37%),
La percentuale di somiglianza con il coniglio= 159/289 (55%)
3)Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
risposta:Regucalcin
peso:33,109 dalton
funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
4)Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
risposta:score globale: 439 somiglianza: 52%
score locale: 454 somiglianza 54,6%
5)Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
-luciferin-regenerating enzyme; Luciola cruciata; 930 nucleotidi; 309 aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
-il numero delle hit con E< 10^-1 è di 23; la percentuale dell' indentità è 37%; la somiglianza è del 55%; in questo caso la E=2e-42.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
- il nome della proteina è Regulcalcine; il peso molecolare è di 33 Da; May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
funzionee: May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
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Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina
di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata.
Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e
dell'allineamento globale
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
organismo: Photinus pyralis
funzione:mRNA codificante l'enzima che rigenera la luciferina
927 nucleotidi
308 aminacidi
hit:25 I=38% S=53%
nome:Regucalcina
massa:33109 Da
funzione:Può giocare un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. Una diminuzione del RGN conduce alla disregolazione di calcio segnalazione nel fegato di età
score 452 somiglianza 49.4% del globale
locale score 463 somiglianza 51.8%
seed 51 full 1478 si ha struttura nota: PDB entry 1e1a: Laura Maltraversi
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Proteina che rigenera la luciferina. Protinus pluralis. 927 pb. 308 aa.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
25.I =38%.S=53%.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcina. Lega Ca 2+, funzione di regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. 33.109 Da.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice BLOSUM62.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza a) riportare la descrizione della proteina
codificata, b) l'organismo di provenienza c) la lunghezza in nucleotidi e d) la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente:
a) Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme, complete cds.
b) Photinus pyralis (common eastern firefly).
c)927
d)308
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Photinus pyralis (North American firefly) lucciola Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme, luciferin regenerating enzyme 308 AA. 308*3+3=927
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcin Short name=RC Alternative name(s): Senescence marker protein 30
33,109Da May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver. Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the aged liver
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
seed 51 full 1478 si ha il dominio ha struttura nota
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Descrizione proteina: Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme
Organismo di provenienza:Photinus pyralis
Lunghezza in nucleotidi: 927
Lunghezza in AA: 308
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio
Numero di hit: 25
Percentuale di identità: 38%
Percentuale di somiglianza: 53%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcina
Peso molecolare 33,109 Da
Funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice BLOSUM62
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme, complete cds.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1,
la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina
omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il
nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal
record.
Nome proteina: regucalcina
peso molecolare proteina = 33108.6
lega Ca 2+ funzione di regolazione
dell'attività enzimatica nel fegato.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la
proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo
score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice
PAM250
Globale score:439, somiglianza:52%
locale score 454, somiglianza 54.6%
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450.
Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti
"seed " e "full " e dire se il dominio ha struttura
nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
la proteina codificata è un enzima che serve per generare la luciferina, proviene dall'organismo Photinus pyralis (common eastern firefly , lucciola
lunghezza nucleotidi 927 lunghezza proteina 308 aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
hit 16
identità 38%
somiglianza 53%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
locale
somiglianza 52%
score 439
globale
somiglianza 54,6%
score 454
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme 927 bp 308aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
name: Regucalcin
alternative name: Senescence marker protein 30
function: May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
peso molecolare= 33,109 Da
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
-Proteina che rigenera la luciferina.
-Photinus pyralis (lucciola)
-927 bp
-308 aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
-25 "hit"
-identità:38%
-somiglianza:53%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
-Regucalcina
-33,109
-Può regolare l'attività enzimatica nel fegato.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
-52.0%
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Enzima che rigenerala luciferina.
photinus pyralis.
927 bp.
308 aa.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
25
I=38% s=53%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regilcacin.
33,109 Da
Ruolo di regolazione dell'attività enzimatica nel fegato.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
s=52%
Score: 439.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Enzima che rigenera la luciferina; l'organismo è la lucciola (Photinus pyralis); lunghezza nucleotidi = 927; lunghezza aa = 308.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcin, ha un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica del fegato; peso molecolare = 33,109 Da.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
proteina codificata: enzima che rigenera la luciferina
organismo di provenienza: Photinus Pyralis
lunghezza in nucleotidi: 927bp
lunghezza in aa: 308aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
nome proteina: Regucalcina
PM: 33.109
funzione: regolazione dell'attività enzimatica nel fegato.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.
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