| Autore | Intervento |
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 Prof. Riccardo Percudani
docente |
Costruire un albero filogenetico con le seguenti sequenze
>HBB_HUMAN - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH
>HBB_BALAC Hemoglobin subunit beta (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin)
VHLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKVKAHGKKVLAS
FSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGKEFTPELQAAYQKVVAGVANA
LAHKYH
>HBB_PIG Hemoglobin subunit beta (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin)
MVHLSAEEKEAVLGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSNADAVMGNPKVKAHGKKVLQ
SFSDGLKHLDNLKGTFAKLSELHCDQLHVDPENFRLLGNVIVVVLARRLGHDFNPNVQAAFQKVVAGVAN
ALAHKYH
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
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PATRIZIA FERRARI
studente |
FERRARI PATRIZIA
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 90
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? 30 3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? L'HBA di gorilla è paraloga rispetto alle altre 4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? HBA GORGO
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LUISANA DI CRISTO
studente |
sequenza outgroup: hba gorgo; distanza uomo gorilla: 104 Pam; distanza uomo canguro: 30 Pam; HBA gorgo è una sequenza paraloga rispetto alle altre. Luisana Di Cristo-Davide Bassoli.
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ALICE STRAZER
studente |
1. circa 100 PAM 2. circa 30 PAM 3. paraloghe 4.hba gorgo
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BEATRICE FERMI
studente |
1) La distanza in PAM tra uomo e gorilla è 80.2) La distanza in PAM tra uomo e canguro è 30.3) C'è almeno una sequenza (>HBA_GORGO - Gorilla gorilla) che potrebbe essere paraloga rispetto alle altre.4) La sequenza che potrebbe essere usata come outgroup è quella paraloga (>HBA_GORGO - Gorilla gorilla). Conti Anastasia, Fermi Beatrice, la Torre Angela
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MIRIAM GAUDENZI
studente |
1) 100 pam 2) 30 pam 3) paraloghi 4) HBA_ GORGO esercizio svolto da: Chiara Forlini, Laura Gobbi e Miriam Gaudenzi
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ELISA GIUFFREDI
studente |
1) 80 PAM 2) 30 PAM 3) Potrebbero essere paraloghe 4)Come sequenza Outgroup usiamo HBA_GORGO Giuffredi Elisa Gianlorenzi Martina
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ALESSANDRO LEO
studente |
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 90 PAM
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? 30 PAM 3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? HBA del gorilla può essere considerata come sequenza PARALOGA
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? HBA di Gorilla Alessandro Leo & Aletheia Blasi
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ALEKSANDRA BONINI
studente |
1) 140 2) 30 3) Sono paraloghe 4) HBA_GORGO Maria Longo & Aleksandra Bonini
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ERICA FIORINI
studente |
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 110 circa 2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? 30 3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? l'HBA di gorilla può essere considerata una sequanza paraloga rispetto le altre. le sequenze di balena, canguro, uomo e maiale potrebbero essere ortologhe. 4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? l'HBA di gorilla
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NICOLANNA FILOMENA
studente |
1) la distanza tra hbagorgo e hbb human è di 100 PAM all'incirca 2)la distanza tra hbbmacru e hbb human è di 30 pam 3)la sequenza di gorilla è paraloga rispetto tutte le altre mentre uomo,gorilla,maiale e canguro potrebbero essere tra loro ortologhe 4) come outgroup può essere utilizzata la sequenza di hba gorgo
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ALESSANDRO DONDI
studente |
1- la distanza in PAM tra HBB HUMAN e HBA GORGO risulta pari a 100 PAM 2- la distanza in PAM tra HBB HUMAN e HBB MACRU risulta pari a 35 PAM 3- la sequenza HBA di gorilla [ certamente paraloga rispetto alle altre , mentre per le sequenze di uomo , maiale , canguro e balena potrebbero essere ortologhe. 4- HBA gorgo Dondi Alessandro 176754
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MARTINA DI PIETRO
studente |
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 80 PAM circa
2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? 30 PAM circa
3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? il gene HBA del gorilla è paralogo rispetto agli altri geni mentre i geni HBB potrebbero essere ortologhi
4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup? HBA gorilla marta fragnito martina di pietro
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RUGGERO BUONOCORE
studente |
1)La distanza in PAM tra uomo e gorgo è 90 PAM; 2)la distanza tra uomo e canguro è circa 30 PAM; 3)sono paraloghe; 4)HBA Gorgo, poiché dalla rappresentazione radiale ho il braccio più lungo e quindi posso utilizzarla come outgroup. Svolto da Buonocore Ruggero e Amidani Davide.
