Scrivere:
- Identificativo Pfam e significativitą dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1.è identificativo nella famiglia PALP o PF00261(is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a multitude of reactions) con significatività 5.7e-84 e in ACT o PF01842(is proposed to be a conserved regulatory binding fold)con significatività 2.6e-08
2. Le strutture note in ACT sono 30 mentre in PALP sono molto più presenti
Questa proteina è un enzima che ha come cofattore il Piridossal Fosfato (quindi una trasferasi) regolata dalla concentrazione di un certo amminoacido (dominio ACT)
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1.è identificativo nella famiglia PALP o PF00261(is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a multitude of reactions) con significatività 5.7e-84 e in ACT o PF01842(is proposed to be a conserved regulatory binding fold)con significatività 2.6e-08
2. Le strutture note in ACT sono 30 mentre in PALP sono molto più presenti
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme (PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
(PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con
significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1) Sono presenti due domini: Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
(PALP) con significatvità di 5.7 e-84 e il dominio ACT con
significatività di 2.06 e-08.
2) Sono presenti strutture note per entrambi i domini
1. I due domini sono identificati come PALP con significatività E=5.7e-84 e ACT con significatività E=2.6e-08
2. Sono presenti diverse strutture note per entrambi i domini
3. Per il dominio PALP sono presenti 155 sequenze seed e 11815 ful;
per il dominio ACT 180 seed e 12273 full
il
dominio ACT è presente in enzimi che sono regolati dalla concentrazione
degli aminoacidi, che vi si legano in modo specifico. Il legame di ACT
all'aminoacido regola l'attività dell'enzima ad esso associato.
Il dominio PALP è caratteristico degli enzimi dipendenti dal piridossal fosfato.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio
1) due domini: PALP PF00291 (E = 5.7e-84) e ACT PF01842 (E = 2.6e-08)
2) entrambi i domini presentano strutture note
3) Dominio Palp: allineamenti Seed = 185
allineamenti Full = 11815
Dominio Act: allineamenti Seed = 180
allineamenti Full = 12273
La famiglia di domini ACT ha generalmente un ruolo regolatorio; i domini ACT sono collegati ad un certo numero di enzimi regolati dalla concentrazione amminoacidica. I domini PALP fanno parte di enzimi dipendenti dal piridossal fosfato.
SONO PRESENTI CIRCA 118 STRUTTURE NOTE PER PALP E 30 PER ACT.
ALLINEAMENTI: PALP SEED 155 FULL 11815
ACT SEED 180 FULL 12273
LA PROTEINA POTREBBE SVOLGERE ALCUNE FUNZIONI COME DECARBOSSILAZIONE, DEAMINAZIONE E TRANSAMINAZIONE ED HA IL PIRIDOSSAL FOSFATO COME COFATTORE. IL DOMINIO ACT è LA PARTE REGOLATIVA DIPENDENTE DALLA CONCENTRAZIONE AMINOACIDICA.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1)PALP(PF00291);E=5.7e-84
ACT domain(ACT) E=2.6e-08
2)Ci sono strutture note per i due domini:ad esempio per PALP si ha 1k7x e per ACT si ha 1sc6
1. Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
2. Eventuale presenza di strutture note per i due domini
3. Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
