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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: DENISE LANDOLFI - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 12:59
1) la proteina omologa dell'uomo più significativa è membro della famiglia delle nitrilasi (E= 4e-15)
somiglianza del blast:
Identities = 73/290 (25%), Positives = 133/290 (45%)
2)Allineamento globale:
Identity: 79/601 (13.1%)
Similarity: 145/601 (24.1%)
3)Allineamento locale:
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
Somiglianza locale
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: ERJOLA DJALA - studente
Replay #3
Data: 17/11/2009 13:00
La significatività ricavata con Blast è di : 4e-15.
La percentuale di somiglianza è del 45 %.
La percentuale globale di identità è di 13,1%.
La percentuale globale di somiglianza è di 24,1%.
La percentuale locale di identità è di 25,7%.
La percentuale locale di somiglianza è del 46,2%.
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: PATRIZIA CHERUBINI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:00
% di somiglianza e significatività del Blast: E= 4e-15
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle) blosum62
Identity: (13.1%)
Similarity: (24.1%)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water) blosum62
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
Patrizia Cherubini
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: STELLA LO BARCO - studente
Replay #4
Data: 17/11/2009 13:00
La % di somiglianza del Blast è: Positives = 133/290 (45%)
La significatività (E) è di 2e-20
Allineamento globale
Identity: 79/601 (13.1%)
Similarity: 145/601 (24.1%)
Score: 221.5
Allineamento locale
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
Score: 235.5
Somiglianza locale
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: DANIELA MANDALARI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:00
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)
significatività in blast 4e-15.
globale %identità: 79/601 (13.1%)
% somiglianza: 145/601 (24.1%)
locale % identità: 74/288 (25.7%)
% somiglianza: 133/288 (46.2%)
l'allineamento è locale.
Daniela Mandalari Valentina Carbognani
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: VANESSA CATALDI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:00
1- l expect (E) corrisponde a 4e- 15
2- identità= 13.1% somiglianza=24,1%
3-somiglianza locale=46,2%
identità locale= 25,7%
la somiglianza è locale
vanessa cataldi e simone landi
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: AMBRA DONDI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:00
1. Blast
Valore E: 4*10^-15 (valore significativo)
Positives (somiglianza) = 133/290 (45%)
3. Allineamento locale
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
Gaps: 47/288 (16.3%)
Score: 235.5
2. Allineamento globale
Identity: 79/601 (13.1%)
Similarity: 145/601 (24.1%)
Gaps: 328/601 (54.6%)
Score: 221.5
somiglianza locale
Ambra Dondi, Virginia Ingrosso
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: ANTONELLA FALCONIERI - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 13:01
1) significatività : 4e-15
2) GLOBALE :% di identità 13,1
% di somiglianza 24,1
3) LOCALE : % di identità 25,7
% di somiglianza 46,2
DAI RISULTATI SI EVINCE CHE BISOGNA CONDURRE UN ALLINEAMENTO LOCALE.
FALCONIERI ANTONELLA
FERRARI VALENTINA
UGHINI ELISA
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA LAZZERINI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:01
%somiglianza e significatività del blast: 4e-15
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle):
-IDENTITà:13.1%
-SOMIGLIANZA:24.1%
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water):
-IDENTITà:25.7%
-SOMIGLIANZA:46.2%
La somiglianza è locale, aumenta la somiglianza e lo score.
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA GUGLIERI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:01
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)
Omologo in Homo sapiens: famiglia delle nitrilasi
1_ Somiglianza 133/290 (45%)
Significatività 2e-20
2_ Somiglianza: 145/601 (24,1%)
Identità: 79/601 (13,1%)
3_ Somiglianza: 133/288 (46,2%)
Identità: 74/288 (25,7%)
Somiglianza locale
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: CHIARA CORUZZI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:01
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza 23.6%
significatività del Blast E= 4e-15
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
Identity: 78/601 (13.0%)
Similarity: 142/601 (23.6%)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
la somoglianza è locale
martina inoretti
martina grecch
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: VERONICA BELLONI - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 13:02
Significatività del Blast: E=4e-15
Somiglianza: 45%
Globale:
Identità: 13.1%
Somiglianza:54.6%
Locale:
Identità: 25.7%
Somiglianza:46.2%
Sono evidenti le differenze tra Allineamento Locale e Globale, si individuano somiglianze locali.
