Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO PINELLI - studente
Replay #2
Data: 03/11/2009 14:32

3) Sì,

 ref|ZP_03086232.1| hydroxyisourate hydrolase [Escherichia ...      70  7e-11

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA AZZINI - studente
Replay #3
Data: 03/11/2009 14:32

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 240

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo? La percentuale di identità è dell' 85% e quella somiglianza del 93%

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? Si ad esempio escherichia coli ha una significatività del valore di 7e-11.

azzini ilaria

Tipologia: Intervento
Autore: EGLANTINA CELISLAMI - studente
Replay #1
Data: 03/11/2009 14:33

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina di pecora (NP_001009800).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

    sono 240

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo?

85%

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

si sono presenti

GENE ID: 8256495 FIC_01071 | Transthyretin-like periplasmic protein
[Flavobacteriaceae bacterium 3519-10]

 Score = 43.1 bits (100),  Expect = 0.008, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 29/103 (28%), Positives = 46/103 (44%), Gaps = 4/103 (3%)

Lucia Isetti

eglantina celislami

Tipologia: Intervento
Autore: VANESSA CATALDI - studente
Replay #2
Data: 03/11/2009 14:33

1 sono 240

2 d identita sono 85% mentre di somiglianza 93%

3 si con e. coli

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA REVERBERI - studente
Replay #1
Data: 03/11/2009 14:33

Serena Rabaglia

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina di pecora (NP_001009800).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? Le sequenze sono 240

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo? La percentuale di identità è 85%. Quella di somiglianza è 93%.

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

Si, ad esempio abbiamo trovato Escherichia Coli

Tipologia: Intervento
Autore: FABIO PERINI - studente
Replay #1
Data: 03/11/2009 14:33

1) 288

2) 93%

3) Sì

Fabio Perini & Elisa Ambroggi & Beatrice Dosi

Tipologia: Intervento
Autore: ORSOLA LETIZIA PALADINO - studente
Replay #1
Data: 03/11/2009 14:34

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

240
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo?

 Identità = 125/147 (85%), somiglianza = 138/147 (93%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

per esempio Escherichia coli che ha un valore di significatività di   2e-07

Volpe angela e Paladino Orsola Letizia

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIO SARDELLA - studente
Replay #1
Data: 03/11/2009 14:34

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina di pecora (NP_001009800).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? sono 240 con 10-5 escluso
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo?

Identities = 126/147 (85%)
Positives = 138/147 (93%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

si, il primo batterio  ha :

Identities = 41/108 (37%), Positives = 62/108 (57%)

alessio sardella
elisa taccia

Tipologia: Intervento
Autore: Elena Paini - studente
Replay #2
Data: 03/11/2009 14:42

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 240

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo? identità85% somiglianza 93%

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì

Elena Paini

Tipologia: Intervento
Autore: ALICE SALVIATI - studente
Replay #3
Data: 06/11/2009 17:44

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

    Le sequenze omologhe sono 242.

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di uomo?

   Identities = 126/147 (85%), Positives = 138/147 (93%) per transthyretin precursor di Homo sapiens.

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

    Sì, per esempio Escherichia coli e Mycobacterium marinum.

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 10/11/2009 11:12

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

Tipologia: Intervento
Autore: OLGA CHIESA - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 12:50

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
precursore insulina
2) Si trovano somiglianze significative nel cane?
sì: canis = 1e-07
3) Riportare le sequenze complete trovate in uomo e topo 

• insulina [Homo sapiens] 

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

• insulina I [Mus musculus] 

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCO DIROMA - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 12:52

1) proinsulin precursor
2)si infatti l'expert è significativo!
3)la sequenza omologa in topo è 

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

in uomo è:

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

ALESSIA MARMORINO E FRANCESCO DIROMA

Tipologia: Intervento
Autore: DENISE LANDOLFI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 12:53

1. la sequenza in esame corrisponde ad un precursore dell'insulina

2. sì si trovano somiglianze significative nel cane con E=10-7

3. la sequenza trovata nel topo è

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

la sequenza completa trovata nell'uomo è

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

 



  

Tipologia: Intervento
Autore: PIETRO CRAVEDI - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:53

A- corrisponde ad un precursore della proinsulina

B- Sì, con E= 1e-07

C- Uomo:

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|109148522|ref|NP_001035835.1| insulin- insulin-like growth factor 2 [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQASALSLSS
STSTWPEGLDATARAPPALVVTANIGQAGGSSSRQFRQRALGTSDSPVLFIHCPGAAGTAQGLEYRGRRV
TTELVWEEVDSSPQPQGSESLPAQPPAQPAPQPEPQQAREPSPEVSCCGLWPRRPQRSQN

