Classe delle Lauree in Scienze Biologiche
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Forum > Corso 2017/2018 > Ricerca di omologia -blast locale

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
Ricerca di omologia -blast localeRispondi
06/12/2017 10:28Invia email

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans?

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 



 
Annamaria PETRONELLA
studente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:43Invia email

Utilizzando i proteomi di: Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa) Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa) Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? 42 Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. -formatdb -i NC_005213.faa -blastall -p blastp -i NC_000908.faa -d NC_005213.faa -e 1e-5 -m8 > Mg_tab.blast -cut -f1 Mg_tab.blast | uniq -d| wc

 

Maria Cristina TARASCO
studente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:44Invia email

Utilizzando i proteomi di: Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa) Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa) Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? le sequenze omologhe sono 95 Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 1)formatdb -i NC_005213.faa 1)blastall -p blastp -i NC_000908.faa -d NC_005213.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast 3) cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc

 

Elena DEMBECH
studente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:46Invia email

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans?

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 
formatdb -i NC_005213.faa

blastall -p blastp -d NC_005213.faa -i NC_000908.faa -e 1e-5 -m 8 > MG_tab.blast

cut -f1 MG_tab.blast | uniq | wc

Le sequenze omologhe con valore E<10^(-5) sono 95.


 
Prof. Riccardo Percudani
docente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:48Invia email

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? 95

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 

1) formatdb -i NC_005213.faa
2)  blastall -p blastp -d NC_005213.faa -i NC_000908.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast
3)  cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc


 
Alexandru Ionut GILEA
studente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:48Invia email

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans? 95

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati.

1. formatdb -i NC_005213.faa
2. blastall -p blastp -d NC_005213.faa -e 1e-5 > Nc.blast
3. cut -f1 Nc.blast | uniq | wc 

 
Lucia Pia BRUNO
studente
Re: Ricerca di omologia -blast localeRispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:49Invia email

Utilizzando i proteomi di:
Mycoplasma genitalium (NC_000908.faa)
Nanoarchaeum equitans (NC_005213.faa)

Determinare con il blast locale il numero delle sequenze di
 M. genitalium con omologia significativa (E<10^-5) in N. equitans?

Riportare la sequenza dei comandi utilizzati. 
 
1.formatdb -i NC_000908.faa
2.blastall -p blastp -d NC_005213.faa -i NC_000908.faa -e 1e-5 -m 8 > Mg_tab.blast        
3.cut -f1 Mg_tab.blast | uniq | wc



 
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