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA CLARIZIO - studente
Replay #3
Data: 17/11/2009 13:02
%somiglianza e significatività del blast: 4e-15
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle):
-IDENTITà:13.1%
-SOMIGLIANZA:24.1%
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water):
-IDENTITà:25.7%
-SOMIGLIANZA:46.2%
La somiglianza è locale, aumenta la somiglianza e lo score.
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: JACOPO SACQUEGNO - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 13:03
1) significatività Blast: 4e-15
2) needle: somiglianza: 24,1%
identità: 13,1%
2) water: somiglianza: 4621%
identità: 27,5%
Jacopo Sacquegno
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: NICOLANNA FILOMENA - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:03
1) La percentuale di somiglianza per blast è del 45% con significativita
2e-20
2)la somiglianza 24.1%)identità 13.1% per allineamento globale
3)la somiglianza è di 46.6% e identità 25.7% per allineamento locale
canzoneri- filomena
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: FABIO PERINI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:03
Significatività in Blast: 4e-15
Somiglianza % in Blast: 45%
Allineamento globale:
# Identity: 79/601 (13.1%)
# Similarity: 145/601 (24.1%)
Allineamento locale:
Identity: 74/288 (25.7%)
# Similarity: 133/288 (46.2%)
Essendo i risultati tra allineamento globale e locale molto diversi,
deduciamo che la somiglianza è locale.
Fabio Perini, Elisa Ambroggi, Beatrice Dosi
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA CAPETTA - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:03
locale: Identity: 74/288 (25.7%)
# Similarity: 133/288 (46.2%)
# Gaps: 47/288 (16.3%)
# Score: 235.5
globale: Identity: 79/601 (13.1%)
# Similarity: 145/601 (24.1%)
# Gaps: 328/601 (54.6%)
# Score: 221.5
E=2e-20
La significatività è locale.
A.CAPETTA M.DANIELI
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA VERANI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 13:03
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)
1) % somiglianza= 45% significatività= 4e-15
2) % identità= 13.1% %somiglianza= 24,1%
3) % identità = 25.7% % somiglianza= 46.2%
Alessia Verani,Beatrice Monti,Caterina Ghielmi
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CARLA GERRA - studente
Replay #3
Data: 17/11/2009 13:03
identità 13.1%
somiglianza 24%
gaps 54.6% score 221.5
maria carla gerra
micol gilberti
alessandra bettuzzi
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: VERONICA BELLONI - studente
Replay #4
Data: 17/11/2009 13:05
Significatività del Blast: E=4e-15
Somiglianza: 45%
Globale:
Identità: 13.1%
Somiglianza:54.6%
Locale:
Identità: 25.7%
Somiglianza:46.2%
Sono evidenti le differenze tra Allineamento Locale e Globale, si individuano somiglianze locali.
VERONICA BELLONI VALENTINA ALBERICI
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA CASSINELLI - studente
Replay #4
Data: 17/11/2009 13:05
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-->
1) identità BLAST 25%
somiglianza BLAST 45%
2) Allineamento globale
identità: 13.1%
somiglianza: 24.1%
3) Allinemento locale
identità: 25.7%
somiglianza: 46.2%
Siccome le differenze tra allinemento locale e globale sono evidenti le
somiglianze sono locali.
Federica Cassinelli Maria Chiara Guidone
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: LUDOVICA LEZZI - studente
Replay #4
Data: 17/11/2009 13:06
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast= E:4e-15
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
=identità:13%/similarità:24%
locale: identità 26%, similarità:46,2%
La somiglianza tra le due sequenze è locale.
Lezzi Ludovica
Pasquini Chiara
Botrugno Ilaria
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Corso 2009/2010 > Esercizio allineamento > Re: Esercizio allineamento
Tipologia: Intervento
Autore: OLGA CHIESA - studente
Replay #5
Data: 17/11/2009 13:09
Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.
la proteina omologa dell'uomo più significativa è membro della famiglia delle nitrilasi (E= 4e-15)
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
Identities = 73/290 (25%), Positives = 133/290 (45%)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)
Allineamento globale:
Identity: 79/601 (13.1%)
Similarity: 145/601 (24.1%)
% di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)
Allineamento locale:
Identity: 74/288 (25.7%)
Similarity: 133/288 (46.2%)
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: CECILIA NOLLI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:08
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast 39% E=6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle) 23.4% e 211
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water) 44,7% e 228,5
La somiglianza è più locale che globale.
