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Classe delle Lauree in Scienze Biologiche

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Forum > AB - Corso 2010/2011 (A-L) > Esercizio allineamento

Autore

Intervento

Prof. Riccardo Percudani
docente

	Esercizio allineamento	Rispondi
	02/11/2010 10:54	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

EMANUELE FERRARI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:56	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Homo Sapiens:

>gi|4507379|ref|NP_003185.1| TATA-box-binding protein isoform 1 [Homo sapiens]
MDQNNSLPPYAQGLASPQGAMTPGIPIFSPMMPYGTGLTPQPIQNTNSLSILEEQQRQQQQQQQQQQQQQ
QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQAVAAAAVQQSTSQQATQGTSGQAPQLFHSQTLTTAPLPGTTPLYP
SPMTPMTPITPATPASESSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTT
ALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQF
SSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

Saccharomyces cerevisiae:
>gi|6320996|ref|NP_011075.1| Spt15p [Saccharomyces cerevisiae S288c]
MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNI
VATVTLGCRLDLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYA
RIIQKIGFAAKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSG
KIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Id%=77.3%

Som%=87.1%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Id%= 45.9%

Som%=54.1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Log Odds Score locale=767

Log Odds Score globale=762.5

Emanuele Ferrari

Federica Cattini

Chiara Griffoni

MATTHIAS BOZZA
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:56	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)? id%=77.3 som%=87.1%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)? id%=45.9% som%=54.1%
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? Score (globale)=762.5 Score (locale) = 767

Risulta dai calcoli una somiglianza maggiore con l'allineamento locale.

Matthias Bozza

Alex Bersellini Farinotti

AGATA FAROLDI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:57	Invia email

1. id%= 77%

som%=87%

2.id%=46%

som%=54%

3. score(locale)=767

score(globale)=762.5

ANGELO ANTONIO DE FABRIZIO
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:57	Invia email

Angelo Antonio De Fabrizio

Andrea Dinoi

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Locale

# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Globale

# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Score Globale

Score: 762.5

Score Locale

Score: 767.0

NB. sono più locali

TOMMASO LIUZZI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:58	Invia email

ALLINEAMENTO GLOBALE

Identity:     158/344 (45.9%)
 Similarity:   186/344 (54.1%)
 Score: 762.5

ALLINEAMENTO LOCALE
Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

# Score: 767.0
# 

TOMMASO LIUZZI E NUNZIO LAPOLLA

VALERIO FRANCESCO PISCITELLI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:58	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

# Score: 762.5 (globale)
# Score: 767.0 (locale)

Lorenzo Bertolone
Piscitelli Valerio Francesco

ROBERTA BRIGIDO
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:58	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

allineamento globale

id=45.9%

som=54.1%

allineamento locale

id=77,3%

som=87,1%

Score locale= 767

Score globale: 762.5

La somiglianza è rappresentata meglio dall'allineamento locale

ROSSELLA BONAFEDE
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Globali:

 Identity:     158/344 (45.9%)
 Similarity:   186/344 (54.1%)
 

Locali:
Identity:     150/194 (77.3%) 
 Similarity:   169/194 (87.1%)
 

Punteggi:
globale: 762.5
locale:767.0

la somiglianza tra le due proteine è locale

ROSSELLA BONAFEDE 
FIGUCCIA SONIA

PIETRO FERRARI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

# Identity:     150/194 (77%)
# Similarity:   169/194 (87%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

# Identity:     158/344 (46%)
# Similarity:   186/344 (54%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Locale: # Score: 767.0

Globale: # Score: 762.5

ENRICA CITIGNOLA
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

1 Allineamento locale: id%=77%; som%=87%

2 Allineamento globale: id%=46%; som%54&

3 score allineamento locale 767; score allineamento globale 762

la somiglianza delle due sequenze è di tipo locale

SILVIA REVERBERI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Laura Bottoli

Emiliana Tortorella

Silvia Reverberi

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity: 77%
Similarity: 87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity: 46%
Similarity: 54%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Locale 767

Globale 762

ALESSIA CAPETTA
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Identity:     150/194 (77.3%)
Similarity:   169/194 (87.1%)

Identity:     158/344 (45.9%)
Similarity:   186/344 (54.1%)

Score (local) 767
Score (global) 762.5

CATERINA BASILE
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 12:59	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

locali :

Score: 767.0

globali: 
Score: 762.5

allineamento locale.

