| Autore | Intervento |
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 Prof. Riccardo Percudani
docente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
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Stefania FUSANI
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus; channel catfish- pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
probabilmente è stata ottenuta per omologia con sequenze di altri organismi
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
nel caso di Homo sapiens le loro annotazioni sono basate su evidenze sperimentali
nel caso di G. gallus sono basate su evidenze sperimentali
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
confronto Ictalurus-Homo:
L'allineamento globale:
Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento locale:
Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale.
Confronto Ictalurus- G.gallus:
L'allineamento globale:
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento locale:
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale.
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
E' attendibile perchè omologa a proteine che sono state associate a evidenze sperimentali
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Silvia PETRELLI
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus; channel catfish- pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
probabilmente è stata ottenuta per omologia con sequenze di altri organismi
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
nel caso di Homo sapiens le loro annotazioni sono basate su evidenze sperimentali
nel caso di G. gallus sono basate su evidenze sperimentali
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
confronto Ictalurus-Homo:
L'allineamento globale:
Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento locale:
Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale.
Confronto Ictalurus- G.gallus:
L'allineamento globale:
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento locale:
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale.
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
E' attendibile perchè omologa a proteine che sono state associate a evidenze sperimentali
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Francesco CALIGIORE
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus (channel catfish)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Bioinformatiche
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
Ictalurus punctatus con Gallus gallus
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale
Ictalurus punctatus con Homo sapiens
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Si, perchè vediamo dall'allineamento che abbiamo più del 90% si identità tra le sequenze confrontando anche con altri organismi, quindi è plausibile che la funzione sia effettivamente quella di hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase.
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Elena DEMBECH
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
La funzione che le viene attribuita è di ipoxantina-guanina-fosforibosiltransferasi.
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus; pesce gatto maculato.
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Evidenza bioinformatica con analisi in silico.
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali riportate in molteplici articoli, nei quali sono riportati i dati relativi a purificazioni e caratterizzazioni della proteina.
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
EMBOSS NEEDLE
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens:
id 90.8%
som 95.9%
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus:
id 93.6%
som 96.8%
EMBOSS WATER
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens:
id 90.8%
som 95.9%
Allineamento tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus:
id 93.6%
som 96.8%
E' un allineamento globale.
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché.
L'annotazione della sequenza può essere considerata attendibile poichè la sequenza di questo enzima è altamente conservata negli organismi filogeneticamente vicini.
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Danilo SGURA
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) (Ictalurus punctatus pesce gatto maculato)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? in silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT homo sapiens
Evidenze sperimentali per HPRT G. gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I. punctatus - H. sapiens (globale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I. punctatus - H. sapiens (locale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
Allineamento: globale
HPRT I. punctatus - G. gallus (globale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I. punctatus - G. gallus (locale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
Allineamento: globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Si, perchè dall'allineamento vediamo che abbiamo più del 90% di identità.
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Virginia DAVOLIO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phophoribosyltrasferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus, pesce gatto maculato.
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
evidenza informatica
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
HPRT NP_000185NP_000185: evidenzia sperimentale: CRISPR/Cas9-Mediated Scanning for Regulatory Elements Required for HPRT1 Expression via Thousands of Large, Programmed Genomic Deletions
HPRT NP_990179: evidenze sperimentali :Purification and characterisation of chicken brain hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I.PUNCTATUS-H.SAPIENS(ALLINEAMENTO GLOBALE):
Length: 218
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I.PUNCTATUS-H. SAPIENS( ALLINEAMENTO LOCALE):
Length: 218
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale
HPRT I.PUNCTATUS-G. GALLUS (ALLINEAMENTO GLOBALE)
Length: 218
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I.PUNCTATUS-G. GALLUS (ALLINEAMENTO LOCALE)
Length: 218
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
l'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Essendo proteine molto conservate i valori dell'allineamento sono uguali in organismi filogeneticamente vicini.
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Maria Cristina TARASCO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? in silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? evidenze sperimentali per HPRT H. Sapiens
evidenze sperimentali per HPRT di G. Gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I. punctatus/H. Sapiens (globale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I. punctatus/H. Sapiens (locale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
l'allineamento è globale
HPRT I. punctatus/G. gallus (globale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I. punctatus/G. gallus (locale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
l'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
p
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Angelo GUARNIERO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus (channel catfish)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Through in silico analysis of catfish (Ictalurus spp.) ESTs, a total of 10,037 channel catfish and 7,382 blue catfish cDNA clones were identified as potentially encoding full-length cDNAs.
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
link PUBMED:
H.sapiens https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1487231
G.gallus https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10198428
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
NEEDLE(HOMO)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
NEEDLE (GALLUS)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
WATER(HOMO)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
WATER(GALLUS)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale o locale?
GLOBALE
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Si, si può ritenere attendibile perchè la funzione di HPRT presente in Ictalurus presenta un'alta somiglianza con l'HPRT sia umana che di Gallus, quindi data la conservazione nucleotidica possiamo determinare attendibile l'annotazione
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Danila DELFINO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) Ictalurus punctatus, pesce gatto maculato.
