| Autore | Intervento |
|---|
 Prof. Riccardo Percudani
docente |
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano. Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato racemasi da diversi batteri:
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
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PIETRO CRAVEDI
studente |
Sequenza più simile a MURI_AQUPY: MURI_BUCAI (somiglianza= 50%)
colonne con residui identici: 27
colonne con residui simili: 58
MURI_AQUPY:
-residuo 70: C
-residuo 178: C
Nelle altre sequenze si ritrovano ancora una Cisteina al 70 e un'altra cisteina al 178
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PATRIZIA CHERUBINI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
La sequenza più simile è quella di MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Sono due cisteine
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sono sempre due cisteine
ANGELA SANSONE
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ALESSIA MARMORINO
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Nella posizione 70 e 178 di MURI_AQUPY c'è una cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? Nella posizione 70 e 178 delle altre sequenze c'è sempre una cisteina
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MARTINA INORETTI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
MURI_BUCAI SOMIGLIANZA: 50%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
70: cisteina
178: cisteina
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
gli aa catalici nelle altre sequenze sono sempre cisteine
Chiara Coruzzi
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LUCA GARGIULO
studente |
LA SEQUENZA PIù SIMILE A MURI_AQUPY è MURY_ABUCAI (50%)
COLONNE CON RESUDUI SIMILI= 58
COLONNE CON RESIDUI IDENTICI= 27
SITI CATALITICI:
MURY_AQUPY: AMINOACIDO 70: CISTEINA (ALTRE SEQUENZA SEMPRE CISTEINA)
178: CISTEINA (ALTRE SEQUENZE SEMPRE CISTEINA)
GARGIULO LUCA
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DANIELA MANDALARI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?MURI_BUCAI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
1)27
2)58
3)Sia nella posizione 70 che in quella 178 c'è una cisteina.
4)Sono sempre cisteine.
Daniela Mandalari
Valentina Carbognani
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SILVIA LAZZERINI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (50%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Cisteina in posizione 70 e 178
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?sono sempre cisteine
silvia lazzerini e alessandra d'arelli
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GIULIANA CIRILLO
studente |
la sequenza più simile a MURI_AQUPY è la sequenza è MURIBUCAI con una somiglianza del 50%
Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 57
Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 109+57= 166
Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? due Cys
Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? Cys
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SERENA MONTALBANO
studente |
é più simile a muri_bucai.
le colonne con residui identici sono 27.
le colonne con residui simili sono 58.
gli amminoacidi in posizione 70 e 178,i catalitici,sono due cisteine.
anche nelle altre sequenze abbiamo sempre due cisteine.
Serena Montalbano
Chiara Lazzarini
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FRANCESCO DIROMA
studente |
la sequza simile a quella data è MURI_BUCAI
1)la sequenza identica sono 26; quelle simili sono 58
2) sono in entrmabe le posizioni residui di cisteina
3)è sempre il residuo di cisteina
4)sono sempre residui di cisteina
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SIMONE LANDI
studente |
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
>O05412|MURI2_BACSU Glutamate racemase 2 - Bacillus subtilis.
MKIGFFDSGIGGMTVLYEAIKVLPYEDYIFYADTLNVPYGEKSKGKVKEYIFNAAEFLAS
QNIKALVIACNTATSIAIEDLRRNFDFPIIGIEPAVKPAINKCTEERKRVLVVATNLTLK
EEKFHNLVKEIDHHDLVDCLALPGLVEFAENFDFSEDKIIKYLKNELSSFDLKQYGTIVL
GCTHFPFFKNSFEKLFGIKVDMISGSVGTAKQLKKVLADRNQLGKGSGSITFFNSGHKIV
DQEVISKYKRLFEILDETQRSHVGH
>P56868|MURI_AQUPY Glutamate racemase - Aquifex pyrophilus.
MKIGIFDSGVGGLTVLKAIRNRYRKVDIVYLGDTARVPYGIRSKDTIIRYSLECAGFLKD
KGVDIIVVACNTASAYALERLKKEINVPVFGVIEPGVKEALKKSRNKKIGVIGTPATVKS
GAYQRKLEEGGADVFAKACPLFVPLAEEGLLEGEITRKVVEHYLKEFKGKIDTLILGCTH
YPLLKKEIKKFLGDVEVVDSSEALSLSLHNFIKDDGSSSLELFFTDLSPNLQFLIKLILG
RDYPVKLAEGVFTH
>P57619|MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola
MLIFDSGVGGLSILKNIKKILPNIHYIYMLDNESFPYGNKTEFFIIQRSIKIIHTIKKIY
PINVVVIACNTISTVALSILRKKFDIPIFGIFPHIKAAEKITKNKIIGLIATKATINSSY
TQKIIYEYSCSNTIKIIGTNKLAVIAEKKIRGVAVSQKKLKNIFRPWINLPTCPDTIILG
CTHFSLLEKEIKNILYKTRSVYFIDSIKKVIFQIESYLKTSNVNQKIKKNIFLYSKNNNN
LKKLLSFLKQYKFTVIKHINLN
>P63633|MURI_ECO57 Glutamate racemase - Escherichia coli O157:H7.
MATKLQDGNTPCLAATPSEPRPTVLVFDSGVGGLSVYDEIRHLLPDLHYIYAFDNVAFPY
GEKSEAFIVERVVAIVTAVQERYPLALAVVACNTASTVSLPALREKFDFPVVGVVPAIKP
AARLTANGIVGLLATRGTVKRSYTHELIARFANECQIEMLGSAEMVELAEAKLHGEDVSL
DALKRILRPWLRMKEPPDTVVLGCTHFPLLQEELLQVLPEGTRLVDSGAAIARRTAWLLE
HEAPDAKSADANIAFCMAMTPEAEQLLPVLQRYGFETLEKLAVLG
>Q888B8|MURI_PSESM Glutamate racemase - Pseudomonas syringae pv. tomato.
