Tipologia: Forum
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 02/10/2006 15:41

Discussioni sugli argomenti del corso di biochimica computazionale

Tipologia: Forum
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 15/12/2006 11:15

Inserite qui le domande sulla meteria del corso.

Tipologia: Forum
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 01/10/2007 17:14

Forum per domande e richieste di spiegazioni

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 16/10/2007 09:54

Trovare in SwissProt la sequenza URIC_PAPHA

1) Riportare la descrizione della proteina
2) Riportare l'organismo di appartenenza (nome scientifico e nome comune)
3) Scrivere la lunghezza in aminoacidi e la lunghezza in nucleotidi della regione codificante
4) Trovare nella "Feature table" il segnale di targeting. Riportare la posizione nella proteina e la sequenza in amino acidi

Tipologia: Intervento
Autore: LUDOVICA BARATTA - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:08

1-è una uricasi che catalizza l'ossidazione dell'acido urico

2-proviene  da Papio hamadryas (babbuino)

3-la sequenza ha lunghezza di 304 amminoacidi,quindi di 915 nucleotidi(con stop)

4-da 302 a 304 e in codice ad una lettera SRL

GUARNIERI GIADA

IVALDI  CHIARA 

BARATTA LUDOVICA 

Tipologia: Intervento
Autore: SABRINA DURANTI - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:09

• FUNCTION: Catalizza l' ossidazione dell' acido urico e si decompone spontaneamente in C4H6N4O3.

Deriva da Papio hamadryas cioè un babbuino

 Sono 304 amminoacidi e sono 915 nucleotidi

La posizione del target nella proteina è 302 303 304 ed è SRL e la sequenza di amminoacidi è ser arg leu

Tipologia: Intervento
Autore: Valentina Russo - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:10

1) enzima che catalizza l'ossidazione dell'acido urico

2) papio hamadryas- hamadryas baboon: babbuino

3) 304 aa - 915 nucleotidi 

4) a) da 302 a 304 b)SRL , Ser Arg Leu

Russo Valentina

Silvia Livelli

Ilaria Crescente

Corinna Iacovello 

Tipologia: Intervento
Autore: Cinzia Meli - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:10

1)Protein name Uricase

Funzione: catalizza l'ossidazione dell'acido urico(in 5-hydroxyisourate) 

2)Organismo:

 Papio hamadryas (Hamadryas baboon)

Nome comune: Amadriade (fa parte della famiglia Cercopithecidae)

3)304 aa , 915 nucleotidi (compreso il codone di stop)

4) 302_304

seq. in aa: ser arg leu

Vicini Simona

Fantozzi Elena 

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA DI IASIO - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:10

1 Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate which spontaneously decompose to form allantoin.

2Homologous vertebrate genes database

3 304 aa e 912 nucl

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA DI IASIO - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:10

1 Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate which spontaneously decompose to form allantoin

2 BABBUINO 

3 304 aa e 912 nucl

SRL

GRAZIA COTUGNO E MARIA DIIASIO

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA DALL'AGLIO - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:11

funzione:catalizza l'ossidazione dellacido urico a 5-idrossisurato che spontaneamente si decompone in allantoina

Nome comune: babbuino 

Scientifico: Papio hamadryas

Lunghezza in AA:304

In nucleotidi 915

Segnale targeting: da 302 a 304 In AA SRL

Denis Ferrari,Iembo Maria Lucia 

Tipologia: Intervento
Autore: SONIA VACCARO - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:12

CATALIZZA L'OSSIDAZIONE DELL' ACIDO URICO AL 5 IDROSSIURATO CON UNA SPONTANEA DECOMPOSIZIONE ALLA FORMA " ALLONTOIN".

LA LUNGHEZZA DELLA PROTEINA IN AMINOACIDI è 304 IN NUCLEOTIDI è (304*3+3)QUINDI 915.

IL SEGNALE DI TARGETING è LA POSIZIONE 302-304.

LE PROTEINE SONO SERINA, ARGININA ,LEUCINA.

L'ORGANISMO DI APPARTENENZA è IL BABBUINO

SONIA VACCARO CLAUDIA PAVIA 

Tipologia: Intervento
Autore: Chiara Dallavalle - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:13

1)Descrizione proteina: Catalizza la reazione dell'acido urico

2)Nome scientifico e nome comune: babbuino

3) 304 AA, 1023 nucleotidi

4)segnale di targeting SRL posizione 302-304 

ChiaraDallavalle

Veronica Azzato

Federica Battaglia

Riccardo Nicoli 

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA RAFFAELLI - studente
Replay #1
Data: 16/10/2007 13:13

La funzione di questa proteina è quella di catalizzare l' ossidazione dell' acido urico a 5'-idrossi iurato.

