Tipologia: Intervento
Autore: Gianluigi GIANNELLI - studente
Replay #1
Data: 15/11/2017 18:10

Allineamento globale: Lunghezza: 129 Identità: 53/129 (41.1%) Somiglianza: 63/129 (48.8%) Allineamento locale: Lunghezza: 59 Identità: 44/59 (74.6%) Somiglianza: 49/59 (83.1%) La somiglianza è locale.

Tipologia: Intervento
Autore: Elvia VALENTINI - studente
Replay #1
Data: 15/11/2017 18:11

1. allineamento globale (needle) lunghezza 129 % id 41.1 % % somiglianza 48.8% 2. allineamento locale ( water) lunghezza 59 % id 74.6% % somiglianza 83.1% 3. L'allineamento è locale

Tipologia: Intervento
Autore: Giorgia GREGORI - studente
Replay #1
Data: 15/11/2017 18:11

1)allineamento needle lunghezza: 129 %id: 53/129 (41.1%) %som. all. globale (48.8%) 2)allineamento water lunghezza: 59 %id: 49/59 (74.6%) %som. all. locale 49/59 (83.1%) 3) la somiglianza è locale perché le percentuali di identità e somiglianza sono maggiori nell'allineamento locale.

Tipologia: Intervento
Autore: Virginia DAVOLIO - studente
Replay #1
Data: 15/11/2017 18:12

1)per allineamento globale: Length: 129 Identity: 53/129 (41.1%) Similarity: 63/129 (48.8%) 2)per allineamento locale: Length: 59 Identity: 44/59 (74.6%) Similarity: 49/59 (83.1%) 3)osservando lo score, vediamo che quello locale (211.5) è maggiore rispetto a quello globale( 119.5). Perciò la somiglianza è locale.

Tipologia: Intervento
Autore: Giovanna INCAMPO - studente
Replay #1
Data: 15/11/2017 18:12

1) Lunghezza 129, 41.1%id. e 48.8%som all. globale score 199.5 2) Lunghezza 59, 74.6%id. e 83.1%som all. locale score 211.5 3) La somiglianza è locale

Tipologia: Intervento
Autore: Stefania FUSANI - studente
Replay #3
Data: 15/11/2017 18:13

allineamento globale: lunghezza 129 identità 41.1% somiglianza 48.8% allineamento locale: lunghezza 59 identità 74.6% somiglianza 83.1% L'allineamento è locale

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 22/11/2017 10:26

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?


E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 

Tipologia: Intervento
Autore: Silvia PETRELLI - studente
Replay #2
Data: 22/11/2017 18:30

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus; channel catfish- pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
probabilmente è stata ottenuta per omologia con sequenze di altri organismi

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
nel caso di Homo sapiens le loro annotazioni sono basate su evidenze sperimentali
nel caso di G. gallus sono basate su evidenze sperimentali

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
confronto Ictalurus-Homo:
L'allineamento globale:
Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
 L'allineamento locale:
Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale.

Confronto Ictalurus- G.gallus:
L'allineamento globale:
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
L'allineamento locale:
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale.

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 

E' attendibile perchè omologa a proteine che sono state associate a evidenze sperimentali

Tipologia: Intervento
Autore: Elena DEMBECH - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:36

 Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
La funzione che le viene attribuita è di ipoxantina-guanina-fosforibosiltransferasi.

- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus; pesce gatto maculato.

- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Evidenza bioinformatica con analisi in silico.

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali riportate in molteplici articoli, nei quali sono riportati i dati relativi a purificazioni e caratterizzazioni della proteina.

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?

EMBOSS NEEDLE
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens: 
id  90.8%
som 95.9%

Allineamento tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus:
id 93.6%
som 96.8%

EMBOSS WATER
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens: 
id 90.8%
som 95.9%

Allineamento tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus:
id 93.6%
som 96.8%

E' un allineamento globale.

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché.
L'annotazione della sequenza può essere considerata attendibile poichè la sequenza di questo enzima è  altamente conservata negli organismi filogeneticamente vicini.