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
evidenze bioinformatiche
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
evidenze sperimentali per HPRT Homo sapiens
evidenze sperimentali per HPRT G. gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale? è globale
NP_001187366 Ictalurus p. NP_000185 Homo S.
allineamento globale
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
allineamento locale
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
NP_001187366 Ictalurus P. NP_990179 Gallus G.
allineamento globale
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
allineamento locale
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
l'annotazione è da considerarsi attendibile poichè data l'alta similarità e identità tra le proteine hprt di Homo Sapiens e Gallus G. (evidenziate sperimentalmente) è stato possibile generare delle annotazioni in maniera bioinformatica per Ictalurus P.
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Giovanna INCAMPO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)Ictalurus punctatus , pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? evidenza bioinformatica
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
HPRT Homo: evidenze scientifiche, TITLE Human HPRT1 gene and the Lesch-Nyhan disease: Substitution of
alanine for glycine and inversely in the HGprt enzyme protein
HPRT Gallo: evidenze scientifiche, TITLE Purification and characterisation of chicken brain
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
globale (needle)
pesce-uomo: identità 90.8%, somiglianza 95.9%
pesce-gallo: identità 90.8% , somiglianza 96.8%
locale (water)
pesce-uomo: identità 90.8%, somiglianza95.9%
pesce-gallo: identità 90.8% , somiglianza 96.8%
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perchè. le sequenze sono conservate in tutti gli organismi in quanto sono filogenicamente vicini.
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Annamaria PETRONELLA
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus
channel catfish
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? in silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
evidenze sperimentali
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I.punctatus/H.sapiens (globale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I.punctatus/H.sapiens (locale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
l'allineamento è globale
HPRT I.punctatus/G.gallus (globale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I.punctatus/G.gallus (locale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
l'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
l'annotazione è da considerarsi attendibile perchè la funzione di HPRT presente in I.punctatus presenta alta somiglianza e identità con quella di Homo sapiens e di G.gallus
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Giorgia FRUMENZIO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? Probabilmente è stata osservata una omologia di sequenza con altri organismi.
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000815) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? le annotazioni riguardo queste due proteine sono basate su evidenze sperimentali.
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
Icatalurus e Homo sapiens
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
Ictalurus punctatus e Gallus gallus
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
l'allineamento è loocale o globale? L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
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Annalaura COCCA
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus - pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Probabilmente era stata identificata già in un altro organismo una proteina con sequenza omologa ed era stata studiata sperimentalmente.
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
In Homo sapiens E IN Gallus gallus probabilmente è stata caratterizzata sperimentalmentE, dati gli articoli presenti tra le referenze.
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
Ictalurus punctatus- Gallus gallus : Identity: 198/218 (90.8%) Similarity: 211/218 (96.8%)
Homo sapiens - Ictalurus punctatus : Identity: 198/218 (90.8%) Similarity: 209/218 (95.9%)
l'allineamento è globale.
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché.si,
perchè le sequenze sono molto simili.
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Giada CASCHETTO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
ictalurus punctatus
pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Evidenze bioinformatiche
- Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT in H. sapiens e in G. gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
ALLINEAMENTO globale
tra I. punctatus e H. sapiens
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
Tra I. punctatus G.gallus
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
ALLINEAMENTO locale
Tra I. punctatus e H. sapiens
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
Tra I. punctatus e G. gallus
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale o locale?
L'allineamento è globale!
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
L'annotazione è da considerarsi attendibile perché dal confronto con le sequenze di H.sapiens e G.gallus (nei quali trovo evidenze sperimentali) emerge un'alta percentuale di similarità. Deducendo che la sequenza è altamente conservata!
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Maria Isabel RECIO MUNOZ
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus (channel catfish)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
In silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT di H.sapiens e evidenze sperimentali per HPRT de G.gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale
HPRT H.Sapiens / Ictalurus punctatus
needle (globale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
water (locale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allinamento è globale
HPRT G.gallus / Ictalurus punctatus
needle (globale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
water (locale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allinamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
è attendibile perche l'allinemaneto della sequenze mostra un percentuale de identità elevata.
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Maria Jose MUNOZ GOMEZ
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus - pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
In sylico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Evidenze sperimentali per HPRT di H.sapiens
Evidenze sperimentali per HPRT di G. gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
Allineamento NP_001187366 - NP_000185
Needle (globale):
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
Water (locale):
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale
Allineamento NP_001187366 - NP_990179
Needle(globale):
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
Water(locale):
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
L'annotazione della sequenza di partenza è da ritenersi attendibile perche l'allineamento delle sequenze mostra una percentuale di identità elevata tra organismi distanti
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Maria Jose LUPIANEZ GINER
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
Ictalurus punctatus]
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
in silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? Evidenze sperimentali per HPRT. H.sapiens
Evidenze sperimentali per HPRT. G.gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I. punctatus H. sapiens (globale)
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I. punctatus H. sapiens (locale)
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è locale
HPRT I. punctatus G. gallus (globale)
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I.punctatus G. gallus (locale)
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
l'annotazione della sequenza di partenza si considera attendibile perchè l' allineamento delle sequenze mostra una percentuale di identità elevata, tra organismi (uomo pesce) distanti.