Deriva dall' organismo Papio Hamadryas (Hamadryas baboon).

304 AA; 304 * 3 + 3 = 915 nucleotidi

Il segnale targeting è collocato in posizione 302 - 304 e ha sequenza SRL

Federica Raffaelli & Giulia Tanzi 

Tipologia: Intervento
Autore: SARA CORELLI - studente
Replay #2
Data: 16/10/2007 13:15

1.Uricase Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate which spontaneously decompose to form allantoin     2.Papio hamadryas (Hamadryas baboon)   ,babbuino    3.lunghezza in amminoacidi: 304     lunghezza in nucleotidi:  915  4.non lo sappiamo   corelli sara e bettati letizia

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA RUFFO - studente
Replay #2
Data: 16/10/2007 13:15

catalizza l'ossidazione dell'acido urico a 5-idrossiurato

 Papio hamadryas(babbuino )

304 AA e 915 nucleotidi

il segnale di targeting si trova tra gli amminoacidi 302 e 304 e la sequenza è SRL 

Ruffo Federica 

Leo Mariachiara 

Tipologia: Intervento
Autore: SERGIO GIANNOTTI - studente
Replay #3
Data: 16/10/2007 13:17

1)catalizza l'ossidazione dell'acido ureico

2)babuino

3) 304 aa ;  915 nucleotidi

4) posizione targeting 302-304 nella proteina  ; sequenza di amminoacidi SRL: SerArgLue

 Sergio Giannotti

Immacolata Giordano

Raffaele Tummolo 

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA GAIBAZZI - studente
Replay #3
Data: 16/10/2007 13:19

Uricase
Synonyms	EC 1.7.3.3 Urate oxidase
Gene name	Name:  UOX
From	Papio hamadryas (Hamadryas baboon)  [TaxID: 9557]
Taxonomy	Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio.
Protein existence	2: Evidence at transcript level;

Length: 304 AA ,posizione 302 304

sequenza slr

Vasini enea e gIULIA gaibazzi 

Tipologia: Intervento
Autore: ANNA RITA LIUZZI - studente
Replay #3
Data: 16/10/2007 13:22

1)FUNCTION: Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate which spontaneously decompose to form allantoin.
CATALYTIC ACTIVITY: Urate + O2 + H2O = 5-hydroxyisourate + H2O2.
SUBCELLULAR LOCATION: Peroxisome.
SIMILARITY: Belongs to the uricase family.
 
2)Uricase
Synonyms EC 1.7.3.3

Gene name  Name:  UOX
 
From Papio hamadryas babuino (Hamadryas baboon)  [TaxID: 9557]  
 
Taxonomy Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio. 
 
3)  lunghezza 303 aa.918 nucleotidi
4) 302 304 nella proteina , srl 1-301 amminoacidi

Tipologia: Intervento
Autore: VALENTINA MARCHICA - studente
Replay #4
Data: 16/10/2007 13:25

Catalyzes the oxidation of uric acid to 5-hydroxyisourate which spontaneously decompose to form allantoin.

catalizza l'ossidazione dell'acido urico.

papio hamadryas(hamadryas baboon) o meglio conosciuto come amadriade (babbuino)

304 aa

915 nucleotidi con codone di stop

da 302 a 304 ser arg leu
 marchica valentina
oliviero anna
tatavitto sara

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 16/12/2008 11:07

Costruire un albero filogenetico con le seguenti sequenze 

>HBB_HUMAN  - Homo sapiens
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKV
KAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGK
EFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>HBA_GORGO - Gorilla gorilla
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV
AHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY
R
>HBB_MACRU Macropus rufus (Red kangaroo)
VHLTAEEKNAITSLWGKVAIEQTGGEALGRLLIVYPWTSRFFDHFGDLSNAKAVMGNPKV
LAHGAKVLVAFGDAIKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNIIVICLAEHFGK
EFTIDTQVAWQKLVAGVANALAHKYH

>HBB_BALAC Hemoglobin subunit beta (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin)
VHLTAEEKSAVTALWAKVNVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFEAFGDLSTADAVMKNPKVKAHGKKVLAS
FSDGLKHLDDLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLARHFGKEFTPELQAAYQKVVAGVANA
LAHKYH 

>HBB_PIG Hemoglobin subunit beta (Hemoglobin beta chain) (Beta-globin)
MVHLSAEEKEAVLGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSNADAVMGNPKVKAHGKKVLQ
SFSDGLKHLDNLKGTFAKLSELHCDQLHVDPENFRLLGNVIVVVLARRLGHDFNPNVQAAFQKVVAGVAN
ALAHKYH 

1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 

2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?

