Classe delle Lauree in Scienze Biologiche
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Forum > Corso 2017/2018 > esercizio allineamento a coppie

AutoreIntervento
Prof. Riccardo Percudani
docente
esercizio allineamento a coppieRispondi
15/11/2017 09:35Invia email



Allineare le sequenze con needle e water.
>seq1
MPIPPDAFFLDHAAGLPLQVQLRRQIIASLGRREFDSLTGDLYDAD
DPELVDHIARQILPRRGISAGRDEILLTMRDVLIEPGAAFFAAPSR
GGGFFRLAYSSVPADRIAAGIGRIGAAMRE
>seq2
MTLDLNPNDMSHVVAADRAHVWHHLGRREFDSVTGDLYEADDLVDH
IARQILPRRGISAGKDEILLTMADCLAQGVIIGATN
RSLPGFNNTLCLSPALIATADNI


1) Lunghezza, %id. e %som all. globale
2) Lunghezza, %id. e %som all. locale
3) La somiglianza è locale o globale?


 

Angelo GUARNIERO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:05Invia email

1)Globale Length: 129 Identity: 53/129 (41.1%) Similarity: 63/129 (48.8%) Score: 199.5 2)Locale Length: 59 Identity: 44/59 (74.6%) Similarity: 49/59 (83.1%) Score: 211.5 3)la somiglianza è locale

 

Lucia Pia BRUNO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:06Invia email

Emboss needle (globale) Identità 41,1 % Somiglianza 48.8 % Emboss water (locale) Identità 74,6% Somiglianza 83,1% La somiglianza è di tipo locale.

 

Silvia PETRELLI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:09Invia email

allineamento globale: lunghezza 129 identità 41.1% somiglianza 48.8% allineamento locale: lunghezza 59 identità 74.6% somiglianza 83.1% L'allineamento è locale.

 

Lucia Pia BRUNO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:10Invia email

* Emboss needle Lunghezza 129 Emboss water Lunghezza 59

 

Alexandru Ionut GILEA
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:10Invia email

Allineamento globale Length: 129 Identity: 53/129 (41.1%) Similarity: 63/129 (48.8%) allineamento locale Length: 59 Identity: 44/59 (74.6%) Similarity: 49/59 (83.1%) La somiglianza è locale

 

Francesco CALIGIORE
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:10Invia email

1) Needle; Lunghezza: 129; Identità:41.1%; Somiglianza globale: 48.8% 2) Water; Lunghezza: 59; Identità: 74.6%; Somiglianza locale: 83.1% 3)La somiglianza è locale

 

Gianluigi GIANNELLI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:10Invia email

Allineamento globale: Lunghezza: 129 Identità: 53/129 (41.1%) Somiglianza: 63/129 (48.8%) Allineamento locale: Lunghezza: 59 Identità: 44/59 (74.6%) Somiglianza: 49/59 (83.1%) La somiglianza è locale.

 

Giada CASCHETTO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:10Invia email

ALLINEAMENTO GLOBALE Identity: 53/129 (41.1%) Similarity: 63/129 (48.8%) Gaps: 31/129 (24.0%) ALLINEAMENTO LOCALE Identity: 44/59 (74.6%) Similarity: 49/59 (83.1%) Gaps: 2/59 ( 3.4%) LA SOMIGLIANZA E' LOCALE

 

Elvia VALENTINI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:11Invia email

1. allineamento globale (needle) lunghezza 129 % id 41.1 % % somiglianza 48.8% 2. allineamento locale ( water) lunghezza 59 % id 74.6% % somiglianza 83.1% 3. L'allineamento è locale

 

Gemma CRUPI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:11Invia email

1) allineamento locale (water) lunghezza: 59 identità: 74.6% somiglianza: 83.1% 2) allineamento globale (needle) lunghezza: 129 identità: 41.1% somiglianza: 48.8% 3) l'allineamento è locale.

 

Giorgia GREGORI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:11Invia email

1)allineamento needle lunghezza: 129 %id: 53/129 (41.1%) %som. all. globale (48.8%) 2)allineamento water lunghezza: 59 %id: 49/59 (74.6%) %som. all. locale 49/59 (83.1%) 3) la somiglianza è locale perché le percentuali di identità e somiglianza sono maggiori nell'allineamento locale.

 

Maria Isabel RECIO MUNOZ
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:12Invia email

Needle: length 129 , identity 53/129 (41.1%), similarity 63/129 (48,8%). Water: length 59, identity 44/59 (74.6%), similarity 49/59 (83.1%). La somiglianza è locale

 

Virginia DAVOLIO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:12Invia email

1)per allineamento globale: Length: 129 Identity: 53/129 (41.1%) Similarity: 63/129 (48.8%) 2)per allineamento locale: Length: 59 Identity: 44/59 (74.6%) Similarity: 49/59 (83.1%) 3)osservando lo score, vediamo che quello locale (211.5) è maggiore rispetto a quello globale( 119.5). Perciò la somiglianza è locale.

 

Maria Jose MUNOZ GOMEZ
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:12Invia email

1) Globale (Emboss Needle): Lunghezza: 129 %identity: 41.1% %similarity: 48.8% 2) Locale (Emboss Water): Lunghezza: 59 %identity: 74.6% %similarity: 83.1% 3)La somiglianza è locale

 

Giovanna INCAMPO
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #1 - 15/11/2017 18:12Invia email

1) Lunghezza 129, 41.1%id. e 48.8%som all. globale score 199.5 2) Lunghezza 59, 74.6%id. e 83.1%som all. locale score 211.5 3) La somiglianza è locale

 

Maria Jose LUPIANEZ GINER
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:12Invia email

1)needle: -lenght 129 -identity 41.1% -similarity 48.8% 2)water: -lenght 59 -identity 74.6% -similarity 83.1% 3)la somiglianza è locale

 

Stefania FUSANI
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #3 - 15/11/2017 18:13Invia email

allineamento globale: lunghezza 129 identità 41.1% somiglianza 48.8% allineamento locale: lunghezza 59 identità 74.6% somiglianza 83.1% L'allineamento è locale

 

Danilo SGURA
studente
Re: esercizio allineamento a coppieRispondi
Replay #2 - 15/11/2017 18:15Invia email

1) Lunghezza, %id. e %som all. globale EMBOSS Needle length: 129, 41.1% identity, 48.8 % similarity. 2) Lunghezza, %id. e %som all. locale EMBOSS Water length: 59, 74.6% identity, 83.1 similarity. 3) La somiglianza è locale o globale? Somiglianza locale

 

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