Gloria Spagnoli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRA MUSIARI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:08
% di somiglianza=45% e significatività=6e-14
% di somiglianza=23.4% e punteggio dell'allineamento globale (needle)=211
% di somiglianza=44.7% e punteggio dell'allineamento locale (water)=228.5
L'allinemento è locale perchè i valori sono abbastanza distanti
Alessandra Musiari
Serena Rabaglia
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: EMILIO PERFETTO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:11
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
Expect = 1e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Length: 607
# Identity: 79/607 (13.0%)
# Similarity: 142/607 (23.4%)
# Gaps: 340/607 (56.0%)
# Score: 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Length: 295
# Identity: 76/295 (25.8%)
# Similarity: 132/295 (44.7%)
# Gaps: 57/295 (19.3%)
# Score: 228.5
Emilio Perfetto, Michele Pastorelli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIO SARDELLA - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:11
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
Positives = 132/291 (45%) Expect = 6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
usando blosum62
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
usando blosum62
Alessio Sardella
Francesca Di Stefano
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA VOLPE - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:12
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
nitrilase family, member 2 [Rattus norvegicus]
%somiglianza = 45%
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
142/607 (23.4%)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
132/295 (44.7%)
Volpe Angela
Paladino Orsola Letizia
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: LUCA STRAGLIATI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:12
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
nitrilase family, member 2 [Rattus norvegicus]
%somiglianza= 132/291 (45%)
Expect = 6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
L'allineamento è locale
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ADRIANA VITIELLO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:13
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
nitrilase family, member 2 [Rattus norvegicus]
significatività= 6e-14
%somiglianza= 45%
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
Alice Salviati
Adriana Vitiello
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: MATTIA AGOSTI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:13
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
RISPOSTE:
1)% di somiglianza e significatività del Blast 39% E=6e-14
2)Global
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
3)Local
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
L'allineamento è più locale.
Agosti Mattia.
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: SHARON FABIOLA SCOLARI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:13
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
1) somiglianza = 132/291 (45%)
significatività = 6e-14
2) somiglianza = 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
3) somiglianza = 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
Stracci Fabio
Scolari Sharon Fabiola
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO PINELLI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:14
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
1) somiglianza e significatività nel Blast:
Score = 77.0 bits (188), Expect = 4e-14, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 72/291 (24%), Positives = 132/291 (45%), Gaps = 49/291 (16%)
2)Allineamento globale (needle):
Identity: 77/604 (12.7%)
# Similarity: 143/604 (23.7%)
# Gaps: 334/604 (55.3%)
# Score: 189.0
3) Allineamento locale (water):
Identity: 74/292 (25.3%)
# Similarity: 133/292 (45.5%)
# Gaps: 51/292 (17.5%)
# Score: 207.0
Alessandro Pinelli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: STEFANO BRANCA - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 14:14
% di somiglianza e significatività del Blast
somiglianza 45%
significatività 6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
somiglianza 23.4 %
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
somiglianza 44.7%
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCA SANDRINI - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 14:15
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
39% E=6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
23.4% e 211
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
44.7 e 228.5
martina galli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA SANSONE - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:15
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast.