Tipologia: Intervento
Autore: Virginia DAVOLIO - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:37

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phophoribosyltrasferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus, pesce gatto maculato.
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
evidenza informatica
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?

HPRT NP_000185NP_000185: evidenzia sperimentale: CRISPR/Cas9-Mediated Scanning for Regulatory Elements Required for HPRT1 Expression via Thousands of Large, Programmed Genomic Deletions

HPRT NP_990179: evidenze sperimentali :Purification and characterisation of chicken brain hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I.PUNCTATUS-H.SAPIENS(ALLINEAMENTO GLOBALE):
Length: 218
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%)

HPRT I.PUNCTATUS-H. SAPIENS( ALLINEAMENTO LOCALE):
Length: 218
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%) 

 L'allineamento è globale

HPRT I.PUNCTATUS-G. GALLUS (ALLINEAMENTO GLOBALE)
Length: 218
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   211/218 (96.8%)

HPRT I.PUNCTATUS-G. GALLUS (ALLINEAMENTO LOCALE)
Length: 218
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   211/218 (96.8%)

l'allineamento è globale

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 
Essendo proteine molto conservate i valori dell'allineamento sono uguali in organismi filogeneticamente vicini.

Tipologia: Intervento
Autore: Angelo GUARNIERO - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:37

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
 hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 

- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
 Ictalurus punctatus (channel catfish)

- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Through in silico analysis of catfish (Ictalurus spp.) ESTs, a total of 10,037 channel catfish and 7,382 blue catfish cDNA clones were identified as potentially encoding full-length cDNAs.

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
link PUBMED:
 H.sapiens https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1487231
 G.gallus https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10198428

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
NEEDLE(HOMO)
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%)

NEEDLE (GALLUS)
Identity:     204/218 (93.6%)
Similarity:   211/218 (96.8%)

WATER(HOMO)
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%)

WATER(GALLUS)
Identity:     204/218 (93.6%)
Similarity:   211/218 (96.8%)


L'allineamento è globale o locale?
GLOBALE



E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 
Si, si può ritenere attendibile perchè la funzione di HPRT presente in Ictalurus presenta un'alta somiglianza con l'HPRT sia umana che di Gallus, quindi data la conservazione nucleotidica possiamo determinare attendibile l'annotazione

Tipologia: Intervento
Autore: Giovanna INCAMPO - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:37

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus , pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? evidenza bioinformatica
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? 
HPRT Homo: evidenze scientifiche, TITLE Human HPRT1 gene and the Lesch-Nyhan disease: Substitution of
            alanine for glycine and inversely in the HGprt enzyme protein
HPRT Gallo: evidenze scientifiche, TITLE     Purification and characterisation of chicken brain
            hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
globale (needle)
pesce-uomo: identità 90.8%, somiglianza 95.9%
pesce-gallo: identità 90.8% , somiglianza 96.8%
locale (water)
pesce-uomo: identità 90.8%, somiglianza95.9%
pesce-gallo: identità 90.8% , somiglianza 96.8%

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perchè. le sequenze sono conservate in tutti gli organismi in quanto sono filogenicamente vicini.

Tipologia: Intervento
Autore: Giorgia FRUMENZIO - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:38

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366 - Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase - Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) Ictalurus punctatus - Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? Probabilmente è stata osservata una omologia di sequenza con altri organismi. Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000815) e G. gallus (NP_990179). - Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? le annotazioni riguardo queste due proteine sono basate su evidenze sperimentali. Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza. Riportare le percentuali di identità e somiglianza Icatalurus e Homo sapiens Identity: 198/218 (90.8%) Similarity: 209/218 (95.9%) Identity: 198/218 (90.8%) Similarity: 209/218 (95.9%) Ictalurus punctatus e Gallus gallus Identity: 204/218 (93.6%) Similarity: 211/218 (96.8%) Identity: 204/218 (93.6%) Similarity: 211/218 (96.8%) l'allineamento è loocale o globale? L'allineamento è globale E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché

Tipologia: Intervento
Autore: Giada CASCHETTO - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:38