Caterina Basile, Bottazzini Chiara, Fratta Agnese, Beranti Gaia

ANGELA GILARDONI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 12:59	Invia email

1. id%61, som%61

2. id% 44.0, som% 44.0

3. score 1 2343 score 2 2341

Angela Gilardoni, Castellini Chiara

GIULIA GIANNINI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:00	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

2)id%=45%

som%=54%

1)id%=77%

som%=87%

3)score1= 767

score2=762

MARIANNA BLENGINO
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:00	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

identità 77,3%

 somiglianza 87.1%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

identità

45.9%
somiglianza 
54,1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? globale: 762,5. Locale:767

la somiglianza è locale

chiara bocconi e blengino marianna

ANTONELLA SENATORE
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 13:00	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?id%=77,3% som%=87,1%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?id%)=45,9% som&=54,1%
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?locale 767,0 globale 762,5

VALENTINA SILVANO
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:00	Invia email

	Esercizio allineamento	Rispondi
	02/11/2010 10:54	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

water:

id%=77%

som%=87%

needle:

id%=46%

som%=54%

punteggio locale= 767

punteggio globale=762

Valentina Silvano

Giulia Maria Greco

ELENA IERVASI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:00	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

ID%=77%; SIM%=87%
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

ID%=46%; SIM%=54%
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali? PUNTEGGIO LOCALE=767 ; PUNTEGGIO GLOBALE=762.5

ALLINEAMENTO E' PIU' LOCALE

IERVASI ELENA&LUPERTO MARTINA

RITA FIORI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:00	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity:77%
Similarity:87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity:46%
Similarity:54%

Score: 762.5

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Score: 767.0 (locale)
Score: 762.5 (globale)

Giovenali Greta
Fiori Rita

ROSSANA ITALIANO
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:01	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

id%= 77%

som%= 87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

id%=46%

som%= 54%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

score needle= 762.5

score water= 767

rossana italiano

ilaria botrugno

ELISA UGHINI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:01	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?


# Identity:     150/194 (77.3%)
# Similarity:   169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?


# Identity:     158/344 (45.9%)
# Similarity:   186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

globale:762,5
locale:767

La somiglianza è locale.

Ughini Elisa   e   Jessica Rosselli

ELISABETTA GHIA
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:02	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identità:     (77.3%)
Somiglianza:  (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identità:     45.9%
Somiglianza:  54.1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

punteggio globale 762.5

punteggio locale 767.0

L'allineamneto è più locale

Maddalena Dall'Asta,Ghia Elisabetta. Ambroggi Elisa

MARINA VANGELI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:02	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?77% e 87 %
Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?46 % e 54 %
Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?767 e 763

ARIANNA BROLLI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:02	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

>gi|4507379|ref|NP_003185.1| TATA-box-binding protein isoform 1 [Homo sapiens]
MDQNNSLPPYAQGLASPQGAMTPGIPIFSPMMPYGTGLTPQPIQNTNSLSILEEQQRQQQQQQQQQQQQQ
QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQAVAAAAVQQSTSQQATQGTSGQAPQLFHSQTLTTAPLPGTTPLYP
SPMTPMTPITPATPASESSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTT
ALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQF
SSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

id%= 77.3%

somiglianza=87%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

id%=45.9%

somiglianza=54.1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

allineamento locale punteggio:767

allineamento glogale 762.5

La somiglianza è locale.

Arianna Brolli

Cristina Attrotto

ALEKSANDRA BONINI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:03	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

ALLINEAMENTO LOCALE

Identity: 77.3%
Similarity:87.1%
Score 767
ALLINEAMENTO GLOBALE
Identità  46%
Somiglianza 54%
Score 762.5
L'allineamento è locale
Calogeraelisa Iacono & Aleksandra Bonini

LEANDRA CANZONERI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #1 - 02/11/2010 13:07	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

id%=77.3%
som%=87.1%

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

id%= 45.9%
som%=54.1%

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

 score globale 762.5
 score locale  767

ANNALISA BRUNO

LEANDRA CANZONERI

MIRCO TEDESCHI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:09	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity: 150/194 (77.3%)

Similarity: 169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity: 158/344 (45.9%)
Similarity: 186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Score(water): 767.0

Score(needle): 762.5

MIRCO TEDESCHI
studente

	Re: Esercizio allineamento	Rispondi
	Replay #2 - 02/11/2010 14:10	Invia email

Cercare in bancadati la sequenza proteica refseq corrispondente a:

TATA-binding protein di Homo sapiens (NP_003185) e Saccharomyces cerevisiae (NP_011075)

Prendere le sequenze in formato fasta

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento locale (water)?

Identity: 150/194 (77.3%)

Similarity: 169/194 (87.1%)

Quali sono le percentuali di identità e somiglianza dell'allineamento globale (needle)?

Identity: 158/344 (45.9%)
Similarity: 186/344 (54.1%)

Quali sono I punteggi degli allineamenti locali e globali?

Score(water): 767.0

Scoore(needle): 762.5

la somiglianza è locale