3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?

4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?

Tipologia: Intervento
Autore: LUISANA DI CRISTO - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:47

sequenza outgroup: hba gorgo;

 distanza uomo gorilla: 104 Pam;

distanza uomo canguro: 30 Pam;

HBA gorgo è una sequenza  paraloga rispetto alle altre.

Luisana Di Cristo-Davide Bassoli.

Tipologia: Intervento
Autore: BEATRICE FERMI - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:47

Tipologia: Intervento
Autore: ELISA GIUFFREDI - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:48

1) 80 PAM

2) 30 PAM

3) Potrebbero essere paraloghe

4)Come sequenza Outgroup usiamo HBA_GORGO

Giuffredi Elisa

Gianlorenzi Martina 

Tipologia: Intervento
Autore: ALEKSANDRA BONINI - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:48

1) 140

2) 30

3) Sono paraloghe

4)  HBA_GORGO

Maria Longo & Aleksandra Bonini

Tipologia: Intervento
Autore: NICOLANNA FILOMENA - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:48

1) la distanza tra hbagorgo e hbb human è di 100 PAM all'incirca

2)la distanza tra hbbmacru e hbb human è di 30 pam 

3)la sequenza di gorilla è paraloga rispetto tutte le altre mentre uomo,gorilla,maiale e canguro potrebbero essere tra loro ortologhe

4) come outgroup può essere utilizzata la sequenza di hba gorgo

Tipologia: Intervento
Autore: MARTINA DI PIETRO - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:49

1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla?

80 PAM circa 

2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?

30 PAM circa 

3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?

il gene HBA del gorilla è paralogo rispetto agli altri geni

mentre i geni HBB potrebbero essere ortologhi 

4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?

HBA gorilla 

marta fragnito

martina di pietro 

Tipologia: Intervento
Autore: GAIA GERVASI - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:51

1) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e gorilla? 

2) Qual'è la distanza in PAM tra le sequenze di uomo e canguro?

3) Ritenete che le sequenze siano ortologhe o paraloghe?

4) Quale sequenza poterbbe essere usata come outgroup?

RISPOSTE:

1)PAM 104

2)PAM 30

3)HBA GORGO è PARALOGA RISPETTO ALLE ALTRE SEQUENZE

4)HBA GORGO 

ESERCIZIO DI GERVASI GAIA,JESSICA FERRI E FRANZOSO VALENTINA 

Tipologia: Intervento
Autore: Chiara Dallavalle - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:54

1)distanza uomo-gorilla :100 PAM

2)distanza uomo-canguro :30 PAM

3)Paraloghe

4)HBA_GORGO

Dallavalle Chiara

Nicoli Riccardo

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA LARI - studente
Replay #1
Data: 16/12/2008 12:55

1) la distanza in PAM tra uomo e gorilla è circa 90

2) la distanza tra uomo e canguro è circa 30 PAM

3) la sequenza HBA_GORGO è paraloga, le sequenze dell'HBB potrebbero essere ortologhe.

4) la sequenza che potrebbe essere utilizzata come outgroup è la HBA GORGO,perchè mi consente di vedere come le HBB si siano evolute dall'emoglobina alfa.

Federica Lari

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA CAZZATO - studente
Replay #2
Data: 16/12/2008 13:01

1) distanza in PAM tra Human e Gorgo : 100 PAM

2) distanza in PAM tra HUMAN e Macru : 25 PAM

3) c'è almeno una sequenza paraloga (HBA_GORGO) rispetto alle altre

4) HBA:GORGO potrebbe essere usata come outgroup

Maria Cazzato 

Laura Accogli

Tipologia: Intervento
Autore: MARIA FRATACCI - studente
Replay #3
Data: 13/01/2009 14:28

1. la distanza in PAM tra uomo e gorilla è di circa 100.
2. la distanza in PAM tra uomo e canguro è di circa 40.
3. tutte le sequenze sono ortologhe tranne quella di HBA GORGO paraloga rispetto tutte.
4. la sequenza che può essere utilizzata come outgroup è HBA GORGO.