Positives = 132/291 (45%)
6e-14 significatività
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
142/607 (23.4%)somiglianza
211 score
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
132/295 (44.7%)somiglianza
228.5 score
l'allinemento è locale
Maria Carla Teresi
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: LAURA RAFFELINI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:16
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
nitrilase family, member 2 [Rattus Norvegicus]
132/291 (45%)
Expect= 6e-4
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
similarity 142/607 (23,4%)
score 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
similarity 132/295 (44,7%)
score 228.5
L'allineamento è locale
SCARDINA FRANCESCA PAOLA - RAFFELINI LAURA
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: MATTEO PEDEGANI - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 14:16
1) Positives = 132/291 (45%)
NP_001029298 E=6e-14
2) % somiglianza= 23.4%
punteggio= 211
3) % somiglianza= 44.7%
punteggio= 228.5
Matteo Pedegani
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: MATTIA AGOSTI - studente
Replay #3
Data: 17/11/2009 14:18
Agosti Mattia
Correzione: % di somiglianza 45%
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: LAURA GOBBI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:18
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
1) % di somiglianza 45%
significatività: 6e-14
2)% di somiglianza= 23,4%
punteggio dell'allineamento globale (needle) 211
3) % di somiglianza 44,7%
punteggio dell'allineamento locale (water) 228,5
Elisa Taccia, Laura Gobbi
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: GIUSEPPE BALZANI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:19
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
1)% di somiglianza e significatività del Blast
Expect=9e-19
% somiglianza= 132/291 (45%)
2)% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza: 23,4%
Score: 211
3)% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
% di somiglianza: 44,7%
Score: 228.5
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ANNALISA SISTO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:19
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
L'omologo più significativo è nitrilase family, member 2
% somiglianza= 132/291 (45%)
% significatività= 6e-14
% somiglianza allineamento globale= 142/607 (23.4%)
score allineamento globale= 211.0
% somiglianza allineamento locale= 132/255 (44.7%)
score allineamento locale= 228.5
l'allineamento è con ogni probabilità locale.
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: MONIKA BACO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:19
1)
somiglianza 45 % (132/291)
significatività 9e-19
2)globale:
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
3)locale:
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
baco/isufi
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: JONATHAN TODISCO - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 14:19
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
nitrilase family, member 2 [Rattus norvegicus]
% di somiglianza = 132/291 (45%)
Expect = 6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: VINCENZA SPECIALE - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 14:20
% di somiglianza=45% e significatività=6e-14
% di somiglianza=23.4% e punteggio dell'allineamento globale=211
% di somiglianza=44.7% e punteggio dell'allineamento locale =228.5
L'allinemento è locale
GIUSI LANZILOTTI
ROBERTA BARONE
VINCENZA SPECIALE
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ARIANNA MOLINARI - studente
Replay #3
Data: 17/11/2009 14:20
Somiglianza = 6e-14
Allineamento needle
Identity: 79/607 (13.0%)
Similarity: 142/607 (23.4%)
Score: 211.0
Allineamento locale
Identity: 76/295 (25.8%)
Similarity: 132/295 (44.7%)
Score: 228.5
Arianna Molinari
Oliva Ester
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA PESCARA - studente
Replay #4
Data: 17/11/2009 14:20
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
L'omologo più significativo è nitrilase family, member 2
% somiglianza= 132/291 (45%)
% significatività= 6e-14
% somiglianza allineamento globale= 142/607 (23.4%)
score allineamento globale= 211.0
% somiglianza allineamento locale= 132/255 (44.7%)
score allineamento locale= 228.5
l'allineamento è con ogni probabilità locale.
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: ALICE ZUCCOLI - studente
Replay #5
Data: 17/11/2009 14:21
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
L'omologo più significativo è nitrilase family, member 2
% somiglianza= 132/291 (45%)
% significatività= 6e-14
% somiglianza allineamento globale= 142/607 (23.4%)
score allineamento globale= 211.0
% somiglianza allineamento locale= 132/255 (44.7%)
score allineamento locale= 228.5
l'allineamento è con ogni probabilità locale.
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: Elena Paini - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:23
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
45% di somiglianza E= 6e-14 di significatività
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
(23.4%)di somiglianza e 211 di punteggio
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
44,7% di somiglianza e 228.5 di punteggio
vista la grande differenza tra i due valori pertanto la somiglianza è di tipo locale.
Elena Paini
Lucia Isetti
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: DAVIDE SARRA - studente
Replay #5
Data: 17/11/2009 14:23
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
NP.001029298.1 nitrilase family member 2
%somiglianza 45%
significatività 6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
%somiglianza = 18.3%
score = 180
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
%somiglianza = 46.5%
score = 186.5
conclusione = dai risultati si evince che le sequenze hanno una somiglianza locale
Claudia Romanelli
Davide Sarra
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento (M-Z) > Re: Esercizio allineamento (M-Z)
Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA ROSSI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 14:26
Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.