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) 
ictalurus punctatus
pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Evidenze bioinformatiche
- Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT in H. sapiens e in G. gallus

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza

ALLINEAMENTO globale
tra I. punctatus e H. sapiens
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%)
Tra I. punctatus G.gallus
Identity:     204/218 (93.6%)
Similarity:   211/218 (96.8%)
ALLINEAMENTO locale
Tra I. punctatus e H. sapiens
Identity:     198/218 (90.8%)
Similarity:   209/218 (95.9%)
Tra I. punctatus e G. gallus
Identity:     204/218 (93.6%)
Similarity:   211/218 (96.8%)

L'allineamento è globale o locale?
L'allineamento è globale!

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 
L'annotazione è da considerarsi attendibile perché dal confronto con le sequenze di H.sapiens e G.gallus (nei quali trovo evidenze sperimentali) emerge un'alta percentuale di similarità. Deducendo che la sequenza è altamente conservata!

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Jose MUNOZ GOMEZ - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:39

 Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus - pesce gatto maculato

- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
In sylico analysis

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT di H.sapiens
Evidenze sperimentali per HPRT di G. gallus

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
Allineamento NP_001187366 - NP_000185
Needle (globale):
# Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
Water (locale):
# Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale

Allineamento NP_001187366 - NP_990179
Needle(globale):
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
Water(locale):
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale

E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
L'annotazione della sequenza di partenza è da ritenersi attendibile perche l'allineamento delle sequenze mostra una percentuale di identità elevata tra organismi distanti

Tipologia: Intervento
Autore: Alexandru Ionut GILEA - studente
Replay #1
Data: 22/11/2017 18:40

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? ipoxantina-guanina fosforibosil transferasi
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) Ictalurus punctatus, pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? Evidenza bioninformatica

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Le annotazioni della sequenza proteica di H.sapiens sono basate su evidenze sperimentali.
Le annotazioni della sequenza proteica di G.gallus sono basate su evidenze sperimentali.

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?

Allineamento globale tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus

Length: 218
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
# Gaps:           0/218 ( 0.0%)
# Score: 1072.0

Allineamento locale tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus

Length: 218
# Identity:     204/218 (93.6%)
# Similarity:   211/218 (96.8%)
# Gaps:           0/218 ( 0.0%)

Allineamento locale tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens
Length: 218
# Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
# Gaps:           0/218 ( 0.0%)


Allineamento globale tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens

Length: 218
# Identity:     198/218 (90.8%)
# Similarity:   209/218 (95.9%)
# Gaps:           0/218 ( 0.0%)

L'allineamento è globale


E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 

Si, grazie all'identità elevata tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens che sono filogeneticamente lontani tra loro.

Tipologia: Intervento
Autore: Lucia Pia BRUNO - studente
Replay #2
Data: 22/11/2017 18:42

Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?

Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000815) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?

Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?


E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché 
La proteina ha la funzione di hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase[Ictalurus punctatus]. Proviene daIctalurus punctatus (channel catfish).
Le evidenze dell'annotazione sono di tipo bioiformatico.

NP_000815 hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase [Homo sapiens]
L'annotazione si basa su evidenze sperimentali come descritto da molti articoli come :Human HPRT1 gene and the Lesch-Nyhan disease: Substitution of alanine for glycine and inversely in the HGprt enzyme proteinNucleosides Nucleotides Nucleic Acids 36 (7), 452-462 (2017)

hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase [Gallus gallus]NP_990179.1
L'annotazione si basa su evidenze sperimentali come indicato nell'articolo: Purification and characterisation of chicken brain hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase JOURNAL   FEBS Lett. 184 (2), 299-303 (1985).

ALLINEAMENTO GLOBALE 
UOMO-PESCE IDENTITà 90% SOMIGLIANZA 95%       
PESCE- GALLO IDENTITà 93 SOMIGLIANZA 96%

ALLINEAMENTO LOCALE
UOMO-PESCE IDENTITA 93% SOMIGLIANZA 96%
PESCE-GALLO identità 93% somiglianza 96%
l'allineamento è globale
L'allineamento rivela sequenze altamente conservate, 

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 06/12/2017 10:28

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans?

