Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28 (2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178. (3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ALA e CYS (4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? ALA e CYS
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_aqupy con muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28 (2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178. (3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 C178 (4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 C178
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significativitą dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significativitą dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1.è identificativo nella famiglia PALP o PF00261(is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a multitude of reactions) con significatività 5.7e-84 e in ACT o PF01842(is proposed to be a conserved regulatory binding fold)con significatività 2.6e-08
2. Le strutture note in ACT sono 30 mentre in PALP sono molto più presenti
Questa proteina è un enzima che ha come cofattore il Piridossal Fosfato (quindi una trasferasi) regolata dalla concentrazione di un certo amminoacido (dominio ACT)
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1.è identificativo nella famiglia PALP o PF00261(is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a multitude of reactions) con significatività 5.7e-84 e in ACT o PF01842(is proposed to be a conserved regulatory binding fold)con significatività 2.6e-08
2. Le strutture note in ACT sono 30 mentre in PALP sono molto più presenti
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme (PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
(PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con
significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
(PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con
significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
1. I due domini sono identificati come PALP con significatività E=5.7e-84 e ACT con significatività E=2.6e-08
2. Sono presenti diverse strutture note per entrambi i domini
3. Per il dominio PALP sono presenti 155 sequenze seed e 11815 ful;
per il dominio ACT 180 seed e 12273 full
il
dominio ACT è presente in enzimi che sono regolati dalla concentrazione
degli aminoacidi, che vi si legano in modo specifico. Il legame di ACT
all'aminoacido regola l'attività dell'enzima ad esso associato.
Il dominio PALP è caratteristico degli enzimi dipendenti dal piridossal fosfato.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1) due domini: PALP PF00291 (E = 5.7e-84) e ACT PF01842 (E = 2.6e-08)
2) entrambi i domini presentano strutture note
3) Dominio Palp: allineamenti Seed = 185
allineamenti Full = 11815
Dominio Act: allineamenti Seed = 180
allineamenti Full = 12273
La famiglia di domini ACT ha generalmente un ruolo regolatorio; i domini ACT sono collegati ad un certo numero di enzimi regolati dalla concentrazione amminoacidica. I domini PALP fanno parte di enzimi dipendenti dal piridossal fosfato.
SONO PRESENTI CIRCA 118 STRUTTURE NOTE PER PALP E 30 PER ACT.
ALLINEAMENTI: PALP SEED 155 FULL 11815
ACT SEED 180 FULL 12273
LA PROTEINA POTREBBE SVOLGERE ALCUNE FUNZIONI COME DECARBOSSILAZIONE, DEAMINAZIONE E TRANSAMINAZIONE ED HA IL PIRIDOSSAL FOSFATO COME COFATTORE. IL DOMINIO ACT è LA PARTE REGOLATIVA DIPENDENTE DALLA CONCENTRAZIONE AMINOACIDICA.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1)PALP(PF00291);E=5.7e-84
ACT domain(ACT) E=2.6e-08
2)Ci sono strutture note per i due domini:ad esempio per PALP si ha 1k7x e per ACT si ha 1sc6
1. Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
2. Eventuale presenza di strutture note per i due domini
3. Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
PALP: Pyridoxal phosphate is the active form of vitamin B6 (pyridoxine or
pyridoxal). PLP is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a
multitude of reactions, including decarboxylation, deamination and
transamination
IGPS: Indole-3-glycerol phosphate synthase () (IGPS) catalyses the fourth
step in the biosynthesis of tryptophan, the ring closure of
1-(2-carboxy-phenylamino)-1-deoxyribulose into
indol-3-glycerol-phosphate. In some bacteria, IGPS is a single chain
enzyme
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti: IGPS E=3.5e-79 è un indol 3 fosfato sintasi , PALP E=7.7e-43 è enzima dipendente dal piridossale fosfato
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini. Si per ex: Palp (1fuy) o (1pii)
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio IGPS seed 20 full2141, PALP seed 155 full 1185
crivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti IGPS (indol 3 fosfato sintasi) E=3.5e-79 e PALP ( enzima dipendente dal piridossal fosfato) E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini sì IGPS 1juk, PALP 1j0e
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio PALP seed 155, full 11815, IGPS seed 20, full 2141
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- IGPS con significatività 3.5e-79; PALP con significatività 7.7e-43
- Sì per esempio IGPS la struttura 1j5t; per PALP 1tzj
- Per IGPS ci sono 20 sequenze seed e 2141 full. Per PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full.
