Classe delle Lauree in Scienze Biologiche
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Forum > Corso 2009/2010 (M-Z) > Esercizio riassuntivo

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
Esercizio riassuntivo
19/01/2010 11:36

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.

Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.

Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal record.

Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice PAM250

Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il dominio ha struttura nota.

 

SHARON FABIOLA SCOLARI
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #1 - 19/01/2010 14:21

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.

Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.

Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal record.

Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice PAM250

Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il dominio ha struttura nota.

 

 

organismo: Photinus pyralis

funzione:mRNA codificante l'enzima che rigenera la luciferina

927 nucleotidi

308 aminacidi

hit:25  I=38% S=53%

 

nome:Regucalcina

massa:33109 Da

funzione:Può giocare un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. Una diminuzione del RGN conduce alla disregolazione di calcio segnalazione nel fegato di età

score 452 somiglianza 49.4% del globale

locale score 463     somiglianza 51.8%

seed   51  full 1478    
 si ha struttura nota: PDB entry 1e1a:
Laura Maltraversi

 

ILARIA TAGLIANI
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #1 - 19/01/2010 14:23

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.

Proteina che rigenera la luciferina. Protinus pluralis. 927 pb. 308 aa.

Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.

25.I =38%.S=53%.

Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal record.

Regucalcina. Lega Ca 2+, funzione di regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. 33.109 Da.

Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice BLOSUM62.

globale Score: 439.0 somiglianza: 52%
locale Score: 454.0 somiglianza: 54.6%

Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il dominio ha struttura nota.

seed=51

full=1478

sì, ha struttura nota, ad esempio 2iax

 

 

DAVIDE SARRA
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #1 - 19/01/2010 14:23

descrizione = enzima rigenerativo della luciferina

organismo di provenienza = Photinus pyralis - Common easter firefly(lucciola comune)

amminoacidi = 308 aa

lunghezza in nucleotidi = 927 bp

hit con E<10-1 = 25

% di identità = 110/286 (38%)

% di somiglianza =  152/286 (53%)

nome proteina di coniglio = regucalcin

peso molecolare proteina = 33108.6

funzione proteina = lega Ca 2+,ruolo di regolazione dell'attività enzimatica nel fegato

somiglianza locale = 166/304 (54.6%)

score locale = 454.0

somiglianza globale = 173/333 (52.0%)

score globale = 439.0

seed = 51

full = 1478

esiste struttura nota ad esempio 2dso

 

Claudia Romanelli

Davide Sarra


 

 

ELDA ISUFI
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #1 - 19/01/2010 14:24

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza a) riportare la descrizione della proteina codificata, b) l'organismo di provenienza c) la lunghezza in nucleotidi e d) la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente:

a) Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme, complete cds.

b) Photinus pyralis (common eastern firefly).

c)927

d)308

 

Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.

 

Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal record.

 

Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice PAM250

Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il dominio ha struttura nota.

seed:51

full:1478

ha struttura nota 2iax

 

 

CLAUDIA PAVIA
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #2 - 19/01/2010 14:27

Esercizio riassuntivo Rispondi
19/01/2010 11:36 Invia email

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.

Photinus pyralis (North American firefly) lucciola
 Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme,
 luciferin regenerating enzyme
308 AA. 308*3+3=927

Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.

 16

Identities = 110/286 (38%), Positives = 152/286 (53%),

 

Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal record.

