Classe delle Lauree in Scienze Biologiche
 Forum: Risultati della ricerca Logout

Da 1 a 14 di 14

Forum > Corso 2017/2018 > Ricerca di omologia -server blast

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
Ricerca di omologia -server blast Rispondi
06/12/2017 10:30Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?

    Quante sono le sequenze omologhe?
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?
    In quali organismi? (Taxonomy reports).

    Blastn
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?

    Quante sono le sequenze omologhe?
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?
    In quali organismi? (Taxonomy).

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?

 
Giada CASCHETTO
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:10Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
  Banca dati: nr
  Max target: 100
  E: 10
  W: 6
  Matrix: BLOSUM62
  Gap pen: Existence: 11 Extension: 1
    Quante sono le sequenze omologhe?
  >5000 (E: 1e-5
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?
  >5000 (E: 1e-5)
    In quali organismi? (Taxonomy reports).
  Eucarioti ( multicellulari e monocellulari) e procarioti.

    Blastn
    Quali sono i parametri standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
  Banca dati: nr/nt
  Max target: 100
  E:10
  W:
  Matrix: match/mismatch score 2-3
  Gap: Extension 2 Existence 5
    Quante sono le sequenze omologhe?
  1442(E:1e-5)
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1069
    In quali organismi? (Taxonomy).
  Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? 
  Si, esiste un paralogo NM_020200.6 (data base: refseq_rna)

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? Si con una significatività  di 2e-117 e un'identità del 73%

 
Virginia DAVOLIO
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:11Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).
 
Blastp
    Quali sono i parametri standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
banca dati: No redunndant protein sequences (nr)
max target:100
E:10
W:6
MATRIX: BLOSUM62
GAP:Existence: 11 Extension: 1

    Quante sono le sequenze omologhe? >100
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?>5000
banca dati: refseq_protein
E: 1e-5
Max target: 5000

    In quali organismi? (Taxonomy reports). eucarioti(animali, funghi,protisti e piante) e procarioti

    Blastn
    Quali sono i parametri a standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
banca dati:nr/nt
Max:100
E:10
W:28
match/mismatch: 1;-2
Gap:linear
    Quante sono le sequenze omologhe? 1453
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?1069
    In quali organismi? eucarioti (animali)
Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? un gene paralogo Homo sapiens phosphoribosyl transferase domain containing 1 (PRTFDC1), transcript variant 1, mRNA

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? si con valori: E= 2e-117 ID=73%

 
Prof. Riccardo Percudani
docente
Re: Ricerca di omologia -server blast NP_000185.1Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:12Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca?
    bancadati: nr, MaxTarget: 100 , E:10, W:6, Matrix: Blosum62, Gap pen. 11,1

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?
    bancadati: nr/Refseq, MaxTarget: 5000 , E:1e-5, W:6, Matrix: Blosum62, Gap pen. 11,1
    Quante sono le sequenze omologhe? >5000
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? >5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports).  Eucarioti (protisti, funghi, piante, animali [assente in D. melanogaster]), Batteri, Archaea.

    Blastn
    Quali sono i parametri a default della ricerca?
    bancadati: nr/Refseq_rna, MaxTarget: 5000 , E:1e-5, W:11, Matrix: 1,-2, Gap pen. linear
    Quali sono i parametri da voi utilizzati?
    bancadati: nr, MaxTarget: 100 , E:10, W:28, Matrix: 2,-3, Gap pen. 5,2
    Quante sono le sequenze omologhe? 1442
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1067
    In quali organismi? (Taxonomy). Animali: Bilateri (e un porifero)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?
Sì: NP_064585.1	phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]
(E=2e-105)

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?
No, non è best Hit


 
Danila DELFINO
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:13Invia email

 
Blastp
    Quali sono i parametri a standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Banca dati: reference proteins (refseq_protein)
Max target:5000
E:1e-5
W:6
Matrix:BLOSUM62
Gap pen:exsistence:11 Extention:1

Banca dati:non redundant (n_r)
Max target:100
E:10
W:6
Matrix:BLOSUM62
Gap pen:exsistence:11 Extention:1

    Quante sono le sequenze omologhe?>100
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? >5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports).eucarioti (animali, funghi e piante ) ,procarioti 

    Blastn
    Quali sono i parametri a standard della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
banca dati: nucleotide collection
max target: 5000
E:1e-5
W: 11
Match/mismatch score: 1,-2
Gap Pen:linear

banca dati: refseq rna
max target: 5000
E:1e-5
W: 11
Match/mismatch score: 1,-2
Gap Pen:linear

    Quante sono le sequenze omologhe?1453
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?1069
    In quali organismi? (Taxonomy). eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? 1, Homo sapiens phosphoribosyl transferase 

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?no, non è la best hit.