Topo:
>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|6680463|ref|NP_032413.1| insulin II precursor [Mus musculus]
MALWMRFLPLLALLFLWESHPTQAFVKQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPMSRREVEDPQVAQLELGG
GPGAGDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: GABRIELLA COTTONE - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:54

La sequenza peptidica corrisponda ad un precursore dell'insulina.

esiste con una sequenza omologa in canis, con una significatività di 1e-7

La sequenza omologa in homo sapiens è :

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: LUCA GARGIULO - studente
Replay #3
Data: 10/11/2009 12:55

1) Precursore proinsulina

2) Identità dell'87% nel cane (1 E-7)

3) >gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN


>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

GARGIULO LUCA

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CHIARA GUIDONE - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:55

1) Questa sequenza corrisponde alla proteina proinsulin precursor.

2) Esiste una somiglianza con  Canis lupus dell' 87% .

3) La sequenza omologa in Homo sapiens è:

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

La sequenza omologa in Mus musculus è:

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Maria Chiara Guidone
Elisa Ironi

Tipologia: Intervento
Autore: LUCA BARBATO - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:56

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
proinsulin precursor è UN PRECURSORE DELL'INSULINA

2) Si trovano somiglianze significative nel cane?
Canis lupus familiaris con significatività di 1e-07

3) Riportare le sequenze complete trovate in uomo e topo
Mus Musculus
>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Homo sapiens
>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN







LUCA BARBATO
MONIA FRONZUTI

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA CAPETTA - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:56

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
la sequenza corrisponde ad un precursore dell'insulina

2) Si trovano somiglianze significative nel cane?
si, si trovano somiglianze significative con il cane.

3) Riportare  e sequenze complete trovate in uomo e topo 

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Serena Rabaglia Alessia Capetta

Tipologia: Intervento
Autore: FABIO PERINI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 12:56

1) Corrisponde a un precursore di proinsulina e insulina, in base ai vari organismi.

2) Sì, ha una somiglianza significativa nel cane (1e-08)

3)

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]

MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN


Fabio Perini

   

Tipologia: Intervento
Autore: IVANA GALLO - studente
Replay #3
Data: 10/11/2009 12:57

La sequenza peptidica corrisponde ad un precursore dell'insulina.

Esiste con una sequenza omologa in canis, con una significatività di 1e-7.

La sequenza omologa in mus musculus è :

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

La sequenza omologa in homo sapiens è:

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: MICOL GILBERTI - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:58

1) La sequenza polipeptidica corrisponde ad un precursore della insulina.

2) c'e omologia perchè c'e significatività di 1e-7

3) mus musculus

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

homo sapiens
>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
 

Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA ALBERICI - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:58

la sequenza peptidica corrisponde ad un precursore dell'insulina.

C'è una sequenza omologa in Canis Lupus Familiaris con significatività di 1 e-07

La sequenza omologa Homo sapiens è in Mus Muscolus ed è :

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

sequenza homo sapiens

>gi|109148522|ref|NP_001035835.1| insulin- insulin-like growth factor 2 [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQASALSLSS
STSTWPEGLDATARAPPALVVTANIGQAGGSSSRQFRQRALGTSDSPVLFIHCPGAAGTAQGLEYRGRRV
TTELVWEEVDSSPQPQGSESLPAQPPAQPAPQPEPQQAREPSPEVSCCGLWPRRPQRSQN


Alberici Valentina Belloni Veronica

Tipologia: Intervento
Autore: CHIARA ALIANI - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 12:58

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nel cane?
3) Riportare le sequenze complete trovate in uomo e topo 

  1)Proinsulin precursor-precursore dell'insulina;

  2)si,1e-07;

  3)

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN


Aliani Chiara,Monica Giada,Ingrosso Virginia

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CARLA GERRA - studente
Replay #3
Data: 10/11/2009 12:59

1) La sequenza polipeptidica corrisponde ad un precursore della insulina.

2) c'e omologia perchè c'e significatività di 1e-7

3) mus musculus

>gi|117606345|ref|NP_032412.3| insulin I precursor [Mus musculus]
MALLVHFLPLLALLALWEPKPTQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVEQLELGG
SPGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

homo sapiens
>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: BEATRICE DOSI - studente
Replay #3
Data: 10/11/2009 13:02

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nel cane?
3) Riportare le sequenze complete trovate in uomo e topo 

1) corrisponde ad un precursore dell'insulina

2) sì,nel cane la significatività è pari a 1e-07

3)sequenza in uomo :

>gi|109148525:60-392 Homo sapiens insulin (INS), mRNA
ATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACCCAGCCGCAG
CCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGG
CTTCTTCTACACACCCAAGACCCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGG
GGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAAC
AATGCTGTACCAGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAG


sequenza in topo:

>gi|117606344:184-510 Mus musculus insulin I (Ins1), mRNA
ATGGCCCTGTTGGTGCACTTCCTACCCCTGCTGGCCCTGCTTGCCCTCTGGGAGCCCAAACCCACCCAGG
CTTTTGTCAAACAGCATCTTTGTGGTCCCCACCTGGTAGAGGCTCTCTACCTGGTGTGTGGGGAGCGTGG
CTTCTTCTACACACCCAAGTCCCGCCGTGAAGTGGAGGACCCACAAGTGGAACAACTGGAGCTGGGAGGA
AGCCCCGGGGACCTTCAGACCTTGGCGTTGGAGGTGGCCCGGCAGAAGCGTGGCATTGTGGATCAGTGCT
GCACCAGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAA

Beatrice Dosi,Alessia Verani,Enrico Costanzo.

Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA CARBOGNANI - studente
Replay #3
Data: 10/11/2009 13:02

1 la sequenza peptidica corrisponde ad un precursore dell'insulina 

2 si trovano somiglianze significative nel cane: le-10-7

3:

Mus musculus:

>gi|6680463|ref|NP_032413.1| insulin II precursor [Mus musculus]
MALWMRFLPLLALLFLWESHPTQAFVKQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPMSRREVEDPQVAQLELGG
GPGAGDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Homo sapiens:

>gi|4557671|ref|NP_000198.1| proinsulin precursor [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN




Valentina Carbognani
Ilaria Botrugno
Chiara Pasquini
Rossana Italiano

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO PINELLI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:17

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

1) La proteina corrisponde al precursore dell'insulina di pan troglodytes e di Uomo, molecola coinvolta nel metabolismo glucidico.
2) Certo, somiglianza significativa al 100%, cioè identità completa
3) Cane: >gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Ratto:
>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Alessandro Pinelli

Tipologia: Intervento
Autore: ANTONINO SAMMARTANO - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:19

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
 precursore della proinsulina

2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo? si 2e-10


3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 
>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Maria Carla Teresi 

Tipologia: Intervento
Autore: SHARON FABIOLA SCOLARI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:19

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

1) proinsulin precursor [Pan troglodytes]

2) NP_000198.1   Expect = 2e-10

3)>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: EMILIO PERFETTO - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:20

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

1) Proinsulin precursor

2) Somiglianza in uomo 

Expect = 2e-10

3)canis lupus familiaris: >gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

 rattus norvegicus: 
>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA RATTOTTI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:20

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

1) Precursore della proinsulina in Pan troglodytes 
2) Sì, con l'insulina umana. Identities = 32/32 (100%), Positives = 32/32 (100%), Gaps = 0/32 (0%)
3) Rattus norvegicus

>gi|149040367|gb|EDL94405.1| rCG57477 [Rattus norvegicus]
MRERERERERERNFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQV
PQLELGGGPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Canis lupus familiaris

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: DAVIDE SARRA - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 14:22

1) insulina

2)sì

ref|NP_000198.1|
Expect = 2e-10

3)

proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Claudia Romanelli 
Davide Sarra

Tipologia: Intervento
Autore: ANNALISA SISTO - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:22

1) proinsulin precursor [Pan troglodytes]

2) NP_000198.1   Expect = 2e-10

3)>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: LUCIA ISETTI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:23

Isetti Lucia

Paini Elena

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
corrisponde al precursore della proinsulina 
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
sì ref|NP_000198.1|
GENE ID: 3630 INS
 Expect = 2e-10 

3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto
Cane:
proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]

 
>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN


Ratto:

 insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]

 
>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: GIUSEPPE BALZANI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:23

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto

1) precursore proinsulina
2) significatività: 2e-10
3) rattus norvegicusQuery  1   VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE  32
           VEALYLVCGERGFFYTPK+RRE ED QV Q+E
Sbjct  36  VEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLE  67

4) canis lupus familiaris
Query  1   VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE  32
           VEALYLVCGERGFFYTPK RRE EDLQV  VE
Sbjct  36  VEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVE  67

   giuseppe balzani, lorenzo gobbi, valentina berni

             

                      

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA PESCARA - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 14:23

1) proinsulin precursor [Pan troglodytes]

2) NP_000198.1   Expect = 2e-10

3)>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Tipologia: Intervento
Autore: ANGELA VOLPE - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:24

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?

All'insulina

2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
NP_000198.1  E= 2e-10 Somiglianza 32/32 (100%)

3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto

Cane

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN



Ratto
>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Paladino Orsola Letizia
Volpe Angela

Tipologia: Intervento
Autore: MARTA ZANTEDESCHI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:25

1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
Corrisponde al precursore della proinsulina

2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
Sì, è 2e-10 



3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto
 *proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

 *insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

Ramona Pace, Marta Zantedeschi

Tipologia: Intervento
Autore: FRANCESCA SANDRINI - studente
Replay #2
Data: 10/11/2009 14:26

1) precursore dell'insulina.