Riportare:
% di somiglianza e significatività del Blast
Somiglianza : 45%
Significatività : E=6e-14
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)
Somiglianza 142/607 (23.4%)
Punteggio = 211.0
% di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)
Somiglianza 132/295 (44.7%)
Punteggio = 228.5
Ilaria Tagliani
Valentina Rossi
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani
- docente
Data: 24/11/2009 09:53
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano. Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato racemasi da diversi batteri:
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: PIETRO CRAVEDI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 12:59
Sequenza più simile a MURI_AQUPY: MURI_BUCAI (somiglianza= 50%)
colonne con residui identici: 27
colonne con residui simili: 58
MURI_AQUPY:
-residuo 70: C
-residuo 178: C
Nelle altre sequenze si ritrovano ancora una Cisteina al 70 e un'altra cisteina al 178
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: PATRIZIA CHERUBINI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:00
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
La sequenza più simile è quella di MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Sono due cisteine
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sono sempre due cisteine
ANGELA SANSONE
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA MARMORINO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:00
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Nella posizione 70 e 178 di MURI_AQUPY c'è una cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? Nella posizione 70 e 178 delle altre sequenze c'è sempre una cisteina
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: MARTINA INORETTI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:01
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI SOMIGLIANZA: 50%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70: cisteina
178: cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
gli aa catalici nelle altre sequenze sono sempre cisteine
Chiara Coruzzi
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: LUCA GARGIULO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:01
LA SEQUENZA PIù SIMILE A MURI_AQUPY è MURY_ABUCAI (50%)
COLONNE CON RESUDUI SIMILI= 58
COLONNE CON RESIDUI IDENTICI= 27
SITI CATALITICI:
MURY_AQUPY: AMINOACIDO 70: CISTEINA (ALTRE SEQUENZA SEMPRE CISTEINA)
178: CISTEINA (ALTRE SEQUENZE SEMPRE CISTEINA)
GARGIULO LUCA
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: DANIELA MANDALARI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:02
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
1)27
2)58
3)Sia nella posizione 70 che in quella 178 c'è una cisteina.
4)Sono sempre cisteine.
Daniela Mandalari
Valentina Carbognani
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA LAZZERINI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:02
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (50%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Cisteina in posizione 70 e 178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?sono sempre cisteine
silvia lazzerini e alessandra d'arelli
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: GIULIANA CIRILLO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:02
la sequenza più simile a MURI_AQUPY è la sequenza è MURIBUCAI con una somiglianza del 50%
Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 57
Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 109+57= 166
Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? due Cys
Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? Cys
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: SERENA MONTALBANO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
é più simile a muri_bucai.
le colonne con residui identici sono 27.
le colonne con residui simili sono 58.
gli amminoacidi in posizione 70 e 178,i catalitici,sono due cisteine.
anche nelle altre sequenze abbiamo sempre due cisteine.
Serena Montalbano
Chiara Lazzarini
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCO DIROMA - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
la sequza simile a quella data è MURI_BUCAI
1)la sequenza identica sono 26; quelle simili sono 58
2) sono in entrmabe le posizioni residui di cisteina
3)è sempre il residuo di cisteina
4)sono sempre residui di cisteina
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: SIMONE LANDI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
1- le colonne con residui identici nell'allineamento sono 27
2- le colonne con residui identici nell'allineamento sono 58
3- Cys 4- 2 cys
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: DANIELE BULGARI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BACUI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? entrambi C (Cisteina)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sempre Cisteina
Daniele Bulgari, Enrico Costanzo
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: LUCA BARBATO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI 50%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? CISTEINA
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?SONO TUTTE E DUE CISTEINE
luca barbato
monia fronzuti
elisa ambroggi
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: JACOPO SACQUEGNO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:03
1) MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola (50%)
1) 27
2) 58
1) sono entrambe cisteine (C)
2) in tutte le sequenze sono cisteine (in posizioni equivalenti)
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ELISA UGHINI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:04
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?Muri_bucai
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?cisteine
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteine
Ughini Elisa
Pace Ramona
Ghielmi Caterina
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: DENISE LANDOLFI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:04
la sequenza più simile a AQUPY è
le colonne con residui identici sono 27
le colonne con residui simili sono 58
nelle posizioni 70 e 178 c'è una cisteina
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: BEATRICE DOSI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:05
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (50%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Cisteina in entrambe le posizioni
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?Sempre cisteina
Beatrice Dosi,Alessia Verani.