 
Elena DEMBECH
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:15Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185). Blastp Quali sono i parametri a default della ricerca? Banca dati nr (non redundant protein sequences) Max target 100 E=10 W=6 Matrice Blosum62 Gap existence=11; extension=1 Quali sono i parametri da voi utilizzati? Ho utilizzato, per due ricerche, la banca dati nr e la banca dati refseq modificando per entrambi, rispetto a quelli in default, il MAX TARGET di 5000 e il valore di E=10^(-5). Quante sono le sequenze omologhe? Le sequenze omologhe sono più di 5000. Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? Anche in questo caso le sequenze omologhe sono più di 5000. In quali organismi? Questa proteina è presente diffusamente negli organismi. Essa infatti è presente in Eucarioti (funghi, piante, animali e protisti), Batteri ed Archaea. Blastn Quali sono i parametri a default della ricerca? Banca dati nr/nt Max target 100 E=10 W=11 Gap: existence=5; extension 2 Quali sono i parametri da voi utilizzati? Ho utilizzato, per due ricerche, la banca dati nr/nt e la banca dati refseq_rna modificando per entrambi, rispetto a quelli in default, il MAX TARGET di 5000 e il valore di E=10^(-5). Quante sono le sequenze omologhe? 1453 Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1069 In quali organismi? Le sequenze omologhe sono presenti principalmente in Eucarioti animali; tuttavia non ci sono riscontri negli organismi modello in Drosophila melanogaster e in Caenorhabditis elegans. Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Sì, è presente un gene paralogo ad HPRT con e=5e-106 NP_064585.1 La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No non è una proteina ortologa all'HPRT umana. Non è best hit poichè reinserendo in Blast il primo risultato ottenuto come sequenza omologa a Danio rerio in Homo sapiens esso non restituisce la proteina di partenza come primo risultato.

 

Annamaria PETRONELLA
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:16Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185)
Blastp
Quali sono i parametri a default della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default
Bancadati:Non-redundant protein sequences (nr)
MaxTarget: 100
E: 10
W: 6
Matrix: Blosum 62
Gap pen: Existence:11 Extension:1
Parametri modificati
Bancadati: Reference proteins (refseq_protein)
Max Target: 5000
E: 1e-5
Quante sono le sequenze omologhe? Più di 100
Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? 13299
In quali organismi? (Taxonomy reports) Eucarioti (protisti, funghi, piante, animali) assente in Drosophila melanogaster; Batteri, Archaea

Blastn
Quali sono i parametri a standard della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default
Bancadati: Nucleotide collection (nr/nt)
Max Target: 100
E: 10
W: 28
Gap pen: linear
Parametri modificati
Bancadati: Refseq
MaxTarget: 5000
E:1e-5

Quante sono le sequenze omologhe? Più di 100
Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 245
In quali organismi? (Taxonomy) Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si. NP_064585.1;phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens] E:2e-105 

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No non lo è perchè non è best hit

 
Maria Cristina TARASCO
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:16Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185). 

blastp
Quali sono i parametri a default della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default:
bancadati: non-redundant protein sequences (nr);  Maxtarget: 100; E: 10; W:6; Matrix: BLOSUM62; Gap 
costs: Existence (11), Extension: 1.
Parametri modificati:
bancadati: Reference proteins (refseq_protein); Maxtarget: 5.000; E: 1e-5

Quante sono le sequenze omologhe? più di 100

Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? 13.299
In quali organismi? (Taxonomy reports) Eucarioti (protisti,funghi,piante,animali); Procarioti (batteri,archea); assente in Drosophila Melanogaster.

