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Forum > Corso 2009/2010 > Esercizio ricerca di omologia

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
Esercizio ricerca di omologia
03/11/2009 11:03

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

 

PIETRO CRAVEDI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:04

1- Numero di sequenze significative: 204

2- % somiglianza con topo: 98%

    % identità con topo: 98%

3- sequenze omologhe nei batteri? sì

 

PIETRO CRAVEDI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:06

Edit

somiglianza con topo: 91%

identità con topo: 81%

 

OLGA CHIESA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:07

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

le sequenze con somiglianza significativa sono 204
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

Identità= 120/147 (81%), Somiglianza = 135/147 (91%)


3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

Sì, Mycobacterium vanbaalenii PYR... 62.4 2e-08

 

GIULIANA CIRILLO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:07

le sequenze omologhe  con significatività inferiore a 10-5 sono 204

Identities = 120/147 (81% 
Positives = 135/147 (91%)

si sono presenti omologie con i batteri (e.coli)

 

MATTIA DANIELI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:08

1) le sequenze sono 241

2)Identities = 120/147 (81%)
3) sì

laura bottoli
mattia danieli
alessia capetta

 

FRANCESCO DIROMA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:08

1) le sequenza che hanno una certa somiglianza significativa sono 241.

2)Identities = 120/147 (81%), Positives = 135/147 (91%).

3)Si.

 

DENISE LANDOLFI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:08

le sequenze omologhe  con significatività inferiore a 10-5 sono 204

Identities = 120/147 (81% 
Positives = 135/147 (91%)

si sono presenti omologie con i batteri (e.coli)

 

CHRISTIAN BOZZETTI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:08

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

204

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

identità 120\140  81%, somiglianza 91%

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

si, Mycobacterium Vanbaleenii PYR 62.4

 

Bulgari Daniele, Christian Bozzetti

 

ALESSIA MARMORINO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:08

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 204
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

Identities = 120/147 (81%), Positives = 135/147 (91%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? si sono presenti sequenze omologhe nei batteri significative come ad esempio nella salmonella con valore 8e-08

  

 

DANIELA MANDALARI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:08

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

le sequenze con significatività sono 204

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

identità 120/147 somiglianza (81%) somiglianza 135/147 (91%)


3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

si.

Daniela Mandalari

 

CHIARA CORUZZI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:09

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

204

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

Identities = 120/147 (81%), Positives = 135/147 (91%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

Mycobacterium ulcerans Agy99 [high GC Gram+] taxid 362242
ref|YP_904633.1| hypothetical protein MUL_0457 [Mycobacter... 61 3e-08
ci sono sequenze omologhe nei batteri perche per es. mycobacterium ulceras ha un E= 3e-08 che è un valore significativo

martina inoretti


 

SIMONE LANDI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:09

-le sequenze con somiglianze significative sono 204

-identità 120/147  (81%)   somiglianza 135/147  (91%)

-sono presenti sequenze omologhe nei batteri,microbacterium vanbaalenii

 

simone landi

 

valentina carbognani

 

 

ALESSIA VERANI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:09

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

 

 

1) 204

 

2) identità:81% ( 120/147 ) somiglianza : 91% (135/147)

3) sì,Mycobacterium vanbaalenii

 

Alessia Verani,Beatrice Monti

 

ILARIA CLARIZIO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:09

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? 204
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

Identities = 120/147 (81%), Positives = 135/147 (91%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? si sono presenti sequenze omologhe nei batteri significative come ad esempio nella salmonella con valore 8e-08

  

 

NICOLANNA FILOMENA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:10

1) 204

2)identità 120/147(81 %) somiglianza 135/147(91%)

3)SI SONO PRESENTI SEQUENZE OMOLOGHE NEI BATTERI

 

 

 

 

 

BACO/FILOMENA

 

ROBERTA BARONE
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:11

1.204

2.120/147 (81%)identita',somiglianze 135/147(91%)

3.si' chytinophaga pinensis

bruno annalisa

leandra canzoneri

roberta barone

 

CHIARA LAZZARINI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:11

le sequenze con somiglianza significativa sono 204.

identità 120-147 (81%); 135-147 somiglianza (91%)

 

Chiara Lazzarini,Enza Caruso, Serena Montalbano

 

VERONICA BELLONI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:11

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)? :211

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo? 119/142 (80%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri? sì

Belloni Veronica, Alberici Valentina

 

LUCA BARBATO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:11

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?204


2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

dentities = 120/147 (81%), Positives = 135/147 (91%), Gaps = 0/147 (0%)


3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

SI, Mycobacterium vanbaalenii 62.4

LUCA BARBATO

MONIA FRONZUTI

 


 

THEKLA LEONE
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:11

Esercizio ricerca di omologia Rispondi
03/11/2009 11:03 Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

le sequenze con somiglianza significativa sono 204

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

identità 120/147 (81%) somiglianza 135/147 (91%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?

sì mycobacterium vanbaalenii PYR 62.4

silvia miatello e thekla leone

 

ALESSANDRA D'ARELLI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:11

 

Si sono trovate 204 sequenze omologhe con quella data.

La percentuale di identità è di 81% e somiglianza è di 91%.

Sono presenti omologie con i batteri

 

CLAUDIA CANNETIELLO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:12

ESERCIZIO 3

DOMANDA 1: le sequenze con somiglianza significativa sono 210.

DOMANDA 2: identità: 81%

                    somiglianza con topo. 91%

DOMANDA 3: Sì c'è somiglianza con i batteri

 

claudia cannetiello    federica cassinelli

 

ELISA IRONI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:12

1) Le sequenze con somiglianza significativa sono 210

2) La percentuale di somiglianza è 91% ( 135/147)

    La percentuale di identità è 81% ( 120/147)

3)  Sì, sono presenti.

Elisa Ironi

Maria Chiara Guidone

 

PATRIZIA CHERUBINI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:12

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?

241

2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di topo?

Identità = 120/147 (81%) SOMIGLIANZA 135/147 (91%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?
Si,
Mycobacterium vanbaalenii PYR... (2e-08)

Maria Chiara Venuti

 

ERJOLA DJALA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:13

Le sequenze significative sono 204 con E<e-05.

La percentuale di identità con la sequenza più significativa di topo é 81% mentre quella di somiglianza è di 91%.

Sì, sono presenti sequenze omologhe nei batteri.

 

 

IVANA GALLO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #1 - 03/11/2009 13:13

Ci sono 204 sequenze con somiglianza significativa(valori inferiori a e-5).

La percentuale di d'identità con la sequenza più significativa di topo è dell'81% e quella di somiglianza è del 91%.

Sì,sono presenti sequenze omologhe nei batteri.

 

STELLA LO BARCO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #2 - 03/11/2009 13:14

Si sono trovate 204 sequenze omologhe con quella data.

La percentuale di identità è di 81% e somiglianza è di 91%.

Sono presenti omologie con i batteri

 

MARIA CARLA GERRA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #3 - 03/11/2009 13:14

le sequenze con somiglianza significativa sono 204.

La percentuale di somiglianza è 91 e 81 %.

 

Maria carla Gerra

Gilberti Micol

Gargiulo luca

 

GABRIELLA COTTONE
studente
Re: Esercizio ricerca di omologia
Replay #4 - 03/11/2009 15:14

Le sequenze significative E<-5 sono 204.

La percentuale di identità con la sequenza più significativa di topo è dell' 81%, la somiglianza è del 91%.

Sì, sono presenti sequenze omologhe nei batteri.

 

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