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Alexandru Ionut GILEA
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? ipoxantina-guanina fosforibosil transferasi
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) Ictalurus punctatus, pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione? Evidenza bioninformatica
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Le annotazioni della sequenza proteica di H.sapiens sono basate su evidenze sperimentali.
Le annotazioni della sequenza proteica di G.gallus sono basate su evidenze sperimentali.
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
Allineamento globale tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus
Length: 218
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
# Gaps: 0/218 ( 0.0%)
# Score: 1072.0
Allineamento locale tra Ictalurus punctatus e Gallus gallus
Length: 218
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
# Gaps: 0/218 ( 0.0%)
Allineamento locale tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens
Length: 218
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
# Gaps: 0/218 ( 0.0%)
Allineamento globale tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens
Length: 218
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
# Gaps: 0/218 ( 0.0%)
L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Si, grazie all'identità elevata tra Ictalurus punctatus e Homo sapiens che sono filogeneticamente lontani tra loro.
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Giorgia GREGORI
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? Definizione: hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) [Ictalurus punctatus] pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Su un'analisi di tipo bioinformatico
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Studi sperimentali di mutagenesi suggeriscono la correlazione del gene umano HPRT di H. sapiens con la malattia di Lesch-Nyhan.
Nel caso di della HPRT di Gallus gallus non si riportano risultati basati su evidenze sperimentali. Le evidenze sono dunque di tipo informatico.
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
I. punctatus- G. gallus ALLINEAMENTO GLOBALE
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
I. punctatus- H. sapiens ALLINEAMENTO GLOBALE
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
I. punctatus- G. gallus ALLINEAMENTO LOCALE
# Identity: 204/218 (93.6%)
# Similarity: 211/218 (96.8%)
I. punctatus- H. sapiens ALLINEAMENTO LOCALE
# Identity: 198/218 (90.8%)
# Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale dal momento che le pecentuali di identità e somiglianza sono uguali per entrambi gli allineamenti locale e globale, per cui l'identità locale si estende alla sequenza globale della proteina.
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
Sì perchè la somiglianza della proteina del pesce con la proteina umana (che è ben caratterizzata) da studi sperimentali risulta molto elevata.
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Lucia Pia BRUNO
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione?
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare)
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000815) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni?
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
La proteina ha la funzione di hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase[Ictalurus punctatus]. Proviene daIctalurus punctatus (channel catfish).
Le evidenze dell'annotazione sono di tipo bioiformatico.
NP_000815 hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase [Homo sapiens]
L'annotazione si basa su evidenze sperimentali come descritto da molti articoli come :Human HPRT1 gene and the Lesch-Nyhan disease: Substitution of alanine for glycine and inversely in the HGprt enzyme proteinNucleosides Nucleotides Nucleic Acids 36 (7), 452-462 (2017)
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase [Gallus gallus]NP_990179.1
L'annotazione si basa su evidenze sperimentali come indicato nell'articolo: Purification and characterisation of chicken brain hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase JOURNAL FEBS Lett. 184 (2), 299-303 (1985).
ALLINEAMENTO GLOBALE
UOMO-PESCE IDENTITà 90% SOMIGLIANZA 95%
PESCE- GALLO IDENTITà 93 SOMIGLIANZA 96%
ALLINEAMENTO LOCALE
UOMO-PESCE IDENTITA 93% SOMIGLIANZA 96%
PESCE-GALLO identità 93% somiglianza 96%
l'allineamento è globale
L'allineamento rivela sequenze altamente conservate,
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Gianluigi GIANNELLI
studente |
Cercare su GenBank la proteina con accession number NP_001187366
- Che funzione le viene attribuita dall'annotazione? hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
- Da che organismo proviene? (Indicare nome scientifico e nome volgare) Ictalurus punctatus - pesce gatto maculato
- Su che tipo di evidenze è basata l'annotazione?
in silico analysis
Cercare su GenBank le sequenze proteiche delle HPRT di H. sapiens (NP_000185) e G. gallus (NP_990179).
- Su che evidenze sono basate le loro annotazioni? Evidenze sperimentali per HPRT H. sapiens
Evidenze sperimentali per HPRT di G. gallus
Allineare le due sequenze con la sequenza di partenza.
Riportare le percentuali di identità e somiglianza
L'allineamento è globale o locale?
HPRT I. punctatus H. sapiens (globale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
HPRT I. punctatus H. sapiens (locale)
Identity: 198/218 (90.8%)
Similarity: 209/218 (95.9%)
L'allineamento è globale
HPRT I. punctatus G. gallus (globale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
HPRT I. punctatus G. gallus (locale)
Identity: 204/218 (93.6%)
Similarity: 211/218 (96.8%)
L'allineamento è globale
E' da considerarsi attendibile l'annotazione della sequenza di partenza? Spiegare brevemente perché
L'annotazione della sequenza di partenza è da ritenersi attendibile. L'allineamento delle sequenze mostra una percentuale di identità elevata tra organismi (uomo/gallo pesce) distanti e tra proteine, una caratterizzata sperimentalmente, e l'altra in silico.
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