IGPS catalizza il quarto passaggio nella biosintesi del triptofano, mentre PALP è un catalizzatore versatile che agisce come coenzima in molte reazioni tra cui la decarbossilazione, deaminazione e transaminazione.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- Identificativo Pfam IGPS e PALP con significatività di 3.5e-79 ed 7.7e-43
- IGPS 1j5t ; PALP 1a5b
- IGPS seed 20 full 2141; PALP seed 155 full 11815
Funzione del dominio IGPS: catalizza il quarto passaggio della biosintesi del triptofano
Funzione del dominio PALP: lega il PLP utilizzandolo come coenzima
PALP E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
PDB entry 1z7w
PDB entry 1a53
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
IGPS seed= 20 full=2141
PALP seed=155 full=11815
IGPS è coinvolto nella sintesi del triptofano, mentre PALP è un coenzima coinvolto nella biosintesi di diversi aminoacidi. uniti in un'unica proteina probabilmente PALP fa da attivatore per IGPS nella sintesi del triptofano.
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS con E=3.5e-79
PALP con E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
Per entrambe esiste una struttura nota identificata con 1jul per IGPS e 1j0c per PALP
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Per PALP si ha un seed di 155 e un full di 11815 mentre per IGPS si ha un seed di 20 e un full di 2141.
IGPS è il catalizzatore del quarto stadio della sintesi del triptofano mentre PALP è un enzima dipendente dal piridoxal-fosfato ed è implicato nella sintesi degli amminoacidi.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
risposte:
1) IGPS 3.5e-79
PALP 7.7e-43
2) si ci sono strutture note
3) esistono 20 sequenze seed e 2141 full per il dominio IGPS
esistono 155 sequenze seed e 11815 full per il dominio PALP
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
-IGPS,3.5e-79
PALP, 7.7e-43
- 1x1q e 1iip
-GIPS : seed(20),full(2141)
PALP : seed(155),full(11815)
Il dominio IGPS ha un'importante funzione nella sintesi del triptofano
Il dominio PALP,enzima che usa come coenzima il piridossal-fosfato
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1. l'identificativo è IGPS e la significatività 3.5e-79 ; PALP con significatività 7.7e-43
2.si esitono delle strutture note per i 2 domini.
3. Per IGPS ci sono 20 sequenze seed e 2141 sequenze full ; per PALP esistono 155 sequenze seed e 11815 sequenze full.
IGPS catalizza il quarto passaggio della biosintesi del triptofano. PALP è un catalizzatore versatile attivo in molte reazioni.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1) Identificativi: - IGPS significatività 3.5e-79
- PALP significatività 7.7e-43
2) Sì, per entrambi: per esempio 1i4n per IGPS (http://pfam.sanger.ac.uk/structure/getimage/2c3z?size=s) e 1k7x per PALP (http://pfam.sanger.ac.uk/structure/getimage/1k7x?size=s)
3) IGPS: 20 seed e 2141 full; funziona da catalizzatore nella reazione di sintesi del triptofano.
PALP: 155 seed e 11815 full; fa parte di una famiglia di enzimi piridossal-fosfato dipendenti ed è coinvolto nella biosintesi di aa.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS 3.5e-79
PALP 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
sì esistono, per esempio per IGPS c'è PDB entry 1j5t
per PALP
PDB entry 2clo
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
per IGPS : seed 20, full 2141
per PALP : seed 155, full 11815
IGPS è un enzima che catalizza il 4° step nella biosintesi del triptofano
PALP è un enzima membro della famiglia dipendente dal piridossal fosfato, agisce come coenzima in molte reazione come la decarbossilazione, deamminazione e transamminazione.
-Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
-IGPS 3.5e-79, PALP 7.7e-43
-1x1q e 1iip
-esistono 20 sequenze seed e 2141 full per IGPS, mentre per il PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full
IGPS è un enzima coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi del triptofano,mentre PALP è un enzima dipendente dal pirodossal fosfato
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti: IGPS con significatività 3.5e-79 e PALP con significatività 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini: sì, ad esempio 1x1q e 1iip
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio: nel dominio IGPS si hanno 20 sequenze seed e 2141 full, mentre nel dominio PALP si hanno 155 sequenze seed e 11815 full.
