| Autore | Intervento |
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 Prof. Riccardo Percudani
docente |
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
>gi|226951018|ref|YP_002806109.1| glutamate racemase [Clostridium botulinum A2 str. Kyoto]
MSINDKPIGFFDSGVGGISVLKEAFKLLPKEDFLYYGDSKNAPYGTKKVEEVKALTSNATDFLMNKGIKA
LVVACNTATSVTINDLRENYDIPIIGIEPALKPAVELKKGGKIIIMATPMTLAEKKFANLMDLYKETEDI
EPLPCPGLPELIEQGIVSGDIIYNYLKDKFSKYDNEKISSIVLGCTHYPFIEETLKEVTHNKACIIDGSF
GTSRELKRQLKNSNMLREENRVGKVTIFNSREDKDIIDLSYKLFNMK
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
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GLORIA SPAGNOLI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ala e cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? ala e cys
Cecilia Nolli
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LUCA STRAGLIATI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70=C e 178=C
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? i due aa C sono conservati anche nelle altre sequenze in quanto fondamentali per la funzione
Luca Stragliati
Adriana Vitiello
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GLORIA SPAGNOLI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
Cecilia Nolli
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Prof. Riccardo Percudani
docente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?con muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cisteina sia nella posizione 70 che 178 (C70 C178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteina sia nella posizione 70 che 178
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ROBERTA BARONE
studente |
1.somiglianza con muri bucai(58%)
2.le colonne con residui simili sono 60. le colonne con residui identici 28.
3.i residui catalitici nelle sequenze di MURI_AQUPY sono la Cisteina sia in posizione 70 che in posizione 178.
4.Anche nelle altre sequenze gli amminoacidi è la Cisteina sia alla posizione 78 che alla posizione 178.
Roberta Barone.
Speciale Vincenza.
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MATTIA AGOSTI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 e C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre
sequenze? sono sempre C70 e C178
Agosti Mattia
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MARIA CHIARA VENUTI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 e C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 e C178
Alice Zuccoli
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ELISA IRONI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?Cisteina in tutte e due le posizioni(70 e 178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteina sia in posizione 70 che in 178
baco monika/ironi elisa
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ELISA MILIOTO
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?è MURI_BUCAI 58%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?CISTEINA SIA IN 70 CHE 178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70C178
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MARIA CARLA TERESI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
in posizione 70 cisteina(C) e anche in posizione 178.
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sono tutte delle cisteine
Sammartano Antonino
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EGLANTINA CELISLAMI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? ( 58%) MURI BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? ( 28 COLONNE CON RESUDUI IDENTICHE)
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? (60 COLONNE CON RESIDUI SIMILI)
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ( CISTEINA SIA IN POSIZIONE 70 SIA IN 178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?(C70 C178)
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ANNALISA SISTO
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
LA sequenza più simile è quella di MURY_BUCAY (58%)
1) Le colonne con resudui identici nell'allineamento sono 28.
2) Le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60.
3) Sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
4) Anche nelle altre sequenze sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
Annalisa Sisto
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SILVIA REVERBERI
studente |
Francesca Sandrini
Serena Rabaglia
- Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY
MURI_BUCAI 52%
- Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
- Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
- Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
C70 C178
- Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
C70 per tutti
C 178per tutti
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ANDREA ZAGARELLA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
cisteina (C70 C178)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cisteina (C70 ,C178)
Pavia Claudia
Zagarella Andrea
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GRAZIA NARDELLA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?ala e cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?ala e cys
grazia nardella
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GIULIA PESCARA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
LA sequenza più simile è quella di MURY_BUCAY (58%)
1) Le colonne con resudui identici nell'allineamento sono 28.
2) Le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60.
3) Sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
4) Anche nelle altre sequenze sia in posizione 70 che in posizione 178 l'aminoacido catalitico è la cisteina (C70 e C178)
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EMILIO PERFETTO
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? alanina e cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? alanina e cisteina
Perfetto Emilio, Soccio Piera
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ELDA ISUFI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURY_BUCAI (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 C178
ELDA ISUFI, GIUSEPPE BALZANI
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ALICE SALVIATI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
E' MURI_BUCAI, con somiglianza 52%.
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? In posizione 70 la cisteina, in posizione 178 sempre una cisteina.
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?Sono sempre cisteine perchè i siti catalitici sono i maggiormente conservati.
Alice Salviati
Ilaria Tagliani
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ELISA RATTOTTI
studente |
Qual è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
La sequenza più simile è MURI_PSESM con il 58% di somiglianza e il 35% di identità.
1) 28 colonne con residui identici
2) 45 colonne con residui simili
3) Gli aminoacidi catalitici sono 2 citosine (C)
4) Viene conservata la cisteina in tutte le sequenze
Elisa Rattotti e Silvia Guglieri
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LUCIA ISETTI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
52% MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70 c
178 c
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
cisteina anche nelle altre
lucia isetti
elena paini
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ALESSIO SARDELLA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_PSESM
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
in posizione 70 è una Cys
in posizione 178 è una Cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
su swissprot non sono indicati gli aminoacidi del sito catalitico.
ipotizziamo siano gli stessi di MURI_AQUPY
Alessio Sardella
Elisa Taccia
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MARIA PIZZIMENTI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bucai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? ALA e CYS
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? ALA e CYS
maria pizzimenti
angela volpe
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LAURA RAFFELINI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_aqupy con muri_bucai (58%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? C70 C178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?C70 C178
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MATTEO PEDEGANI
studente |
La sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI.
1)Le colonne con residui identici nell'allineamento sono 28.
2)Le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60.
3)Gli amminoacidi catalitici sono due cisteine
4)Nelle altre sequenze gli amminoacidi catilitici sono sempre cisteine
Matteo Pedegani Claudia Romanelli
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SHARON FABIOLA SCOLARI
studente |
La sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI (58%)
1)le colonne con residui identici nell'allineamento sono 28
2) le colonne con residui simili nell'allineamento sono 60
3) gli aminoacidi catalitici in posizione 70 e 178 sono la cisteina
4) nelle altre sequenze gli aminoacidi catalitici in posizione 70 e 178 sono ancora la cisteina
Valentina Rossi
Scolari Sharon Fabiola
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ERJOLA DJALA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
Le colonne con residui identici nell'allineamento sono 28.
Le colonne con residui simili sono 60.
Gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY sono 70=C e 178=C
I due amminoacidi C sono conservati anche nelle altre sequenze in
quanto fondamentali per la funzione.
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IVANA GALLO
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI
Le colonne con residui identici nell'allineamento sono 28.
Le colonne con residui simili sono 60.
Gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY sono 70=C e 178=C
I due amminoacidi C sono conservati anche nelle altre sequenze in
quanto fondamentali per la funzione.
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