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 

Tipologia: Intervento
Autore: Giada CASCHETTO - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:10

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
  Banca dati: nr
  Max target: 100
  E: 10
  W: 6
  Matrix: BLOSUM62
  Gap pen: Existence: 11 Extension: 1
    Quante sono le sequenze omologhe?
  >5000 (E: 1e-5
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?
  >5000 (E: 1e-5)
    In quali organismi? (Taxonomy reports).
  Eucarioti ( multicellulari e monocellulari) e procarioti.

    Blastn
    Quali sono i parametri standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
  Banca dati: nr/nt
  Max target: 100
  E:10
  W:
  Matrix: match/mismatch score 2-3
  Gap: Extension 2 Existence 5
    Quante sono le sequenze omologhe?
  1442(E:1e-5)
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1069
    In quali organismi? (Taxonomy).
  Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? 
  Si, esiste un paralogo NM_020200.6 (data base: refseq_rna)

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? Si con una significatività  di 2e-117 e un'identità del 73%

Tipologia: Intervento
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:12

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca?
    bancadati: nr, MaxTarget: 100 , E:10, W:6, Matrix: Blosum62, Gap pen. 11,1

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?
    bancadati: nr/Refseq, MaxTarget: 5000 , E:1e-5, W:6, Matrix: Blosum62, Gap pen. 11,1
    Quante sono le sequenze omologhe? >5000
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? >5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports).  Eucarioti (protisti, funghi, piante, animali [assente in D. melanogaster]), Batteri, Archaea.

    Blastn
    Quali sono i parametri a default della ricerca?
    bancadati: nr/Refseq_rna, MaxTarget: 5000 , E:1e-5, W:11, Matrix: 1,-2, Gap pen. linear
    Quali sono i parametri da voi utilizzati?
    bancadati: nr, MaxTarget: 100 , E:10, W:28, Matrix: 2,-3, Gap pen. 5,2
    Quante sono le sequenze omologhe? 1442
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1067
    In quali organismi? (Taxonomy). Animali: Bilateri (e un porifero)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?
Sì: NP_064585.1	phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]
(E=2e-105)

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?
No, non è best Hit

Tipologia: Intervento
Autore: Elena DEMBECH - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:15

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185). Blastp Quali sono i parametri a default della ricerca? Banca dati nr (non redundant protein sequences) Max target 100 E=10 W=6 Matrice Blosum62 Gap existence=11; extension=1 Quali sono i parametri da voi utilizzati? Ho utilizzato, per due ricerche, la banca dati nr e la banca dati refseq modificando per entrambi, rispetto a quelli in default, il MAX TARGET di 5000 e il valore di E=10^(-5). Quante sono le sequenze omologhe? Le sequenze omologhe sono più di 5000. Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? Anche in questo caso le sequenze omologhe sono più di 5000. In quali organismi? Questa proteina è presente diffusamente negli organismi. Essa infatti è presente in Eucarioti (funghi, piante, animali e protisti), Batteri ed Archaea. Blastn Quali sono i parametri a default della ricerca? Banca dati nr/nt Max target 100 E=10 W=11 Gap: existence=5; extension 2 Quali sono i parametri da voi utilizzati? Ho utilizzato, per due ricerche, la banca dati nr/nt e la banca dati refseq_rna modificando per entrambi, rispetto a quelli in default, il MAX TARGET di 5000 e il valore di E=10^(-5). Quante sono le sequenze omologhe? 1453 Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1069 In quali organismi? Le sequenze omologhe sono presenti principalmente in Eucarioti animali; tuttavia non ci sono riscontri negli organismi modello in Drosophila melanogaster e in Caenorhabditis elegans. Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Sì, è presente un gene paralogo ad HPRT con e=5e-106 NP_064585.1 La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No non è una proteina ortologa all'HPRT umana. Non è best hit poichè reinserendo in Blast il primo risultato ottenuto come sequenza omologa a Danio rerio in Homo sapiens esso non restituisce la proteina di partenza come primo risultato.