Il dominio IGPS è coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi del triptofano.
Il dominio PALP è un enzima dipendente dal piridossal fosfato ed è un catalizzatore versatile, attivo come coenzima in molte reazioni.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS significatività= 3.5e-79
PALP significativà= 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
IGPS: 8 proteine a barile con singoli domini (beta/alfa), con uno (eIGPS) o due (sIGPS) eliche aggiuntive inserite dopo il primo foglietto beta.
PALP: la subunità ha due domini che sono approssimativamente della stessa taglia e simili l'uno all'altro nel pattern di ripiegamento. ognuno presenta un core di 4 foglietti beta paralleli con 3 eliche sulla superficie interna e una sulla superficie esterna. Il cofattore viene legato all'interfaccia tra i domini.
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
L'identificativo è IGPS con siginficatività 3.5e-79; PALP con 7.7e-43.
Esistono strutture note, per esempio 1x1q e 1iip.
Per il dominio IGPS esistono 20 sequenze seed e 2141 full,mentre per il dominio PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full.
Funzione
dominio IGPS: enzima coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi
del triptofano; dominio PALP: enzima dipendente dal piridossal fosfato.
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1)La distanza in PAM è di 60. 2)La distanza in PAM è di 30. 3)Le sequenze di uomo e gorilla sono paraloghe;le sequenze tra uomo e canguro sono ortologhe 4)E' il gorgo.
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1) tra 80 e 90 2) tra 20 e 30 3) la sequenza di gorilla è molto probabilmente paraloga a tutte le altre le altre sono ortologhe tra loro 4) la sequenza di gorilla potrebbe essere usata come outgroup
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1) 0.8 - 0.9 mutazioni per sito, quindi 80-90 Pam 2) circa 20-30 Pam 3) La sequenza di HBA GORGO non è ortologa (quindi è paraloga) 4) outgroup: HBA GORGO
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
la distanza in PAM tra uomo e gorilla è circa 100
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
la distanza in PAM tra uomo e canguro è circa 30
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? HBA-GORGO è sicuramente una sequenza paraloga, data la sua posizione anche HBB-HUMAN potrebbe essere paraloga
4) Quale sequenza potrebbe essere usata come outgroup? si potrebbe usare come outgroup HBA-GORGO, perchè si tratta di una globina alfa, mentre tutte le altre sono beta.
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1) tra 80 e 90 2) tra 20 e 30 3) la sequenza di gorilla è molto probabilmente paraloga a tutte le altre le altre sono ortologhe tra loro 4) la sequenza di gorilla potrebbe essere usata come outgroup
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? La distanza in PAM tra uomo e gorilla è di circa 100
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? La distanza in PAM tra uomo e canguro è di circa 30
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? Paraloghe uomo-gorilla, perchè sono molto distanti. Le sequenze uomo- canguro potrebbero essere omologhe.
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? Quella di gorilla
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1)La distanza in PAM è circa di 90. 2)La distanza in PAM è circa di 30. 3)La sequenza di HBA_GORGO è paraloga; le altre sequenze tra loro sono ortologhe tra loro 4)HBA_GORGO.
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1-distanza in pam e circa di 90. 2-distanza in pam è di circa 30 3-la sequenza di HBA di gorgo è paraloga le altre tre sono ortologhe 4-HBA_GORGO. SIMONE LANDI 3-
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1)la distanza in pam è di circa 90. 2) la distanza in pam è di circa 30. 3) il gorilla è paraloga, le altre sequenze tra loro sono ortologhe 4) la sequenza hba_gorgo
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
1) 70 PAM
2) 25 PAM
3) il rapporto tra le sequenze di uomo e gorilla ci fanno pensare che le sequenze siano paraloghe,in quanto distanti, le altre tra loro sono ortologhe.
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? distanza tra HBA GORGO e HBB HUMAN è di 100 PAM
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e maiale? distanza tra HBB HUMAN e HBB PIG è di 20 PAM
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? tra le HBB esiste una probabile relazione di ortologia. fra la HBA e le HBB esiste una probabile relazione di paralogia.
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? HBA GORGO
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 90-100
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e maiale? 15-20
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? -le sequenze HBB sono tra loro ortologhe perchè le loro differenze sono dovute a speciazione -le sequenze HBB con HBA di gorilla son paraloghe perchè le loro differenze sono dovute ad un evento di duplicazione
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? HBA di gorilla