Blastn
Quali sono i parametri a default della ricerca(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri default:
Bancadati: nucleotide collection (nr/nt); Maxtarget: 100; E: 10; W:28; Gap pen: linear
Parametri modificati:
Bancadati: Reference RNA sequences (refseq_protein); Maxtarget: 5.000; E: 1e-5; W: 28
    Quante sono le sequenze omologhe? più di 100
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 245
    In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si, NP_064585.1 phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? no non è best hit

 
Alexandru Ionut GILEA
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:16Invia email

>pre Blastp Quali sono i parametri a default della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? I parametri standard sono : banca datati : Non reduntant protein sequences (nr), Max target: 100, E:10, W: 6, Matrix: BLOSUM62, Gap pen: Apertura 11, estensione 1 Quali sono i parametri da voi utilizzati? I parametri che utilizzo sono: banca dati: refseq_protein, max target: 5000, E: 1e -5, Matrix: blosum 62, Gap pen: Apertura 11, estensione 1. Quante sono le sequenze omologhe? Le sequenze omologhe nella ricerca della banca dati nr sono >5000 Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? Le sequenze omologhe nella ricerca della banca dati Refseq sono >5000 In quali organismi? (Taxonomy reports). Eucarioti (protisti, funghi, piante e animali), procarioti :batteri. è assente in D.melanogaster Blastn Quali sono i parametri a default della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? I parametri di default sono: bancadati: nucleotide collection nr/nt, Maxtarget: 100, E: 1, W: 11, Matrix: di identità, Apertura 5, estensione 2 Quali sono i parametri da voi utilizzati? I parametri che ho utilizzato sono: bancadati: Refseq_rna, Maxtarget: 5000, E: 1e-5, W: 11, Matrix: di identità, Apertura 5, estensione 2 Quante sono le sequenze omologhe? Le sequenze omologhe in nm/nr sono 1453 Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? Le sequenze omologhe in Refseq sono 1069 In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti (animali) Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si è presente un gene paralogo NP_064585.1. La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? La proteina non è ortologa all' HPRT umana perchè il test BRH dà esito negativo.

 

Francesco CALIGIORE
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:17Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Bancadati:Non-redundant sequences (nr) 
MaxTarget: 100
E:10
W:6
Matrix: BLOSUM62
Gap pen.:Existence: 11 Extencion:1

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?

Bancadati: Refseq protein
MaxTarget:5000
E:1e-5
W:6
Matrix: BLOSUM62
Gap pen.: Existence: 11 Extencion:1

    Quante sono le sequenze omologhe?
Più di 100
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?
Più di 5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports).
Sia in Eucarioti( animali, funghi, piante, protisti) che in Procarioti (Batteri e Archaea)

    Blastn
Mi ricavo la sequenza codificante
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
000185)
Bancadati: Nucleotide Collection (nr/nt)
MaxTarget:100
E:10
W:11
Matrix: Match/Mismatch 2,-3
Gap pen.:Existance: 5 Extension: 2

  Quali sono i parametri da voi utilizzati?

Bancadati: Refseq rna
MaxTarget:5000
E:10
W:11
Matrix: Match/Mismatch: 2,-3
Gap pen.: Existance: 5 Extension: 2

    Quante sono le sequenze omologhe?
Più di 100
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?
4993
    In quali organismi? (Taxonomy).
Solo negli Eucarioti

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?
Si, questo: NP_064585
La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana?
No, perchè non è la migliore, la migliore hit è: 	NP_998151.1

 
Andrea MARTINEZ
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:18Invia email

Quali sono i parametri di default della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? MaxTarget 5000, E 1e-5, Word Size 6, M BLOSUM62, Gap 11 : 1, DB Reference proteins Quante sono le sequenze omologhe? >100 Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? >5000 In quali organismi? (Taxonomy reports). Procarioti ed Eucarioti Blastn NM_000194.2 Quali sono i parametri di default della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? DB Nucleotide collection, MaxTarget 5000, E 1e-5, WS 11, Gap 5 : 2, Match 2, Mismatch -3 Quante sono le sequenze omologhe? 1453 Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 1069 In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si, NM_020200.6 La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No, non è best hits

 

Federica PELOSI
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:21Invia email

