Scrivere:
- Identificativo Pfam e significativitą dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
PALP: Pyridoxal phosphate is the active form of vitamin B6 (pyridoxine or
pyridoxal). PLP is a versatile catalyst, acting as a coenzyme in a
multitude of reactions, including decarboxylation, deamination and
transamination
IGPS: Indole-3-glycerol phosphate synthase () (IGPS) catalyses the fourth
step in the biosynthesis of tryptophan, the ring closure of
1-(2-carboxy-phenylamino)-1-deoxyribulose into
indol-3-glycerol-phosphate. In some bacteria, IGPS is a single chain
enzyme
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti: IGPS E=3.5e-79 è un indol 3 fosfato sintasi , PALP E=7.7e-43 è enzima dipendente dal piridossale fosfato
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini. Si per ex: Palp (1fuy) o (1pii)
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio IGPS seed 20 full2141, PALP seed 155 full 1185
crivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti IGPS (indol 3 fosfato sintasi) E=3.5e-79 e PALP ( enzima dipendente dal piridossal fosfato) E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini sì IGPS 1juk, PALP 1j0e
- Numero di sequenze seed e full nell'allineamenti di ogni dominio PALP seed 155, full 11815, IGPS seed 20, full 2141
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- IGPS con significatività 3.5e-79; PALP con significatività 7.7e-43
- Sì per esempio IGPS la struttura 1j5t; per PALP 1tzj
- Per IGPS ci sono 20 sequenze seed e 2141 full. Per PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full.
IGPS catalizza il quarto passaggio nella biosintesi del triptofano, mentre PALP è un catalizzatore versatile che agisce come coenzima in molte reazioni tra cui la decarbossilazione, deaminazione e transaminazione.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
- Identificativo Pfam IGPS e PALP con significatività di 3.5e-79 ed 7.7e-43
- IGPS 1j5t ; PALP 1a5b
- IGPS seed 20 full 2141; PALP seed 155 full 11815
Funzione del dominio IGPS: catalizza il quarto passaggio della biosintesi del triptofano
Funzione del dominio PALP: lega il PLP utilizzandolo come coenzima
PALP E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
PDB entry 1z7w
PDB entry 1a53
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
IGPS seed= 20 full=2141
PALP seed=155 full=11815
IGPS è coinvolto nella sintesi del triptofano, mentre PALP è un coenzima coinvolto nella biosintesi di diversi aminoacidi. uniti in un'unica proteina probabilmente PALP fa da attivatore per IGPS nella sintesi del triptofano.
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS con E=3.5e-79
PALP con E=7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
Per entrambe esiste una struttura nota identificata con 1jul per IGPS e 1j0c per PALP
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Per PALP si ha un seed di 155 e un full di 11815 mentre per IGPS si ha un seed di 20 e un full di 2141.
IGPS è il catalizzatore del quarto stadio della sintesi del triptofano mentre PALP è un enzima dipendente dal piridoxal-fosfato ed è implicato nella sintesi degli amminoacidi.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
risposte:
1) IGPS 3.5e-79
PALP 7.7e-43
2) si ci sono strutture note
3) esistono 20 sequenze seed e 2141 full per il dominio IGPS
esistono 155 sequenze seed e 11815 full per il dominio PALP
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
-IGPS,3.5e-79
PALP, 7.7e-43
- 1x1q e 1iip
-GIPS : seed(20),full(2141)
PALP : seed(155),full(11815)
Il dominio IGPS ha un'importante funzione nella sintesi del triptofano
Il dominio PALP,enzima che usa come coenzima il piridossal-fosfato
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1. l'identificativo è IGPS e la significatività 3.5e-79 ; PALP con significatività 7.7e-43
2.si esitono delle strutture note per i 2 domini.
3. Per IGPS ci sono 20 sequenze seed e 2141 sequenze full ; per PALP esistono 155 sequenze seed e 11815 sequenze full.
IGPS catalizza il quarto passaggio della biosintesi del triptofano. PALP è un catalizzatore versatile attivo in molte reazioni.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
1) Identificativi: - IGPS significatività 3.5e-79
- PALP significatività 7.7e-43
2) Sì, per entrambi: per esempio 1i4n per IGPS (http://pfam.sanger.ac.uk/structure/getimage/2c3z?size=s) e 1k7x per PALP (http://pfam.sanger.ac.uk/structure/getimage/1k7x?size=s)
3) IGPS: 20 seed e 2141 full; funziona da catalizzatore nella reazione di sintesi del triptofano.
PALP: 155 seed e 11815 full; fa parte di una famiglia di enzimi piridossal-fosfato dipendenti ed è coinvolto nella biosintesi di aa.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS 3.5e-79
PALP 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
sì esistono, per esempio per IGPS c'è PDB entry 1j5t
per PALP
PDB entry 2clo
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
per IGPS : seed 20, full 2141
per PALP : seed 155, full 11815
IGPS è un enzima che catalizza il 4° step nella biosintesi del triptofano
PALP è un enzima membro della famiglia dipendente dal piridossal fosfato, agisce come coenzima in molte reazione come la decarbossilazione, deamminazione e transamminazione.
-Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
-IGPS 3.5e-79, PALP 7.7e-43
-1x1q e 1iip
-esistono 20 sequenze seed e 2141 full per IGPS, mentre per il PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full
IGPS è un enzima coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi del triptofano,mentre PALP è un enzima dipendente dal pirodossal fosfato
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti: IGPS con significatività 3.5e-79 e PALP con significatività 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini: sì, ad esempio 1x1q e 1iip
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio: nel dominio IGPS si hanno 20 sequenze seed e 2141 full, mentre nel dominio PALP si hanno 155 sequenze seed e 11815 full.
Il dominio IGPS è coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi del triptofano.
Il dominio PALP è un enzima dipendente dal piridossal fosfato ed è un catalizzatore versatile, attivo come coenzima in molte reazioni.
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
IGPS significatività= 3.5e-79
PALP significativà= 7.7e-43
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
IGPS: 8 proteine a barile con singoli domini (beta/alfa), con uno (eIGPS) o due (sIGPS) eliche aggiuntive inserite dopo il primo foglietto beta.
PALP: la subunità ha due domini che sono approssimativamente della stessa taglia e simili l'uno all'altro nel pattern di ripiegamento. ognuno presenta un core di 4 foglietti beta paralleli con 3 eliche sulla superficie interna e una sulla superficie esterna. Il cofattore viene legato all'interfaccia tra i domini.
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
Scrivere:
- Identificativo Pfam e significatività dei domini presenti
- Eventuale presenza di strutture note per i due domini
- Numero di sequenze seed e full nll'allineamenti di ogni dominio
L'identificativo è IGPS con siginficatività 3.5e-79; PALP con 7.7e-43.
Esistono strutture note, per esempio 1x1q e 1iip.
Per il dominio IGPS esistono 20 sequenze seed e 2141 full,mentre per il dominio PALP ci sono 155 sequenze seed e 11815 full.
Funzione
dominio IGPS: enzima coinvolto nel quarto passaggio della biosintesi
del triptofano; dominio PALP: enzima dipendente dal piridossal fosfato.