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Cristina TARASCO - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:16

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).

blastp
Quali sono i parametri a default della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default:
bancadati: non-redundant protein sequences (nr);  Maxtarget: 100; E: 10; W:6; Matrix: BLOSUM62; Gap 
costs: Existence (11), Extension: 1.
Parametri modificati:
bancadati: Reference proteins (refseq_protein); Maxtarget: 5.000; E: 1e-5

Quante sono le sequenze omologhe? più di 100

Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? 13.299
In quali organismi? (Taxonomy reports) Eucarioti (protisti,funghi,piante,animali); Procarioti (batteri,archea); assente in Drosophila Melanogaster.

Blastn
Quali sono i parametri a default della ricerca(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri default:
Bancadati: nucleotide collection (nr/nt); Maxtarget: 100; E: 10; W:28; Gap pen: linear
Parametri modificati:
Bancadati: Reference RNA sequences (refseq_protein); Maxtarget: 5.000; E: 1e-5; W: 28
    Quante sono le sequenze omologhe? più di 100
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 245
    In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si, NP_064585.1 phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? no non è best hit

Tipologia: Intervento
Autore: Francesco CALIGIORE - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:17

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Bancadati:Non-redundant sequences (nr) 
MaxTarget: 100
E:10
W:6
Matrix: BLOSUM62
Gap pen.:Existence: 11 Extencion:1

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?

Bancadati: Refseq protein
MaxTarget:5000
E:1e-5
W:6
Matrix: BLOSUM62
Gap pen.: Existence: 11 Extencion:1

    Quante sono le sequenze omologhe?
Più di 100
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?
Più di 5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports).
Sia in Eucarioti( animali, funghi, piante, protisti) che in Procarioti (Batteri e Archaea)

    Blastn
Mi ricavo la sequenza codificante
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
000185)
Bancadati: Nucleotide Collection (nr/nt)
MaxTarget:100
E:10
W:11
Matrix: Match/Mismatch 2,-3
Gap pen.:Existance: 5 Extension: 2

  Quali sono i parametri da voi utilizzati?

Bancadati: Refseq rna
MaxTarget:5000
E:10
W:11
Matrix: Match/Mismatch: 2,-3
Gap pen.: Existance: 5 Extension: 2

    Quante sono le sequenze omologhe?
Più di 100
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?
4993
    In quali organismi? (Taxonomy).
Solo negli Eucarioti

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?
Si, questo: NP_064585
La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?
No, perchè non è la migliore, la migliore hit è: 	NP_998151.1

Tipologia: Intervento
Autore: Federica PELOSI - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:21

Blastp Quali sono i parametri a standard della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? BD: non-reduntant protein sequences (nr) MAX TARGET: 100 E: 10 W: 6 MATRIX: BLOSUM62 GAP PEN.: Existence:11 Extension:1 Quante sono le sequenze omologhe? Sono più di 100. Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? BD: refseq_protein MAX TARGET: 5000 E: 1e-5 W: 6 MATRIX: BLOSUM62 GAP PEN.: Existence: 11 Extension: 1 Più di 5000. In quali organismi? (Taxonomy reports). In eucarioti e procarioti. Blastn Quali sono i parametri a standard della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? BD: nucleotide collection (nr/nt) MAXTARGET: 100 E: 10 W: 11 MATRIX: match/mismatch 2 -3 GAP PEN: Existence: 5 Extension: 2 Quante sono le sequenze omologhe? Sono più di 100. Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? BD: refseq_rna MAXTARGET: 5000 E: 10 W: 11 MATRIX: match/mismatch 2 -3 GAP.PEN: Existence: 5 Extension:2 Sono 4993 In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Sì NP_064585.1 La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No, non c'è best hit.