2)NP000198.1 Expect = 2e-10

3)cane:

>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

ratto:

>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]
MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

francesca sandrini martina galli

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CHIARA VENUTI - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:27

Fate una ricerca di omologia usando il database Refseq con il seguente peptide:

VEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVE
1) A quale tipo di proteina corrisponde questa sequenza?
2) Si trovano somiglianze significative nell'uomo?
3) Riportare le sequenze complete trovate in cane e ratto 

1)Proinsulin precursor [Pan troglodytes],Corrisponde al precursore dell'insulina di Pan Troglodytes E DI UOMO

2)NP_000198.1 Expect = 2e-10 

3)>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN  

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA MILIOTO - studente
Replay #1
Data: 10/11/2009 14:28

3)>gi|9506815|ref|NP_062002.1| insulin 1 precursor [Rattus norvegicus]

MALWMRFLPLLALLVLWEPKPAQAFVKQHLCGPHLVEALYLVCGERGFFYTPKSRREVEDPQVPQLELGG
GPEAGDLQTLALEVARQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN
>gi|194272230|ref|NP_001123565.1| proinsulin precursor [Canis lupus familiaris]
MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAG
APGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2)proinsulin precursor [Homo sapiens].
1)proinsulin precursor [Pan troglodytes]

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 17/11/2009 11:35

Trovare l'omologo più significativo in Rattus norvegicus della proteina di fungo XP_001396522.

 Riportare:

  % di somiglianza e significatività del Blast

  % di somiglianza e punteggio dell'allineamento globale (needle)

  % di somiglianza e punteggio dell'allineamento locale (water)

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSIA MARMORINO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 12:55

Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.

 Riportare:

  % di somiglianza e significatività del Blast

  % di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)

  % di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)

 1)è significativa in Blast in quanto E= 4e-15

2)Identity:      79/601 (13.1%)
Similarity:   145/601 (24.1%)
Gaps:         328/601 (54.6%)
Score: 221.5 


3)Identity:      74/288 (25.7%)
Similarity:   133/288 (46.2%)
Gaps:          47/288 (16.3%)
Score: 235.5

4)tra le due sequenze la somiglianza è locale è verificabile notando che i valori si discostano di molto.
infatti sia l'identità che lo score sono aumentati in modo significativo.

francesco diroma e alessia marmorino.

Tipologia: Intervento
Autore: IVANA GALLO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 12:58

La significatività ricavata con Blast è di : 4e-15.

La percentuale di somiglianza è del 45 %.

La percentuale globale di identità è di 13,1%.

La percentuale globale di somiglianza è di 24,1%.

La percentuale locale di identità è di 25,7%.

La percentuale locale di somiglianza è del 46,2%.

Tipologia: Intervento
Autore: CHRISTIAN BOZZETTI - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 12:58

Significatività Blast  :  E=4e-15

Needle Somiglianza 24.1%

           Identità 13.1%

Water Somiglianza 46.2%

          Identità 25.7%

Somiglianza locale

Christian Bozzetti, Daniele Bulgari

Tipologia: Intervento
Autore: SERENA MONTALBANO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 12:59

significatività: E=4e-15

Needle identità:13,1%

somiglianza: 26,1%

Water identità 25,7%

somiglianza 46,2%

La somiglianza è locale perchè i valori si discostano molto l'uno rispetto all'altro.

Serena Montalbano

Enza Valentina Caruso

Chiara Lazzarini

Tipologia: Intervento
Autore: GABRIELLA COTTONE - studente
Replay #2
Data: 17/11/2009 12:59

La significatività ricavata con Blast è di : 4e-15.

La percentuale di somiglianza è del 45 %.

La percentuale globale di identità è di 13,1%.

La percentuale globale di somiglianza è di 24,1%.

La percentuale locale di identità è di 25,7%.

La percentuale locale di somiglianza è del 46,2%.

Tipologia: Intervento
Autore: SILVIA MIATELLO - studente
Replay #1
Data: 17/11/2009 12:59

Trovare l'omologo più significativo in Homo sapiens della proteina di fungo XP_001396522.

 Riportare:

 1) % di somiglianza e significatività del Blast

   somiglianza: 133/290 (45%) e la significatività è di 2e-20

 2) % di somiglianza e di identità dell'allineamento globale (needle)

   la somiglianza è del 145/601 (24.1%) e l'identità è del 79/601 (13.1%)

 3) % di somiglianza e di identità dell'allineamento locale (water)

   la somiglianza è del 74/288 (25.7%) e l'identità è del 133/288 (46.2%)

La somiglianza è quindi locale.

Silvia Miatello

Thekla Leone