Tipologia: Discussione
Autore: Prof. Riccardo Percudani - docente
Data: 20/01/2009 11:24

Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN 1) Qual'è la funzione della proteina? 2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra. 3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.

Tipologia: Intervento
Autore: PATRIZIA FERRARI - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 12:56

FERRARI PATRIZIA E VIRGINIA INGROSSO

 Trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN

1) Qual'è la funzione della proteina? dna ligasi I

2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione.

peso molecolare=101736.1 = 10 KDa circa

coefficiente di estinzione =  65945

pI = 5,49 quindi la proteina è leggermente acida 

. 3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.

ha 2 patterns:

Tipologia: Intervento
Autore: ALICE STRAZER - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 12:57

1) DNA ligasi

2) . P.M. 101736 Da

    . Coeff. di estinzione 65495

    . Acida, 10.9% di Glu, 5,49 il punto isoelettrico

3)Pattern

a1  [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]

a2

Tipologia: Intervento
Autore: ALEKSANDRA BONINI - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 12:57

1. La proteina serve a legare i frammenti di DNA, durante la fase di replicazione.

2.  Peso molecolare = 101736,1

     Coefficiente di estinzione = 65945

     La proteina è acida

3. Pattern : [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]

Aleksandra Bonini e Maria Longo

Tipologia: Intervento
Autore: LUANA AUTULLO - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 12:58

La proteina è una Dna ligasi 1.

Il peso molecolare è 101736.1, il coefficiente di estinzione è  65945 1/Mcm, il PI è 5.49 quindi la proteina è leggermente acida.

La proteina ha 2 pattern:

Tipologia: Intervento
Autore: BEATRICE FERMI - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 12:59

1)-La proteina è una DNA-ligasi ATP dipendente che lega, durante la replicazione, ricombinazione e riparo del DNA, nick sul doppio filamento.

2)- La proteina ha un PM di 101736.1 Da, un coefficiente di estinzione di 65945 ed è acida (pI=5.49)

3)- La proteina contiene i seguenti pattern:

[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM] 

E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] -  x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K 

 Beatrice Fermi, Anastasia Conti

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA LARI - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 13:01

1) la proteina è una DNA ligasi ATP-dipendente

2) PM = 101736.1;

coefficiente di estizione= 65945;

la proteina è acida

3) pattern della DNA ligasi A1: 

  [EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]
K is the active site residue

 pattern della DNA ligasi A2:

Tipologia: Intervento
Autore: GRAZIA COTUGNO - studente
Replay #1
Data: 20/01/2009 13:01

This protein seals, during DNA replication, DNA recombination and DNA repair, nicks in double-stranded DNA

- pm:101736,1da 

-pattern:DNA LIGASIA1:[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]

 -p.i.:5,49 leggermente acida

-coeff estinzione 65945

grazia cotugno e di iasio maria

Tipologia: Intervento
Autore: ERICA FIORINI - studente
Replay #2
Data: 20/01/2009 13:05

trovare in Swissprot la proteina corrispondente all'identificativo DNLI1_HUMAN 1) Qual'è la funzione della proteina? 2) Riportare peso molecolare e coefficiente di estinzione. Scrivere se la proteina è acida, basica o neutra. 3) Fare una ricerca in Prosite e riportare i Pattern contenuti nella proteina.

1) DNA ligase I

2) Molecular weight: 101736.1 Da (101,7 KDa)

    Ext. coefficient    65945 M^-1 cm^-1

Theoretical pI: 5.49 (quindi la proteina è acida)

3)   I pattern sono 2: 

DNA_LIGASE_A1   ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site :

FIORINI ERICA

TOSCHI MARTA 

Tipologia: Intervento
Autore: ALESSANDRO LEO - studente
Replay #3
Data: 20/01/2009 13:09

- La proteina è una DNA-LIGASI
(This protein seals, during DNA replication, DNA recombination and DNA repair,
nicks in double-stranded DNA)

- Peso Molecolare: 101736.1

- Coefficiente d'estinzione: 65945

- pI: 5.49 quindi sarà ACIDA

- Ha due PATTERN:

PS00697   DNA_LIGASE_A1   ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site :
566 - 574:       EYKYDGQRA

PS00333   DNA_LIGASE_A2   ATP-dependent DNA ligase signature 2 :
720 - 746:       EGLMVKtldvdat.YEiakrs.Hnwl..KLK