Blastp Quali sono i parametri a standard della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? BD: non-reduntant protein sequences (nr) MAX TARGET: 100 E: 10 W: 6 MATRIX: BLOSUM62 GAP PEN.: Existence:11 Extension:1 Quante sono le sequenze omologhe? Sono più di 100. Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? BD: refseq_protein MAX TARGET: 5000 E: 1e-5 W: 6 MATRIX: BLOSUM62 GAP PEN.: Existence: 11 Extension: 1 Più di 5000. In quali organismi? (Taxonomy reports). In eucarioti e procarioti. Blastn Quali sono i parametri a standard della ricerca (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)? BD: nucleotide collection (nr/nt) MAXTARGET: 100 E: 10 W: 11 MATRIX: match/mismatch 2 -3 GAP PEN: Existence: 5 Extension: 2 Quante sono le sequenze omologhe? Sono più di 100. Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? BD: refseq_rna MAXTARGET: 5000 E: 10 W: 11 MATRIX: match/mismatch 2 -3 GAP.PEN: Existence: 5 Extension:2 Sono 4993 In quali organismi? (Taxonomy). Eucarioti Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Sì NP_064585.1 La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No, non c'è best hit.

 

Annamaria PETRONELLA
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:22Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185)
Blastp
Quali sono i parametri a default della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default
Bancadati:Non-redundant protein sequences (nr)
MaxTarget: 100
E: 10
W: 6
Matrix: Blosum 62
Gap pen: Existence:11 Extension:1
Parametri modificati
Bancadati: Reference proteins (refseq_protein)
Max Target: 5000
E: 1e-5
Quante sono le sequenze omologhe? Più di 100
Quante sono le sequenze omologhe RefSeq? 13299
In quali organismi? (Taxonomy reports) Eucarioti (protisti, funghi, piante, animali) assente in Drosophila melanogaster; Batteri, Archaea

Blastn
Quali sono i parametri a standard della ricerca
(bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Parametri a default
Bancadati: Nucleotide collection (nr/nt)
Max Target: 100
E: 10
W: 28
Gap pen: linear
Parametri modificati
Bancadati: Refseq
MaxTarget: 5000
E:1e-5

Quante sono le sequenze omologhe? Più di 100
Quante sono le sequenze RefSeq omologhe? 245
In quali organismi? (Taxonomy) Eucarioti (animali)

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? Si. NP_064585.1;phosphoribosyltransferase domain-containing protein 1 isoform 1 [Homo sapiens] E:2e-105 

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? No non lo è perchè non è best hit

 
Lucia Pia BRUNO
studente
Re: Ricerca di omologia -server blast Rispondi
Replay #1 - 07/12/2017 13:23Invia email

Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185).


    Blastp
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
database:non-reduntant protein sequences Maxtarget:100 Expect threshold:10 Matrice:Blosum 62
   
 
Quali sono i parametri da voi utilizzati? Maxtarget:5000 Expect threshold_10 Database_ refseq_protein Matrice: BLOSUM 62

    Quante sono le sequenze omologhe?Le sequenze omologhe trovate sono >5000
    Quante sono le sequenze omologhe RefSeq?più di 5000
    In quali organismi? (Taxonomy reports). Primati (Pongo abelii, Papio anubis,Gorilla gorilla gorilla), Placentati, Insectivores, whale and dolphins.
   


Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo? si nell'uomo ci sono tre geni paraloghi NP_064585.1, NP_000185.1, NP_001269715.1.


    Blastn
    Quali sono i parametri a default della ricerca
    (bancadati, MaxTarget, E, W, Matrix, Gap pen.)?
Database: nucleotide collection Expect threshold: 10 Max target sequence:100 Word size:28 Optimize for :megablast

    Quali sono i parametri da voi utilizzati?Database:Ref_seq RNAExpect threshold:10 Max sequence tag:100 Word size:28 Optimize for: Somewhat similar sequence 

    Quante sono le sequenze omologhe?>1000
    Quante sono le sequenze RefSeq omologhe?>1000
    In quali organismi? (Taxonomy).Primati(Pan troglodytes, Pan paniscus...), Pipistrelli, Balene e delfini.

Vi sono geni paraloghi a HPRT in uomo?si ce n'è uno Homo sapiens fosforibosi transferasi

La proteina NP_001002056 di Danio rerio è ortologa all'HPRT umana? Ricerca con la sequenza della proteina HPRT umana (NP_000185). si la proteina NP_001002056.1 è omologa rispetto a quella umana.



 

    



 
HOMEPS