>sp|Q9TTJ6|RGN_RABIT Regucalcin OS=Oryctolagus cuniculus GN=RGN PE=2 SV=1
MSSIKIECVLPENCHCGESPVWEEASGSLLFVDIPGKKFCRWNPLTKAVQRMTMDAPVTS
VALRKSGGYVATVGTKFCALNLEDQSVVALATVDKDKKNNRFNDGKVDPAGRYFAGTMAE
ETAPAVLERHQGSLYALFPDHQVKKYFDQVDISNGLDWSLDHKIFYYIDSLAYSVDAFDY
DLQTGQISNRRSIYKLEKEEQIPDGMCIDTEGKLWVACYNGGRVIRLDPETGKRLQTVKL
PVDKTTSCCFGGKDYSEMYVTCARDGLDPDSLSRQPEAGGIFKITGLGVKGIPPYSYAG

    Regucalcin
      Short name=RC
Alternative name(s):
    Senescence marker protein 30


33,109Da
May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver. Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the aged liver

 

Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice PAM250

globale
 Length: 333
# Identity:     115/333 (34.5%)
# Similarity:   173/333 (52.0%)
# Gaps:          58/333 (17.4%)
# Score: 439.0


locale
# Length: 304
# Identity:     113/304 (37.2%)
# Similarity:   166/304 (54.6%)
# Gaps:          46/304 (15.1%)
# Score: 454.0

 

Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il dominio ha struttura nota.

seed 51 full 1478
si ha il dominio ha struttura nota

 

 

GIUSEPPE BALZANI
studente
Re: Esercizio riassuntivo
Replay #1 - 19/01/2010 14:28

Cercare in Genbank il record AB062786

Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.

Descrizione proteina: Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme

Organismo di provenienza:Photinus pyralis

Lunghezza in nucleotidi: 927

Lunghezza in AA: 308




Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio


Numero di hit: 25


Percentuale di identità: 38%


Percentuale di somiglianza: 53%



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



Regucalcina 


Peso molecolare 33,109 Da


Funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice BLOSUM62



globale Score: 439.0 somiglianza: 52%
locale Score: 454.0 somiglianza: 54.6%


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



seed=51 


full=1478


sì, ha struttura nota


 


ALESSANDRA BIONDI


GIUSEPPE BALZANI


 


ANGELA VOLPE
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #2 - 19/01/2010 14:29







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-->


Cercare in Genbank il record AB062786 


Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


 


Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme, complete            cds.


Proteina che rigenera la luciferina.


Photinus pyralis


 


927 pb


308 aa 


Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con E<10-1,
la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina
omologa di coniglio. 


25


Identities = 110/286 (38%), Positives = 152/286 (53%)


Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta. Indicare il
nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua funzione dedotta dal
record. 


Nome proteina: regucalcina


peso molecolare proteina = 33108.6


lega Ca 2+  funzione di regolazione
dell'attività enzimatica nel fegato. 


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola BAB85479 e la
proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare la somiglianza e lo
score dell'allineamento locale e dell'allineamento globale con la matrice
PAM250 


Globale score:439, somiglianza:52% 


locale score 454, somiglianza 54.6%


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number PF08450.
Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti
"seed " e "full " e dire se il dominio ha struttura
nota. 


Seed = 51


Full = 1478


Si ha strutture note.


angela volpe


paladino orsola letizia


 




 


LUCIA ISETTI
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:31







Cercare in Genbank il record AB062786 




Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


la proteina codificata è un enzima che serve per generare la luciferina, proviene dall'organismo Photinus pyralis (common eastern firefly , lucciola


lunghezza nucleotidi 927
lunghezza proteina 308 aa


 



Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



hit 16


identità 38%


somiglianza 53%


 



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



>sp|Q9TTJ6|RGN_RABIT Regucalcin OS=Oryctolagus cuniculus GN=RGN PE=2 SV=1
MSSIKIECVLPENCHCGESPVWEEASGSLLFVDIPGKKFCRWNPLTKAVQRMTMDAPVTS
VALRKSGGYVATVGTKFCALNLEDQSVVALATVDKDKKNNRFNDGKVDPAGRYFAGTMAE
ETAPAVLERHQGSLYALFPDHQVKKYFDQVDISNGLDWSLDHKIFYYIDSLAYSVDAFDY
DLQTGQISNRRSIYKLEKEEQIPDGMCIDTEGKLWVACYNGGRVIRLDPETGKRLQTVKL
PVDKTTSCCFGGKDYSEMYVTCARDGLDPDSLSRQPEAGGIFKITGLGVKGIPPYSYAG