LEO ALESSANDRO

Tipologia: Intervento
Autore: ALETHEIA BLASI - studente
Replay #3
Data: 20/01/2009 13:10

1) DNA Ligasi 1

2) Peso molecolare: 101736.1

    Coefficente di estinzione: 65945

    la proteina è acida

Tipologia: Intervento
Autore: MIRIAM GAUDENZI - studente
Replay #4
Data: 20/01/2009 13:11

1) questa proteina agisce nella riparazione,nella replicazione e nella ricombinazione del DNA(è una ligasi quindi forma il legame tra gruppo fosfato e lo zucchero)  

2) PM :101736,1 Da 

    Coefficiente di estinzione: 65945  

    presenza di glutammato in una porzione del 10,9%,quindi la proteina è acida  

3)Ci sono due pattern:  

DNA ligasi A2: E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K   

 esercizio svolto da Chiara Forlini e MIriam Gaudenzi

Tipologia: Intervento
Autore: CRISTINA COPPELLI - studente
Replay #5
Data: 20/01/2009 13:14

La proteina è una Dna ligasi 1.

Il peso molecolare è 101736.1, il coefficiente di estinzione è  65945 1/Mcm, il PI è 5.49 quindi la proteina è leggermente acida.

La proteina ha 2 pattern:

Tipologia: Intervento
Autore: SIMONA COVIELLO - studente
Replay #6
Data: 20/01/2009 13:16

funzione della proteina Dna Ligasi atp-dipendente

peso molecolara:101736,1

coefficente di estinzione 65945

la proteina è acida (pI 5,49)

pattern:

DNA_LIGASE_A1   EYKYDGQRA     

DNA_LIGASE_A2   EGLMVKtldvdat.YEiakrs.Hnwl..KLK

  Simona Coviello , Marta Maghenzani

Tipologia: Intervento
Autore: ILARIA FALVO - studente
Replay #7
Data: 20/01/2009 13:17

1.LA PROTEINA è UNA DNA LIGASI 1

2.PM 101736.1,COEFFICIENTE D'ESTINZIONE 65945,PI 5.49 QUINDI è ACIDA

3.SONO PRESENTI 2 PATTERN: DNA LIGASI A1 ([EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]) E DNA LIGASI A2 (E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K)

Tipologia: Intervento
Autore: GIULIA MORI - studente
Replay #8
Data: 20/01/2009 13:24

1)La proteina è una DNAligasi ATP-dipendente. Agisce nella replicazione del DNA per legare covalentemente i frammenti di Okazaki sul filamento lento.

2)PM: 101736.1

Coefficiente di estinzione:65945

La proteina è acida.

3)Pattern della DNAligasiA1:

[EDQH] - {K} - K - {VEDI} - [DN] - G - {GLYN} - R - [GACIVM]

Pattern della DNAligasi A2 :

E - G - [LIVMA] - [LIVM] - [LIVMA] - [KR] - x(5,8) - [YW] - [QNEKTI] - x(2,6) - [KRH] - x(3,5) - K - [LIVMFY] - K

Tipologia: Intervento
Autore: FEDERICA LARI - studente
Replay #4
Data: 21/02/2009 18:13

1) distanza uomo-gorilla= 100 PAM

2) distanza uomo-canguro= 28 PAM

3) probabilmente la sequenza HBA_GORGO è paraloga rispetto alle altre, probabilmente perchè si tratta della catena alfa dell'emoglobina, mentre le altre si riferiscono alla catena beta.

4) essendo paraloga, la sequenza HBA_GORGO potrebbe essere usata come radice

Tipologia: Discussione
Autore: MIRIAM GAUDENZI - studente
Data: 22/08/2009 17:41

Buongiorno.Mi chiamo Miriam Gaudenzi, ho provato a risvolgere il seguente esercizio fatto gia a lezione

"

Fare una ricerca di omologia nella banca dati di proteine usando la transtiretina umana (NP_000362).

1) quante sono le sequenze con somiglianza significativa (E<10-5)?
2) quale è la percentuale di identità con la sequenza più significativa in topo?
3) Sono presenti sequenze omologhe nei batteri?"

Come risposta al primo punto però io trovo 202 sequenze al posto di 178 e non capisco dove sbaglio.

Vado a ricavare la sequenza in fasta della proteina e la incollo in blastp, dopodichè modifico a 250 il massimo numero di sequenze omologhe da visualizzare. Solo che incollando su notepad ne risultano 202. Grazie mille scusi per il disturbo