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ESTER OLIVA - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:05
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
sequenze identiche 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
le sequenze simili sono 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
sono sempre residui ci cisteina
ILARIA CLARIZIO E OLIVA ESTER
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA FERRARI - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 13:06
la sequenza più simile è quella di MURI_BUCAI.
1) le colonne con residui simili sono 58
2) le colonne con residui identici sono 26
la posizione 70 in MURI_AQUPY è C quindi cisteina, la posizione 178 è occupata da cisteina. In tutte le altre sequenze troviamo sempre cisteina.
ferrari valentina e falconieri antonella
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: AMBRA DONDI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:06
la sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI
- i residui identici nell'allineamento sono 27
- i residui simili nell'allineamento sono 48
- gli amminoacidi catalitici nella sequenza MURI_AQUPY sono due cisteine
- nelle altre sequenze gli amminoacidi catalitici sono sempre cisteine ma nelle posizioni:
MURI_BUCAI: posizione 69 e 181
MURI2_BACS: posizione 70 e 182
MURI_PSESM: posizione 85 e 196
MURI_ECO57: posizione 92 e 205
Ambra Dondi e Virginia Ingrosso
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: NICOLANNA FILOMENA - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 13:07
1) La sequenza più simile è Muri Bucai
2)Le colonne con residui identici sono 26 le sequenze con residui simili sono
58
3)gli amminoacidi catalitici sono cisteina(70) e cisteina (178)
4)gli amminoacidi catalitici nelle altre sequenze sono tutte cistine
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ROSSANA ITALIANO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 13:07
La sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI con una somiglianza del 50%.
le colonne con residui identici sono 27
le colonne con residui simili sono 56
MURI_AQUPY:
residuo 70: C
residuo 178: C
Nelle altre sequenze troviamo sempre delle C in posizione 70 e 178.
Rossana Italiano
Ilaria Botrugno
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: LUDOVICA LEZZI - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 13:13
1)Le colonne simili sono 58, quelle identiche sono27
2)Gli aa catalitici in MURI AQUPY sono:C
3)Gli aa catalitici corrispondenti alla posizione 70 di MURI AQUPY delle altre sequenze sono:
ECO57:92
MURI BUCAI:69
MURI PSESM:85
MURI BACS:70
4)Quelli corrispondenti alla posizione 178 di MURI AQUPY delle altre seq:
ECO57:204
MURI BUCAI:181
MURI PSESM:196
MURI BACS:182
Ludovica Lezzi e Chiara Pasquini
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani
- docente
Data: 24/11/2009 14:09
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
>gi|226951018|ref|YP_002806109.1| glutamate racemase [Clostridium botulinum A2 str. Kyoto]
MSINDKPIGFFDSGVGGISVLKEAFKLLPKEDFLYYGDSKNAPYGTKKVEEVKALTSNATDFLMNKGIKA
LVVACNTATSVTINDLRENYDIPIIGIEPALKPAVELKKGGKIIIMATPMTLAEKKFANLMDLYKETEDI
EPLPCPGLPELIEQGIVSGDIIYNYLKDKFSKYDNEKISSIVLGCTHYPFIEETLKEVTHNKACIIDGSF
GTSRELKRQLKNSNMLREENRVGKVTIFNSREDKDIIDLSYKLFNMK
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: GLORIA SPAGNOLI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:22
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ala e cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? ala e cys
Cecilia Nolli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: LUCA STRAGLIATI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:23
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70=C e 178=C
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? i due aa C sono conservati anche nelle altre sequenze in quanto fondamentali per la funzione
Luca Stragliati
Adriana Vitiello
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: GLORIA SPAGNOLI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:24
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
Cecilia Nolli
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRA MUSIARI - studente
Replay #3
Data: 24/11/2009 14:26
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bacai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
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Corso 2009/2010 > Esercizi allineamento multiplo > Re: Esercizi allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRA MUSIARI - studente
Replay #3
Data: 24/11/2009 14:27
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bacai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: Prof. Riccardo Percudani
- docente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:27
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?con muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cisteina sia nella posizione 70 che 178 (C70 C178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteina sia nella posizione 70 che 178
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ROBERTA BARONE - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:27
1.somiglianza con muri bucai(58%)
2.le colonne con residui simili sono 60. le colonne con residui identici 28.