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GAIA GERVASI
studente |
1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro? 3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe? 4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?
RISPOSTE: 1)PAM 104 2)PAM 30 3)HBA GORGO è PARALOGA RISPETTO ALLE ALTRE SEQUENZE 4)HBA GORGO
ESERCIZIO DI GERVASI GAIA,JESSICA FERRI E FRANZOSO VALENTINA
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Chiara Dallavalle
studente |
1)distanza uomo-gorilla :100 PAM 2)distanza uomo-canguro :30 PAM 3)Paraloghe 4)HBA_GORGO
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Chiara Dallavalle
studente |
1)distanza uomo-gorilla :100 PAM 2)distanza uomo-canguro :30 PAM 3)Paraloghe 4)HBA_GORGO Dallavalle Chiara Nicoli Riccardo
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GIULIA MORI
studente |
1)circa 100 PAM 2)circa 30 PAM 3)La sequenza HBA di gorilla è paraloga rispetto alle altre 4)La sequenza HBA di gorilla può essere usata come outgroup
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FEDERICA LARI
studente |
1) la distanza in PAM tra uomo e gorilla è circa 90 2) la distanza tra uomo e canguro è circa 30 PAM 3) la sequenza HBA_GORGO è paraloga, le sequenze dell'HBB potrebbero essere ortologhe. 4) la sequenza che potrebbe essere utilizzata come outgroup è la HBA GORGO,perchè mi consente di vedere come le HBB si siano evolute dall'emoglobina alfa. Federica Lari
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MARTINA BONACINI
studente |
1) distanza tra uomo e gorilla circa 90 pam 2) distanza tra uomo e canguro circa 30 pam 3) la sequenza di gorilla è paraloga rispetto alle altre 4) come outgroup abbiamo usato HBA Gorgo Bonacini Martina, Marchetti Marialaura
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MARIA CAZZATO
studente |
1) distanza in PAM tra Human e Gorgo : 100 PAM 2) distanza in PAM tra HUMAN e Macru : 25 PAM 3) c'è almeno una sequenza paraloga (HBA_GORGO) rispetto alle altre 4) HBA:GORGO potrebbe essere usata come outgroup Maria Cazzato Laura Accogli
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MERY DAIANA DAINO
studente |
1) 110 pam 2)30 pam 3) hba gorilla è paraloga 4)HBa gorgo
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MARIA FRATACCI
studente |
- la distanza in PAM tra uomo e gorilla è di circa 100.
- la distanza in PAM tra uomo e canguro è di circa 40.
- tutte le sequenze sono ortologhe tranne quella di HBA GORGO paraloga rispetto tutte.
- la sequenza che può essere utilizzata come outgroup è HBA GORGO.
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FEDERICA LARI
studente |
1) distanza uomo-gorilla= 100 PAM 2) distanza uomo-canguro= 28 PAM 3) probabilmente la sequenza HBA_GORGO è paraloga rispetto alle altre, probabilmente perchè si tratta della catena alfa dell'emoglobina, mentre le altre si riferiscono alla catena beta. 4) essendo paraloga, la sequenza HBA_GORGO potrebbe essere usata come radice
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