Nome proteina: regucalcin


 


peso molecolare 33.108 kDa


May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250



locale


somiglianza 52%


score 439


globale


 


somiglianza 54,6%


score 454


 


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



 


seed 51


full 1478


 


il dominio ha struttura nota


Lucia Isetti


 


 


ALESSIO SARDELLA
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:35







Cercare in Genbank il record AB062786 




Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


Photinus pyralis mRNA for luciferin regenerating enzyme
927 bp
308aa



Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



  25 hit


Identities = 110/286 (38%), Positives = 152/286 (53%)



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



name: Regucalcin


 alternative name:  Senescence marker protein 30


function: May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver


peso molecolare= 33,109 Da


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250



globale: 


Identity:     115/333 (34.5%)
# Similarity:   173/333 (52.0%)

locale:
 Identity:     113/304 (37.2%)
# Similarity:   166/304 (54.6%)



Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



seed = 51


full = 1478


si ha struttura nota, per esempi 2dg0


 


SILVIA REVERBERI
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:36






 


Rabaglia Serena


Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


-Proteina che rigenera la luciferina.


-Photinus pyralis (lucciola)


-927 bp


-308 aa


Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



-25 "hit"


-identità:38%


-somiglianza:53%


Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



-Regucalcina


-33,109


-Può regolare l'attività enzimatica nel fegato. 


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250


-52.0%


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



 
                


Un esempio di struttura nota è 2iao


 


FRANCESCA SANDRINI
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:36







Cercare in Genbank il record AB062786 




Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


Enzima che rigenerala luciferina.


photinus pyralis.


927 bp.


308 aa.


 



Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



25


I=38% s=53%


 



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



Regilcacin.


33,109 Da


Ruolo di regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. 


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250



s=52%


Score: 439.0




 


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



seed=51


full=1478


si, ad esempio 2iat


 


 


ALICE SALVIATI
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:36







Cercare in Genbank il record AB062786 




Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.


Enzima che rigenera la luciferina; l'organismo è la lucciola (Photinus pyralis); lunghezza nucleotidi = 927; lunghezza aa = 308.



Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



"Hit" = 25; 


Identities = 110/286 (38%)
Positives = 152/286 (53%)



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



Regucalcin, ha un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica del fegato; peso molecolare = 33,109 Da.


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250



Globale:
Similarity:   173/333 (52.0%)
Score: 439.0
Locale:
Similarity:   166/304 (54.6%)
Score: 454.0



Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



Allineamenti seed: 51


Allineamenti full: 1478


Ha struttura nota, per esempio 2iaw.


Alice Salviati


 


 


ADRIANA VITIELLO
studente		




Re: Esercizio riassuntivo


Replay #1 - 19/01/2010 14:36







Cercare in Genbank il record AB062786 




Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente. 


proteina codificata: enzima che rigenera la luciferina


organismo di provenienza: Photinus Pyralis


lunghezza in nucleotidi: 927bp


lunghezza in aa: 308aa



Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio. 



"hit" con E<10^-1 : 25


identità: 110/286 (38%), positività: 152/286 (53%)



Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.



nome proteina: Regucalcina


PM: 33.109


funzione: regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. 


Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale con la matrice PAM250



allineamento locale
somiglianza: Identity:     113/304 (37.2%)
             Similarity:   166/304 (54.6%)
score: 454.0


allineamento globale


somiglianza: Identity:     115/333 (34.5%)
             Similarity:   173/333 (52.0%)


score: 439.0


Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare il numero di proteine che contengono il dominio negli allineamenti "seed" e "full" e dire se il
dominio ha struttura nota.



allineamenti seed: 51


allinemeanti full: 1478


il dominio ha strittura nota, per esempio 2dg1


 

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