MPDIPVSQPVNPGCDAPVGVFDSGVGGLSVLNEIRQTLPNESLLYLADCGHIPYGEKTPE
FIIERCLIIADFFHGQGAKALVVACNTATAAGVAHIRQRYPDWPIVGMEPAVKPAAEATR
SGVVGVLATTGTLQSARFAALLDRFASDVSVVTQPCPGLVELIETGDLVSPQIRQLLQRY
VEPLLAARCDTIILGCTHYPFLKPLLREMLPASVTLIDTGAAVARQLQRLLSRSGLLASG
PARDTLYWSSDIPDNFGKILPFLSQMSGNVRSFRL
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
1- le colonne con residui identici nell'allineamento sono 27
2- le colonne con residui identici nell'allineamento sono 58
3- Cys 4- 2 cys
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DANIELE BULGARI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BACUI
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? entrambi C (Cisteina)
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
Sempre Cisteina
Daniele Bulgari, Enrico Costanzo
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LUCA BARBATO
studente |
La glutamato racemasi è essenziale per formare il peptido-glicano.
Fare un allineamento multiplo delle seguenti sequenze di glutamato
racemasi da diversi batteri:
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI 50%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? CISTEINA
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?SONO TUTTE E DUE CISTEINE
luca barbato
monia fronzuti
elisa ambroggi
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JACOPO SACQUEGNO
studente |
1) MURI_BUCAI Glutamate racemase - Buchnera aphidicola (50%)
1) 27
2) 58
1) sono entrambe cisteine (C)
2) in tutte le sequenze sono cisteine (in posizioni equivalenti)
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ELISA UGHINI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?Muri_bucai
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?cisteine
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?cisteine
Ughini Elisa
Pace Ramona
Ghielmi Caterina
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DENISE LANDOLFI
studente |
la sequenza più simile a AQUPY è
le colonne con residui identici sono 27
le colonne con residui simili sono 58
nelle posizioni 70 e 178 c'è una cisteina
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BEATRICE DOSI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? MURI_BUCAI (50%)
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? Cisteina in entrambe le posizioni
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?Sempre cisteina
Beatrice Dosi,Alessia Verani.
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ESTER OLIVA
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY?
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento?
sequenze identiche 27
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento?
le sequenze simili sono 58
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY?
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze?
sono sempre residui ci cisteina
ILARIA CLARIZIO E OLIVA ESTER
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VALENTINA FERRARI
studente |
la sequenza più simile è quella di MURI_BUCAI.
1) le colonne con residui simili sono 58
2) le colonne con residui identici sono 26
la posizione 70 in MURI_AQUPY è C quindi cisteina, la posizione 178 è occupata da cisteina. In tutte le altre sequenze troviamo sempre cisteina.
ferrari valentina e falconieri antonella
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AMBRA DONDI
studente |
la sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI
- i residui identici nell'allineamento sono 27
- i residui simili nell'allineamento sono 48
- gli amminoacidi catalitici nella sequenza MURI_AQUPY sono due cisteine
- nelle altre sequenze gli amminoacidi catalitici sono sempre cisteine ma nelle posizioni:
MURI_BUCAI: posizione 69 e 181
MURI2_BACS: posizione 70 e 182
MURI_PSESM: posizione 85 e 196
MURI_ECO57: posizione 92 e 205
Ambra Dondi e Virginia Ingrosso
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NICOLANNA FILOMENA
studente |
1) La sequenza più simile è Muri Bucai
2)Le colonne con residui identici sono 26 le sequenze con residui simili sono
58
3)gli amminoacidi catalitici sono cisteina(70) e cisteina (178)
4)gli amminoacidi catalitici nelle altre sequenze sono tutte cistine
|
ROSSANA ITALIANO
studente |
La sequenza più simile a MURI_AQUPY è MURI_BUCAI con una somiglianza del 50%.
le colonne con residui identici sono 27
le colonne con residui simili sono 56
MURI_AQUPY:
residuo 70: C
residuo 178: C
Nelle altre sequenze troviamo sempre delle C in posizione 70 e 178.
Rossana Italiano
Ilaria Botrugno
|
LUDOVICA LEZZI
studente |
1)Le colonne simili sono 58, quelle identiche sono27
2)Gli aa catalitici in MURI AQUPY sono:C
3)Gli aa catalitici corrispondenti alla posizione 70 di MURI AQUPY delle altre sequenze sono:
ECO57:92
MURI BUCAI:69
MURI PSESM:85
MURI BACS:70
4)Quelli corrispondenti alla posizione 178 di MURI AQUPY delle altre seq:
ECO57:204
MURI BUCAI:181
MURI PSESM:196
MURI BACS:182
Ludovica Lezzi e Chiara Pasquini
|
ALESSANDRA MUSIARI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bacai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
|
ALESSANDRA MUSIARI
studente |
Qual'è la sequenza più simile a MURI_AQUPY? muri_bacai 52%
(1) Quante sono le colonne con residui identici nell'allineamento? 28
(2) Quante sono le colonne con residui simili nell'allineamento? 60
Nella sequenza di MURI_AQUPY è noto che i due residui che svolgono la catalisi sono in posizione 70 e 178.
(3) Quali sono gli aminoacidi catalitici nella sequenza di MURI_AQUPY? cys
(4) Quali sono gli aminoacidi catalitici nelle altre sequenze? cys
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