Da 1 a 14 di 14
| Autore | Intervento |
|---|
 Prof. Riccardo Percudani
docente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
|
DENISE LANDOLFI
studente |
1. la proteina è l'enzima che rigenera la luciferina
l'organismo di provenienza è la luciola cruciata (lucciola)
la lunghezza in aa: 309
lunghezza in nucleotidi 927
2. le hit con E<e-1 sono 23
identità: 37%
somiglianza: 55%
3. regucalcina
33.109
ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato
4. score globale: 439 somiglianza: 52%
score locale: 454 somiglianza 54,6%
5. sì il dominio ha struttura nota
sono 1478
|
CHIARA LAZZARINI
studente |
é un enzima che rigenera la luciferina.
l'organismo di provenienza è la luciola luciferina.
La lunghezza in amminoacidi è di 309 e in nucleotidi è di 927 + codone di stop.
Il numero di "hit" è 23. La percentuale di identità è 37%, mentre di somiglianza è 55%.
proteina in formato fasta :
>sp|Q9TTJ6|RGN_RABIT Regucalcin OS=Oryctolagus cuniculus GN=RGN PE=2 SV=1
MSSIKIECVLPENCHCGESPVWEEASGSLLFVDIPGKKFCRWNPLTKAVQRMTMDAPVTS
VALRKSGGYVATVGTKFCALNLEDQSVVALATVDKDKKNNRFNDGKVDPAGRYFAGTMAE
ETAPAVLERHQGSLYALFPDHQVKKYFDQVDISNGLDWSLDHKIFYYIDSLAYSVDAFDY
DLQTGQISNRRSIYKLEKEEQIPDGMCIDTEGKLWVACYNGGRVIRLDPETGKRLQTVKL
PVDKTTSCCFGGKDYSEMYVTCARDGLDPDSLSRQPEAGGIFKITGLGVKGIPPYSYAG
regucalcin, PM 33,109
Può avere un ruolo dell'attività enzimatica nel fegato.
allineamento globale: somiglianza 52%, score 439
allineamneto locale: somiglianza 54,6&, score 454.
le proteine che contengono il dominio sono 1478. Sì,il dominio ha struttura nota.
|
GLORIA SPAGNOLI
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
luciferin-regenerating enzyme(enzima per la rigenerazione della luciferina),
luciola cruciata, 309aa , 930(con il codone di stop).
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
23
identità 37% somiglianza 55%
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
>sp|Q9TTJ6|RGN_RABIT Regucalcin OS=Oryctolagus cuniculus GN=RGN PE=2 SV=1
MSSIKIECVLPENCHCGESPVWEEASGSLLFVDIPGKKFCRWNPLTKAVQRMTMDAPVTS
VALRKSGGYVATVGTKFCALNLEDQSVVALATVDKDKKNNRFNDGKVDPAGRYFAGTMAE
ETAPAVLERHQGSLYALFPDHQVKKYFDQVDISNGLDWSLDHKIFYYIDSLAYSVDAFDY
DLQTGQISNRRSIYKLEKEEQIPDGMCIDTEGKLWVACYNGGRVIRLDPETGKRLQTVKL
PVDKTTSCCFGGKDYSEMYVTCARDGLDPDSLSRQPEAGGIFKITGLGVKGIPPYSYAG
Regucalcin, 33109, May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver (agisce nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato)
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
globale: somiglianza 52% score 439
locale: somiglianza 54.6% score 454
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1478
il dominio ha struttura nota.