3.i residui catalitici nelle sequenze di MURI_AQUPY sono la Cisteina sia in posizione 70 che in posizione 178.
4.Anche nelle altre sequenze gli amminoacidi è la Cisteina sia alla posizione 78 che alla posizione 178.
Roberta Barone.
Speciale Vincenza.
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: MATTIA AGOSTI - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 14:27
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 e C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre
sequenze? sono sempre C70 e C178
Agosti Mattia
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CHIARA VENUTI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:27
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 e C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 e C178
Alice Zuccoli
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ELISA IRONI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:27
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?Cisteina in tutte e due le posizioni(70 e 178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteina sia in posizione 70 che in 178
baco monika/ironi elisa
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ELISA MILIOTO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:28
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?è MURI_BUCAI 58%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?CISTEINA SIA IN 70 CHE 178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70C178
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CARLA TERESI - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 14:28
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
in posizione 70 cisteina(C) e anche in posizione 178.
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sono tutte delle cisteine
Sammartano Antonino
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: EGLANTINA CELISLAMI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:28
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? ( 58%) MURI BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? ( 28 COLONNE CON RESUDUI IDENTICHE)
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? (60 COLONNE CON RESIDUI SIMILI)
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ( CISTEINA SIA IN POSIZIONE 70 SIA IN 178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?(C70 C178)
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ANNALISA SISTO - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:28
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
LA sequenza più simile è quella di MURY_BUCAY (58%)
1) Le colonne con resudui identici nell'allineamento sono 28.
2) Le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60.
3) Sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
4) Anche nelle altre sequenze sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
Annalisa Sisto
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA REVERBERI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:28
Francesca Sandrini
Serena Rabaglia
- Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY
MURI_BUCAI 52%
- Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
- Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
- Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
C70 C178
- Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
C70 per tutti
C 178per tutti
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ANDREA ZAGARELLA - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 14:29
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
cisteina (C70 C178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cisteina (C70 ,C178)
Pavia Claudia
Zagarella Andrea
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: GRAZIA NARDELLA - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 14:29
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?ala e cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?ala e cys
grazia nardella
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA PESCARA - studente
Replay #3
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
LA sequenza più simile è quella di MURY_BUCAY (58%)
1) Le colonne con resudui identici nell'allineamento sono 28.
2) Le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60.
3) Sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
4) Anche nelle altre sequenze sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: EMILIO PERFETTO - studente
Replay #2
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? alanina e cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? alanina e cisteina
Perfetto Emilio, Soccio Piera
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ELDA ISUFI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURY_BUCAI (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 C178
ELDA ISUFI, GIUSEPPE BALZANI
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ALICE SALVIATI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
E' MURI_BUCAI, con somiglianza 52%.
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? In posizione 70 la cisteina, in posizione 178 sempre una cisteina.
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?Sono sempre cisteine perchè i siti catalitici sono i maggiormente conservati.
Alice Salviati
Ilaria Tagliani
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ELISA RATTOTTI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:30
Qual è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
La sequenza più simile è MURI_PSESM con il 58% di somiglianza e il 35% di identità.
1) 28 colonne con residui identici
2) 45 colonne con residui simili
3) Gli aminoacidi catalitici sono 2 citosine (C)
4) Viene conservata la cisteina in tutte le sequenze
Elisa Rattotti e Silvia Guglieri
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: LUCIA ISETTI - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
52% MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70 c
178 c
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
cisteina anche nelle altre
lucia isetti
elena paini
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Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio allineamento multiplo > Re: Esercizio allineamento multiplo
Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIO SARDELLA - studente
Replay #1
Data: 24/11/2009 14:30
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_PSESM
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
in posizione 70 è una Cys
in posizione 178 è una Cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
su swissprot non sono indicati gli aminoacidi del sito catalitico.
ipotizziamo siano gli stessi di MURI_AQUPY
Alessio Sardella
Elisa Taccia
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