Tipologia: Intervento
Autore: Lucia Pia BRUNO - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:23

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
database:non-reduntant protein sequences Maxtarget:100 Expect threshold:10 Matrice:Blosum 62
   
 
Quali sono i parametri da voi utilizzati? Maxtarget:5000 Expect threshold_10 Database_ refseq_protein Matrice: BLOSUM 62

    Quante sono le sequenze omologhe?Le sequenze omologhe trovate sono >5000
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?più di 5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports). Primati (Pongo abelii, Papio anubis,Gorilla gorilla gorilla), Placentati, Insectivores, whale and dolphins.
   


Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? si nell'uomo ci sono tre geni paraloghi NP_064585.1, NP_000185.1, NP_001269715.1.


    Blastn
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Database: nucleotide collection Expect threshold: 10 Max target sequence:100 Word size:28 Optimize for :megablast

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?Database:Ref_seq RNAExpect threshold:10 Max sequence tag:100 Word size:28 Optimize for: Somewhat similar sequence 

    Quante sono le sequenze omologhe?>1000
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?>1000
    In quali organismi? (Taxonomy).Primati(Pan troglodytes, Pan paniscus...), Pipistrelli, Balene e delfini.

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?si ce n'è uno Homo sapiens fosforibosi transferasi

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185). si la proteina NP_001002056.1 è omologa rispetto a quella umana.



 

    

Tipologia: Intervento
Autore: Maria Cristina TARASCO - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:44

Utilizzando i proteomi di: Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa) Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa) Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? le sequenze omologhe sono 95 Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 1)formatdb -i NC_005213.faa 1)blastall -p blastp -i NC_000908.faa -d NC_005213.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast 3) cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc

Tipologia: Intervento
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:48

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? 95

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 

1) formatdb -i NC_005213.faa
2)  blastall -p blastp -d NC_005213.faa -i NC_000908.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast
3)  cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc

Tipologia: Intervento
Autore: Lucia Pia BRUNO - studente
Replay #1
Data: 07/12/2017 13:49

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans?

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 
 
1.formatdb -i NC_000908.faa
2.blastall -p blastp -d NC_005213.faa -i NC_000908.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast        
3.cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc

Tipologia: Intervento
Autore: Danila DELFINO - studente
Replay #1
Data: 20/12/2017 18:10

 
Creare il modello di struttura di HP1172 utilizzando come templato la struttura di una solute-binding protein del trasportatore 
della Glutammina, definita sperimentalmente (Glutamine-binding periplasmic protein di E. coli, pdb id 1WDN, complessato alla Gln). 

- Indicare i valori di Coverage, GMQE, QMEAN4 
coverage:77%
GMQE:0.53
QMEAN4:-2.48
- Scaricare il file .pdb del templato e del modello ottenuti. 
- Allineare il modello ottenuto al trasportatore della Gln, evidenziando le catene laterali dei residui coinvolti nel legame del substrato in sticks 
(in 1WDN i residui funzionali del sito attivo sono: D10, A67, G68, T70, R75, K115, G119, H156, D157).
 - Visualizzare il substrato, la Gln, in sticks, colorazione cpk. 
La posizione corrispettiva del residuo D10 risulta essere conservata nel modello di HP1172? NO 
- Riportare le posizioni corrispettive del modello della proteina target dei residui A67- A110,
 G68-N111,
 T70-T113,
 R75-R116,
 K115-N156,
 G119-T160,
 H156-H197,
 D157-D198. 
La posizione dei residui coinvolti nel legame del substrato Gln risultano essere conservati anche in questo caso? i residui coinvolti nel legame con il carbonio alfa della Gln risultano essere conservati , mentre quelli che legano la catena laterale della Gln non lo sono.
 

Tipologia: Intervento
Autore: Giovanna INCAMPO - studente
Replay #1
Data: 20/12/2017 18:12

Creare il modello di struttura di HP1172 utilizzando come templato la struttura di una solute-binding protein del trasportatore 
della Glutammina, definita sperimentalmente (Glutamine-binding periplasmic protein di E. coli, pdb id 1WDN, complessato alla Gln). 