|
OLGA CHIESA
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Descrizione: Luciola cruciata G-LRE mRNA for luciferin-regenerating enzyme
Organismo: Luciola cruciata
Lunghezza nucleotidi: 930
Lunghezza amminoacidi: 309
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Numero Hit: 23
Percentuale identità: 107/289 (37%)
Percentuale somiglianza: 159/289 (55%)
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Nome: Regucalcin
Peso Molecolare: 33,109
Funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged live
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Locale:
Similarity: 166/304 (54.6%)
Score: 454.0
Globale:
Similarity: 173/333 (52.0%)
Score: 439.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
Il dominio ha stuttura nota poichè abbiamo un'immagine e dei identificativi PDB; le proteine che contengono questo dominio sono 1478
|
LUCA BARBATO
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
1)Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
2)Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
3)Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
4)Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
5)Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1)proteina codificata:ENZIMA RIGENERANTE LUCIFERINA organismo: Luciola cruciata lunghezza nucleotidi:927 + codone stop lunghezza aminoacidi:309 aa
2)il numero di “hit” con
E<10-1 è 23 % identità =37 %somiglianza= 55
3)proteina: RECUCALCINA P.M.= 33109 Da o 33KDa funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
proteina in formato fasta
>sp|Q9TTJ6|RGN_RABIT Regucalcin OS=Oryctolagus cuniculus GN=RGN PE=2 SV=1
MSSIKIECVLPENCHCGESPVWEEASGSLLFVDIPGKKFCRWNPLTKAVQRMTMDAPVTS
VALRKSGGYVATVGTKFCALNLEDQSVVALATVDKDKKNNRFNDGKVDPAGRYFAGTMAE
ETAPAVLERHQGSLYALFPDHQVKKYFDQVDISNGLDWSLDHKIFYYIDSLAYSVDAFDY
DLQTGQISNRRSIYKLEKEEQIPDGMCIDTEGKLWVACYNGGRVIRLDPETGKRLQTVKL
PVDKTTSCCFGGKDYSEMYVTCARDGLDPDSLSRQPEAGGIFKITGLGVKGIPPYSYAG
4)allineamento globale %somiglianza=52 score=439
allineamento locale %somiglianza=54.6 score=454
5)Si il dominio ha struttura nota, il numero è 1478
LUCA BARBATO
|
CHIARA CORUZZI
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare
descrizione della proteina
codificata
luciferin-regenerating enzyme
organismo di provenienza
Luciola cruciata
lunghezza in nucleotidi
930 bp
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente
309 aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare
numero di “hit” con
E<10-1
23
la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio
Identities = 107/289 (37%), Positives = 159/289 (55%)
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina
Regucalcin
peso molecolare
33,109 Da
funzione dedotta dal record
May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
calcium ion binding, enzyme regulator activity
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata.
Riportare
la somiglianza e lo score dell'
allineamento locale
Identity: 113/304 (37.2%)
# Similarity: 166/304 (54.6%)
# Gaps: 46/304 (15.1%)
# Score: 454.0
allineamento
global.
Identity: 115/333 (34.5%)
# Similarity: 173/333 (52.0%)
# Gaps: 58/333 (17.4%)
# Score: 439.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450.
Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
il dominio ha struttura nota e contiene 1478 proteine.
|
DANIELA MANDALARI
studente |
1. Descrizione proteina: enzima rigenerante la luciferina, Organismo: Lucciola crociata, Lunghezza amminoacidi 309, Lunghezza nucleotide 930 bp.
2. hit = 23, identità % = 37, somiglianza %= 55.
3. Nome proteina: Regulacina; Peso molecolare= 33,109Da; Funzione:Può giocare un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato. Diminuzione del RGN conduce alla disregolazione di calcio segnalazione nel fegato.
4. Allineamento Globale= 52%, score= 439;
Allineamento locale= 54.6%, score= 454.
5. le sequenze sono 1478, con struttura nota 46.
Daniela Mandalari
Valentina Carbognani.
|
SIMONE LANDI
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1- la proteina è un enzima rigenerante la luciferina. Organismo di provenienza: Luciola cruciata. Lunghezza sequenza nucleotidica: 930 bp, 309 aa
2- hit: 23 I%= 37 S%= 55
3- nome proteina: Regucalcina, MM= 33109 D. May play a role in the regulation of enzimatic activity in the liver.
4- allineamento globale: S=52 % score= 439.0
allineamento locale (water):
S= 54.6% score= 454.0
5- 1478. Sì, sono presenti strutture note.
Simone Landi
|
SILVIA LAZZERINI
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
DEFINITION Luciola cruciata G-LRE mRNA for luciferin-regenerating enzyme
ORGANISM Luciola cruciata
Eukaryota; Metazoa; Arthropoda; Hexapoda; Insecta; Pterygota;
Neoptera; Endopterygota; Coleoptera; Polyphaga; Elateriformia;
Elateroidea; Lampyridae; Luciolinae; Luciola.
LUNGHEZZA IN NUCLEOTIDI: 930bp
LUNGHEZZA IN AMINOACIDI: 309aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
HIT: 23
Identities = 107/289 (37%)
Positives = 159/289 (55%)
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
Regucalcin
PM: 33,109
May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale.
GLOBALE:Similarity: 173/333 (52.0%)
Score: 439
Locale: Similarity: 166/304 (54.6%)
Score: 454.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
1478
si ha struttura nota
|
ALESSIA MARMORINO
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
1)Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
risposta:mRNA for luciferin-regenerating enzyme
ORGANISM Luciola cruciata
(Eukaryota; Metazoa; Arthropoda; Hexapoda; Insecta; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Coleoptera; Polyphaga; Elateriformia; Elateroidea; Lampyridae; Luciolinae; Luciola.)
lunghezza nucleotidi: 930
lunghezza aminoacidi: 309
2)Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
risposta:il numero di “hit” con
E<10-1 è 23
La percentuale di identità con il coniglio = 107/289 (37%),
La percentuale di somiglianza con il coniglio= 159/289 (55%)
3)Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
risposta:Regucalcin
peso:33,109 dalton
funzione:May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
4)Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
global.
