Classe delle Lauree in Scienze Biologiche
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Forum > AB - Corso 2010/2011 (M-Z) > Esercizio ricerca di omologia

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
Esercizio ricerca di omologiaRispondi
09/11/2010 13:10Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

 

GIANLUCA SPAGNOLI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:19Invia email

fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)

 1) 198 

2) 86%  92%

3) si

 

GIULIA MOSCA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:21Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1) 198

2)identità 86%

significatività 92%

3)sì

Giulia Mosca e Stefano Maggi

 

BARBARA RAPONI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:22Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 48
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane? 86% Identità, 92% di somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? Sì

 


Barbara Raponi e Bruno Mauro

 

ENRICO TAGLIAFERRI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:22Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

235 sequenze significativamente omologhe


2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Positives = 135/147 (92%)


3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

Si sono presenti 6 sequenze omologhe

 

 

MATILDE MONTI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:24Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

Nessuna
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%),
Positives = 135/147 (92%),

3) sono presenti sequenze omologhe nei funghi (fungi)? Sì 

es. hypothetical protein SCHCODRAFT_13594 [Schizophyllum commune H4-8]

Matilde Monti

Alice Masserdotti

 

GIORGIA SALSI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:25Invia email

 

Esercizio ricerca di omologia Rispondi
09/11/2010 13:10 Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

sono due


2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

identità 86% e somiglianza 92%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? si

 

 

ILARIA PAGANINI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:25Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

 

1) 28

2)86% identità 92% somiglianza

3)4 (E<10-5)

 

ilaria paganini, marika tonarelli, fregnan giulia


 

MARCO TAGLIETTI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:25Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 197
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane? identità 86%, somiglianza 92%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? si.

 

Marco Taglietti Silvia Tommasi

 

ILARIA MINATO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:25Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 198
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%)

3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? sì, 1 con E<10-6

 

BARBARA RAPONI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #2 - 09/11/2010 14:27Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 236
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane? 86% Identità, 92% di somiglianza
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)? Sì

 


Barbara Raponi e Bruno Mauro

 

 

PIETRO SQUERI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:28Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1)198

2)Identità= 125/147 (86%) Somiglianza=135/147 (92%)

3)Sì

 

MIRCO TEDESCHI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #2 - 09/11/2010 14:29Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1- 198 (E<10-6)

2- score 234

 id% 86%

positività 92%

3- una sola significativa 4e-7 (xp003037389.1)

 

SILVIA PERINI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:30Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1) 198.

2) Identità: 86%; somiglianza: 92%.

3) Sì, sono presenti 4 sequenze omologhe con E<10-5.

Silvia Perini e Lucia Mangeri.

 

Prof. Riccardo Percudani
docente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #2 - 09/11/2010 14:30Invia email

1) 235    (E<10-6)

2) 

125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%)

3) sì

 

MATILDE MONTI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #3 - 09/11/2010 14:32Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)? 236 con    E=9e-06
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identities = 125/147 (86%),
Positives = 135/147 (92%),

3) sono presenti sequenze omologhe nei funghi (fungi)? Sì 

es. hypothetical protein SCHCODRAFT_13594 [Schizophyllum commune H4-8]

Matilde Monti

Alice Masserdotti

 

LAURA MICCOLIS
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #2 - 09/11/2010 14:32Invia email

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

  1. 236

2.Identities = 125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%), Gaps = 0/147 (0%)
3.non sono presenti sequenze omologhe.

 

FRANCESCA ZICCA
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:33Invia email

 

Rispondi
Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

  1) 236

2)Identities = 125/147 (86%), Positives = 135/147 (92%)   
3)si, identies = 41/127 (33%) positivies = 57/127 (45 %)
Francesca Zicca e Michele Pastorelli

 

GIULIA LEVATI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:34Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

1)337

2)si 86%

3)si

 

Maria Teresa Frontera
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #2 - 09/11/2010 14:35Invia email

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?

198 E<10-6
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?

Identity=(86%), Positives = 141/147 (96%)

 

3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

 

 


 

 

 

 

 

MARINA VANGELI
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:36Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?289
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?86%
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi? sì ad esempio: canis lupus familiaris

 Marina Vangeli

Concetta Masdea

Benedetta Riga

 

ALESSIA MILIZIANO
studente
Re: Esercizio ricerca di omologiaRispondi
Replay #1 - 09/11/2010 14:41Invia email

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-6)?
2) quale è la percentuale di identità e di somiglianza con la sequenza più significativa di cane?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei funghi (Fungi)?

risposte

1) 198

2) 86 %

ALESSIA MILIZIANO- LUCIA MAURELLA

 

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