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Classe delle Lauree in Scienze Biologiche

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Forum > AB - Corso 2010/2011 (M-Z) > esercizio allineamento

Autore

Intervento

Prof. Riccardo Percudani
docente

	esercizio allineamento	Rispondi
	02/11/2010 13:06	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

GIANLUCA SPAGNOLI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 14:01	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

globale identita 44 somiglianza 51 punteggio 739

locale identita 64 somiglianza 76 punteggio 753

la somiglianza e locale

ENRICO TAGLIAFERRI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:08	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)
# Gaps:          14/235 ( 6.0%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)
# Gaps:         122/359 (34.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? 753.5 739.

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale? Locale

ILARIA PAGANINI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:08	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

identità locale 66.4 %

somiglianza locale 76.2%

punteggio locale 753.5

identità globale 44.3%

somiglianza globale 51.0%

punteggio globale 739.0

la somiglianza è locale

marika tonarelli, ilaria paganini

MELANIA MISSERI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:09	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

(water)

id=44.3%

s=51.0%

g=34.0%

score=739.0

(needle)

id=66.4%

s=76.2%

g=6.0%

score=753.5

la somiglianza è locale

NICOLA OLIVETTI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:10	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)
# Gaps:          14/235 ( 6.0%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)
# Gaps:         122/359 (34.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

# Global Score: 739.0
# Local Score: 753.5

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

Locale

GIORGIA SALSI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:10	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

identità 66.4% somiglianza 76.2%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

 Identity:     159/359 (44.3%)
 Similarity:   183/359 (51.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

globale:739.0

locale:753.5

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

la somiglianza è globale.

francesca tenca giorgia salsi

GIULIA LEVATI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:10	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

LOCALE

Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)

GLOBALE

# Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)

score locale:753,5
score globale:739,o

La somiglianza è LOCALE

BARBARA RAPONI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:11	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

Allineamento Globale


# Identity:     159/359 (44.3%)
# Similarity:   183/359 (51.0%)
# Score: 739.0

Allineamento Locale

# Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)
# Score: 753.5

La somiglianza risulta essere Locale.

Barbara Raponi & Bruno Mauro

ALESSANDRO MAGRI'
studente

	Re: esercizio allineamento Magrì	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:11	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

%id: 66.4%

%som: 76.2%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

%id: 44.3%

%som: 51%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

water: 753.5

needle: 739

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

Locale

MATILDE MONTI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:11	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

id%=66.4%

sOM%=76.2%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

id%=44.3%

som%=51%
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

739 GLOBAL SCORE

753 LOCAL SCORE

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

LOCALE

MATILDE MONTI

ALICE MASSERDOTTI

FILIPPO MARCHINI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:12	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia global

e o locale? locale

Identity:     156/235 (66.4%)
# Similarity:   179/235 (76.2%)
 
globale  44%   51%  



lo0cale 753  glob  749   

somi locale

SILVIA PERINI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:12	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

1. Identity:     156/235 (66.4%)
   Similarity:   179/235 (76.2%)
   Punteggio 753.5

 
2.Identity:     159/359 (44.3%)
 Similarity:   183/359 (51.0%)
Punteggio 739.0

Prof. Riccardo Percudani
docente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:14	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

1) Identity:     156/235 (66.4%)
   Similarity:   179/235 (76.2%)
   Gaps:          14/235 ( 6.0%)
score: 753

2)identity: 44.3%
  similarity: 51%
  gaps: 34% 
score: 739

la somiglianza è locale

ILARIA MINATO
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:14	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Id%=66,4%

Som%=76.2%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Id%=44.3%

Som%=51%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

punteggio locale=753.5

punteggio globale=739

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale? Locale

MARCO TAGLIETTI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #3 - 02/11/2010 14:14	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity: 156/235 (66.4%)
# Similarity: 179/235 (76.2%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity: 159/359 (44.3%)
# Similarity: 183/359 (51.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? score allineamento locale: 753.5 globale 739

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale

la somiglianza è locale

Marco Taglietti., Silvia Tommasi.

LUCIA MAURELLA
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:16	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

RISPOSTE

LOCAL
Id%= 156/235 (66.4%)
Som%= 179/235 (76.2%)
Score: 753.5


NEEDLE
Identity:     159/359 (44.3%)
Similarity:   183/359 (51.0%)
Score: 739.0

la somiglianza è LOCALE

Alessia Miliziano - Lucia Maurella

Maria Teresa Frontera
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:17	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale?

percentuali allineamento locale

Id=20,7%

Som=34,9%

Score=46,5

percentuali allineamento globale

id=7,8%

Som=12,9%

Score=37,5

La somiglianza è locale.

Mosca Giulia frontera maria teresa

ELENA TOSI
studente

	Re: esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:18	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Candida tropicalis (XP_002548983)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity:     156/235 (66.4%)
Similarity:   179/235 (76.2%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

 Identity:     159/359 (44.3%)
 Similarity:   183/359 (51.0%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

globale:739.0

locale:753.5

Ritenete che la somiglianza sia globale o locale? locale, perchè la differenza tra le due è circa del 25%