risposta:score globale: 439 somiglianza: 52%
score locale: 454 somiglianza 54,6%
5)Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
risposta:il dominio ha struttura nota
sono 1478
|
ALICE ZUCCOLI
studente |
descrizione: luciferin-regenerating enzyme,
organismo di provenienza: luciola cruciata
lungh nucl.: 930bp
lungh aa: 309
le sequenze omologhe sono 23
Identities = 107/289 (37%) Positives = 159/289 (55%)con la prot omologa di coniglio
nome della proteina:Regucalcin
peso molecolare:33,109Da
funzione:Può giocare un ruolo nella regolazione dell'attività enzimatica nel fegato.
score dell'allineamento locale:454 54,6%somiglianza,
global:439 52%somiglianza
il dominio ha struttura nota num 1478
|
FRANCESCO DIROMA
studente |
Cercare in Genbank il record AB072448
Dal record della sequenza riportare la descrizione della proteina
codificata, l'organismo di provenienza la lunghezza in nucleotidi e la
lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente.
-luciferin-regenerating enzyme; Luciola cruciata; 930 nucleotidi; 309 aa
Effettuare una ricerca di omologia nella bancadati swissprot con la
traduzione in amino acidi del record. Riportare il numero di “hit” con
E<10-1, la percentuale di identità e somiglianza riportata dal blast con la proteina omologa di coniglio.
-il numero delle hit con E< 10^-1 è di 23; la percentuale dell' indentità è 37%; la somiglianza è del 55%; in questo caso la E=2e-42.
Ricercare in swissprot il record della proteina di coniglio individuata
nell'esercizio precedente. Salvare la proteina in formato fasta.
Indicare il nome della proteina, e il suo peso molecolare, e la sua
funzione dedotta dal record.
- il nome della proteina è Regulcalcine; il peso molecolare è di 33 Da; May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver.
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina di Luciola
BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata. Riportare
la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e dell'allineamento
globale.
Length: 333
Identity: 115/333 (34.5%)
Similarity: 173/333 (52.0%)
Gaps: 58/333 (17.4%)
Score: 439.0
Recuperare il recod Pfam corrispondente all'accession number
PF08450. Elencare le proteine che contengono il dominio e dire se il
dominio ha struttura nota.
4. score globale: 439 somiglianza: 52%
score locale: 454 somiglianza 54,6%
5. sì il dominio ha struttura nota
sono 1478
|
VIRGINIA ANNA MARIA INGROSSO
studente |
<!--
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{mso-style-parent:"";
margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
mso-pagination:widow-orphan;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm;
mso-header-margin:36.0pt;
mso-footer-margin:36.0pt;
mso-paper-source:0;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
l'organismo di provenienza: Luciola curciata
<!--
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{mso-style-parent:"";
margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
mso-pagination:widow-orphan;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm;
mso-header-margin:36.0pt;
mso-footer-margin:36.0pt;
mso-paper-source:0;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
la descrizione della proteina codificata: la proteine è un enzima che rigenera la luciferina
la lunghezza in
nucleotidi: 930
e la lunghezza in aminoacidi della proteina corrispondente 309
<!--
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{mso-style-parent:"";
margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
mso-pagination:widow-orphan;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm;
mso-header-margin:36.0pt;
mso-footer-margin:36.0pt;
mso-paper-source:0;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
il numero di
“hit” con E<10-1 è 23
la percentuale di identità è 37% e somiglianza 55% con la proteina omologa di coniglio
<!--
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{mso-style-parent:"";
margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
mso-pagination:widow-orphan;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm;
mso-header-margin:36.0pt;
mso-footer-margin:36.0pt;
mso-paper-source:0;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
proteina di
coniglio :
nome della proteina:Regucalcin
e il suo peso molecolare: 33Da
funzionee: May play a role in the regulation of enzymatic activity in the liver.
Decrease of RGN leads to the dysregulation of calcium signaling in the
aged liver
<!--
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{mso-style-parent:"";
margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
mso-pagination:widow-orphan;
font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm;
mso-header-margin:36.0pt;
mso-footer-margin:36.0pt;
mso-paper-source:0;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
Allineare le sequenze aminoacidiche della proteina
di Luciola BAB85479 e la proteine di coniglio precedentemente salvata.
Riportare la somiglianza e lo score dell'allineamento locale e
dell'allineamento globale
Length: 333
# Identity: 115/333 (34.5%)
# Similarity: 173/333 (52.0%)
# Gaps: 58/333 (17.4%)
# Score: 439.0
si il dominio ha una struttura nota sono 1478
Virginia Ingrosso
| | Il forum è chiuso |
|