- Indicare i valori di Coverage, GMQE, QMEAN4 
  Coverage:77%, GMQE:O.53, QMEAN4: -2.50
- Scaricare il file .pdb del templato e del modello ottenuti. 
- Allineare il modello ottenuto al trasportatore della Gln, evidenziando le catene laterali dei residui coinvolti nel legame del substrato in sticks 
(in 1WDN i residui funzionali del sito attivo sono: D10, A67, G68, T70, R75, K115, G119, H156, D157).
 - Visualizzare il substrato, la Gln, in sticks, colorazione cpk. 
La posizione corrispettiva del residuo D10 risulta essere conservata nel modello di HP1172? 
NON RISULTA CONSERVATO
- Riportare le posizioni corrispettive del modello della proteina target dei residui
 A67= A110
 G68= N111
 T70= T113
 R75= R118
 K115=N156
 G119=T160
 H156=H197
 D157=D198
La posizione dei residui coinvolti nel legame del substrato Gln risultano essere conservati anche in questo caso? 
I RESIDUI COINVOLTI NEL LEGAME CON IL CARBONIO ALFA DELLA GLUTAMMINA SONO CONSERVATI, MENTRE I RESIDUI COINVOLTI NEL LEGAME CON CATENA LATERALE DELLA GLUTAMMINA NON SONO CONSERVATI.

Tipologia: Intervento
Autore: Alexandru Ionut GILEA - studente
Replay #1
Data: 20/12/2017 18:14

Creare il modello di struttura di HP1172 utilizzando come templato la struttura di una solute-binding protein del trasportatore 
della Glutammina, definita sperimentalmente (Glutamine-binding periplasmic protein di E. coli, pdb id 1WDN, complessato alla Gln). 

- Indicare i valori di Coverage, GMQE, QMEAN4 
Il coverage è di 0,77, il GMWE 0,53, QMEAN4 -2,4710
- Scaricare il file .pdb del templato e del modello ottenuti. 
- Allineare il modello ottenuto al trasportatore della Gln, evidenziando le catene laterali dei residui coinvolti nel legame del substrato in sticks 
(in 1WDN i residui funzionali del sito attivo sono: D10, A67, G68, T70, R75, K115, G119, H156, D157).
 - Visualizzare il substrato, la Gln, in sticks, colorazione cpk. 
La posizione corrispettiva del residuo D10 risulta essere conservata nel modello di HP1172? No, non risultano essere conservate. 
- Riportare le posizioni corrispettive del modello della proteina target dei residui 
A67-A110, G68-N111, T70-T113 (conservati), R75-R118 (conservati), K115-N156, G119-T160, H156-H197 (conservati), D157-D198 (conservati). 


La posizione dei residui coinvolti nel legame del substrato Gln risultano essere conservati anche in questo caso?

I residui impegnati nel sito attivo sono conservati.

Tipologia: Intervento
Autore: Martina FERRARINI - studente
Replay #1
Data: 20/12/2017 18:22

Creare il modello di struttura di HP1172 utilizzando come templato la struttura di una solute-binding protein del trasportatore della Glutammina, definita sperimentalmente (Glutamine-binding periplasmic protein di E. coli, pdb id 1WDN, complessato alla Gln). - Indicare i valori di Coverage, GMQE, QMEAN4 Coverage: 0.77 GMQE:0.53 QMEAN:-2.48 - Scaricare il file .pdb del templato e del modello ottenuti. - Allineare il modello ottenuto al trasportatore della Gln, evidenziando le catene laterali dei residui coinvolti nel legame del substrato in sticks (in 1WDN i residui funzionali del sito attivo sono: D10, A67, G68, T70, R75, K115, G119, H156, D157). - Visualizzare il substrato, la Gln, in sticks, colorazione cpk. La posizione corrispettiva del residuo D10 risulta essere conservata nel modello di HP1172? No, in posizione corrispondente a D10, nel modello abbiamo F. - Riportare le posizioni corrispettive del modello della proteina target dei residui A67, G68, T70, R75, K115, G119, H156, D157. Nel modello, queste posizioni corrispondono a: Y67, D68, V70, M75, T115, E119, N156 e K157. La posizione dei residui coinvolti nel legame del substrato Gln risultano essere conservati anche in questo caso? No.